王麒淋,李广玉,郭爱伟,周杰珑,陈粉粉,李青青[1]（2021）在《云南地方鸡种质资源现状与分子研究进展》文中指出云南多样化的地理气候条件,形成了丰富的地方鸡种资源,有13个鸡种被列入《中国畜禽遗传资源志》,品质和数量均居全国之首。这些独特地方鸡种是改良培育鸡品种不可缺少的原始遗传素材和宝贵的基因储存。但由于种种原因,云南多种地方鸡种群体数量下降或面临消失,种质资源亟待维系,优良性状开发极大受限。在查阅大量相关研究报道的基础上,综述了云南省种质资源现状与分子研究进展,以期为地方核心种质资源的保护提供科学依据,为选育、复壮和扩群培育出更具独特风味的云南地方特有资源品种提供理论指导。
杨雪[2]（2021）在《重庆5个本地鸡群体遗传多样性评估及系统发育关系研究》文中认为相对家鸡的商业品种而言,本地鸡群体具有更高的遗传多样性水平,意味着能更好的适应栖息地环境改变及具有更高的疾病抵抗力。自20世纪以来,由于商业鸡群体生长速度快、蛋肉产量高等生产优势的凸显,导致本地鸡群体的养殖规模下降,甚至部分品种濒临绝迹。本地鸡群体中携带有丰富和珍贵的遗传信息,是后续畜禽育种工作的素材库,研究畜禽品种的遗传多样性及系统发育,对于地方畜禽品种遗传资源的保护和利用具有重要意义。因此,本研究利用24个常染色体微卫星标记及线粒体DNA（mt DNA）高变区（D＿Loop）序列对重庆5个本地鸡群体（城口山地鸡[CK]、增福土鸡[ZF]、南川土鸡[NC]、大宁河鸡[DN]和秀山土鸡[XS]）进行遗传多样性水平评估及群体遗传结构鉴定,以期全面了解我国重庆本地鸡群体当下的保种现状,为今后种群的保护和资源开发利用提供理论依据。本研究主要结果如下:1.利用mt DNA D＿Loop序列对重庆地区5个本地鸡进行遗传多样性研究。结果显示,在506 bp的D＿Loop序列范围内共鉴定到41个多态位点,占总序列的8.1%。5个鸡群体mt DNA D＿Loop总的单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.91646和0.01273,其中CK群体的Hd与Pi都较高,而DN群体的Hd与Pi均为最低。暗示5个重庆本地鸡群体的母系遗传多样性丰富,尤其是CK群体的遗传多样性最为丰富。在5个重庆本地鸡群体中共计鉴定到35个D＿Loop单倍型,通过极大似然法构建系统发育进化树,结果显示这35个单倍型来自于已知的六个线粒体母系分支（A、B、C、E、G、Y）,其中A支分布的单倍型种类最多（19个）,而G和Y支分布的单倍型种类最少（1个）。同时,各个群体都存在私有单倍型,暗示了各种群遗传背景相对独立。NETWORK网络关系图显示5个重庆本地鸡群体主要分布在A支、B支、C支和E支中,这与中国地方鸡群体的普遍特征相符。同时,每个群体都存在特有单倍型,说明重庆本地鸡群体有较好的保种价值。群体间分歧(FST)为0.00167（ZF vs CK）至0.29117（XS vs DN）,其中DN与其他4个群体的FST值较大,表明该群体与其它群体遗传分歧显着。错配分布分析显示各群体均为多峰分布,暗示五个群体历史上均未发生群体扩张事件。这一结果通过Tajama’D中性检验进一步得以印证。2.利用24个微卫星遗传标记对重庆5个本地鸡的遗传多样性进行研究。结果显示在所有个体内的24个位点中共鉴定了296个等位基因,各位点的等位基因数分布范围为4（MCWO22）至37（LEI0234）;多态信息含量（PIC）分布为0.4936（MCW0216）至0.9092（LEI0234）;各位点平均期望杂合度（HE）和观测杂合度（HO）为0.7390和0.6441。这表明24个微卫星标记在5个重庆本地鸡内遗传多样性丰富,能够在一定程度上代表群体遗传多样性真实水平。从群体水平上来看,各群体的平均等位基因数（NA）为7.08±3.23（DN）至8.46±4.38（NC）;各群体HE为0.67±0.03（XS）至0.74±0.02（DN,ZF）;HO为0.59±0.02（XS）至0.73±0.02（DN）。各群体均显示出丰富的遗传多样性。且5个群体的HE均高于HO,暗示5个群体都存在不同程度的杂合度下降。哈代温伯格平衡检验（HWD）显示,CK群体偏离HWD的位点数最多（16）,其次是XS群体（13）,NC和ZF群体偏离HWD的位点数相同（11）,DN群体偏离的位点数最少（10）。群体近交系数(FIS)为0.022（DN）至0.123（NC）,其中CK、NC、XS和ZF四个群体呈现显着近交水平（P<0.005）。以上结果暗示该5个群体遗传多样性虽较丰富,但保种状态仍存在风险。群体遗传分化分析结果显示,XS与其余四个群体的FST值最大,说明XS与其他4个群体之间差异显着（P<0.05）。根据FST计算的基因流（Nm）发现各群体间Nm值均小于1,说明重庆5个本地鸡群体间基因流低。另外,根据系统发育树和STRUCTURE分析结果来看,5个重庆地方鸡群体的遗传背景既有独立性,同时也存在相互渗透的可能性。尤其是主坐标分析（PCo A）结果,进一步暗示了这5个群体可能存在由于人类活动而导致了种群间存在遗传物质交换。这也表现在他们的群体遗传结果不完全遵循栖息地分布特征。综上所述,本研究利用线粒体DNA与微卫星标记对重庆5个本地鸡的遗传多样性和群体遗传结构进行分析,总体结果显示5个本地鸡群遗传多样性丰富但其状态仍存在风险,急需改变或调整现有保种策略。各群体间遗传分化明显,说明各鸡种间虽存在一定遗传物质交流,但总体而言遗传背景较为独立。
李兴才,潘成勇,李辉,杨华婷[3]（2020）在《基于微卫星标记的香炉山鸡遗传多样性研究》文中指出为了解香炉山鸡遗传多样性丰富程度,本研究利用PCR扩增结合聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,采用21个微卫星标记对121只香炉山鸡遗传多样性进行分析。结果显示:香炉山鸡共检测出85个等位基因,平均等位基因数为4.047 6,有效等位基因数为2.955 0,Shanon指数为1.170 8,多态信息含量为0.580 7,观察杂合度为0.575 7,期望杂合度为0.637 1。可见,香炉山鸡群体遗传多样性比较丰富,群体内杂合度比较高,还存在一定的选育空间。
李兴才[4]（2020）在《香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性研究》文中研究表明本研究以香炉山鸡为研究对象,采用直接观察和测定的方法对其外貌特征、生长性能、繁殖性能、产蛋性能等研究,并通过微卫星分子标记和线粒体DNA D-LOOP区全长序列遗传变异对香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性进行分析,试验主要研究结果如下:（1）香炉山鸡产浅褐壳或白壳鸡蛋,年产蛋量为95～120枚,开产日龄为195～210天,平均蛋重为45.86g±2.62,蛋壳厚度为0.33±0.02,种蛋受精率与受精蛋孵化率均在90%以上。香炉山鸡体重生长规律符合Gompertz模型曲线;平均屠宰率为90.28.%,平均全净膛率为63.68%,整体屠宰性能较高,处于优质鸡水平;肉品质分析显示胸肌蛋白质含量为20.25%,粗脂肪含量为3.13%。腿肌蛋白质含量为21.25%,粗脂肪含量为1.77%,香炉山鸡肌肉营养价值丰富。（2）利用21个微卫星标记对121只香炉山鸡遗传多样性进行分析,共检测出85个等位基因、平均等位基因数为4.047 6、有效等位基因数为2.955 0、Shanon指数为1.170 8、多态信息含量为0.580 7、观察杂合度为0.575 7、期望杂合度为0.637 1,经分析得出香炉山鸡群体遗传多样性比较丰富,群体内部杂合度比较高,还存在一定的选育空间。（3）本实验对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop区全长序列进行分析,结果发现,D-Loop区全长序列为1231-1233 bp,A、T、C、G四种碱基含量分别为26.62%、33.55%、26.49%、13.34%,表现出T碱基含量最高,G碱基含量最低,A+T含量明显高于G+C含量,说明此区可能具有一定的碱基嗜好性;121条全长序列经分析发现共存在11种单倍型,26个变异位点,其中多态信息位点2个,简约信息位点24个,另外存在4处碱基插入与2处碱基缺失;进行遗传多样性分析得出单倍型多样度为0.8140,核苷酸多样度为0.00447,平均核酸差异数为5.494,表明香炉山鸡遗传多样性比较丰富,还具有一定的选育空间;聚类分析结果显示香炉山鸡起源于红色原鸡且可能存在多个母系起源。
曲亮[5]（2019）在《蛋鸡部分蛋品质性状全基因组关联分析》文中进行了进一步梳理蛋白高度和哈氏单位是衡量蛋品质好坏的重要指标,代表鸡蛋的新鲜程度,蛋壳颜色、暗斑、蛋形指数等蛋壳性状是鸡蛋最直观的外在表现,影响消费者选择和生产效益。为了研究影响蛋白高度、哈氏单位、蛋壳颜色、暗斑、蛋形指数的遗传机制,本研究以东乡绿壳蛋鸡和单冠白莱航鸡为亲本构建F2资源群体,利用600 K基因芯片对F2代1534只个体进行基因分型,运用全基因组关联分析（Genome-wide association study,GWAS）技术对以上蛋品质性状进行分析,探讨鸡性状的遗传规律,研究结果对解析蛋品质性状的遗传机制及分子标记辅助选择具有重要意义。主要研究如下:利用WOMBAT软件以多性状动物模型分析蛋白高度和哈氏单位不同周龄遗传参数;观测蛋壳暗斑随保存时间的变化规律,分析鸡蛋暗斑与温湿度、蛋品质的关系;利用Affymetrix600SNP array对F2代群体进行基因型分型,经APT、PLINK软件的质控、BEAGLE软件的基因型填充等操作;利用混合线性模型经GEMMA软件运行获得GWAS关联显着位点;利用Haploview软件对显着关联位点进行连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）分析;利用BioMat对显着位点进行基因注释,对显着区域内基因进行 GO（Gene ontoloty）和 KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）分析;利用GCTA软件计算性状基于SNP的遗传参数及候选SNP对性状的贡献效应;分析显着SNP基因型的表型值。研究一:蛋白性状遗传参数和全基因组关联分析利用ORKA蛋品质仪测定开产、32、36、40、44、48、52、56、60、66和72周龄蛋白高度和哈氏单位,采集资源群体亲代、F1代、F2代蛋白高度和哈氏单位数据,利用多性状动物模型分析蛋白质量遗传参数,对F2各个时期的蛋白高度和哈氏单位进行GWAS分析。结果发现:1、亲代绿壳蛋鸡群体蛋白高度3.81±0.83mm、哈氏单位65.50±7.47,白莱航鸡群体蛋白高度5.25±0.88mm、哈氏单位70.80±7.83,F1代蛋白高度和哈氏单位略高于同周龄F2代。经单因素ANOVA分析,各周龄亲本、F1代与F2代蛋白高度和哈氏单位平均值存在显着差异（P<0.01）。2、多性状动物模型分析的固定效应包含批次和亲代品种效应,F2代资源群体蛋白高度和哈氏单位遗传力分别为0.17-0.30、0.14-0.30。蛋白高度和哈氏单位遗传力中等偏下,通过中长期选择才能有效获取遗传进展。3、基于SNP的遗传力结果显示,蛋白高度和哈氏单位的遗传力在0.15-0.35、0.15-0.31之间,遗传力最高的周龄均为32周龄,蛋白高度遗传力均比同一时期哈氏单位高;蛋白高度和哈氏单位在多个周龄上均表现出较强正相关,而遗传相关较低。4、单变量GWAS分析在1、2、4、7号染色体上鉴定到影响蛋白高度的QTL区间,其中以4号染色体最为重要,影响了多个时期的蛋白高度;单变量的GWAS分析仅筛选到1个SNP与44周龄哈氏单位显着相关。5、多变量GWAS分析中鉴定4号染色体为影响蛋白高度的重要区间,并鉴定到候选基因NCAPG和FGFBP1;筛选到影响部分时期蛋白高度的候选基因KPNA3、THSD7B、CDC25A 和 WDR48 等。研究二:蛋壳颜色全基因组关联分析利用分光光度色度系统（L、a、b）测定F2代资源群体自开产、32、36、40、44、48、52、56、60、66和72周龄计11个时期的蛋壳颜色值,分析粉壳蛋和绿壳蛋的表型变化和遗传参数,对各时期的不同蛋壳颜色分别进行单变量GWAS分析,并在显着位点最多时期对L、a、b进行多变量GWAS分析。结果发现:1、粉壳蛋和绿壳蛋均表现出随着周龄的增加L值变大,a值变小,b值变化无规律;粉壳蛋表现出L值与a值和b值极显着负相关,绿壳蛋表现出L值与a值极显着正相关,与b值极显着负相关。2、基于SNP的遗传力结果显示,粉壳蛋L、a、b值的遗传力在0.32-0.82之间,为中高遗传力,各时期的遗传相关均在0.5以上;绿壳蛋L、a、b值的遗传力在0.23-0.71之间,各时期的遗传相关大多在0.5以上。3、影响粉壳蛋蛋壳颜色的主效区域为20号染色体10.3-13.0Mb区间,筛选到候选基因SLC35C2、PCIF1和SLC12A5;微效多基因区域在1、6、9、12、15号染色体,筛选到候选基因MTMR3、SLC35E4等11个。4、影响绿壳蛋蛋壳颜色的主效区域在1号染色体61.1-68.5 Mb区间,筛选到候选基因 PIK3C2G、ABCC9、ITPR2、RAD52、TTLL12、SLCO1C1、SLCO1A2 等;次要QTL区域为9号染色体19.2-23.4 Mb,筛选到候选基因RARRES1和TM4SF4。5、粉壳蛋和绿壳蛋在蛋壳颜色的合成、转运和沉积过程中共享同样的调控机制,同时也受各自独特的遗传调控影响,其中溶质载体家族成员对两种蛋壳颜色的深浅均具有重要影响。研究三:蛋壳暗斑形成的影响因素和全基因组关联分析分析40周龄F2群体鸡蛋暗斑与储存时间、温湿度、蛋品质的关系;分别对52周龄开产当天和储存7天的粉壳蛋和绿壳蛋暗斑进行GWAS分析。结果发现:1、暗斑随着储存天数增加更为严重;温度和湿度均影响暗斑的产生;粉壳蛋表现出颜色浅越容易出现暗斑,而绿壳蛋表现出颜色越深暗斑越严重,其他蛋品质与暗斑有表现正相关或负相关关系。2、绿壳蛋的暗斑在各时期均比粉壳蛋要严重;粉壳蛋和绿壳蛋产蛋当天暗斑遗传力为0.13和0.28,储存7天后暗斑遗传力为0.54和0.61。3、影响粉壳蛋产蛋当天暗斑的显着位点有7个,主要位于5号染色体24.1-24.3Mb和21号染色体21.9-22.1Mb区间上,储存7天无显着位点,在3、5、7、11、14、18有潜在显着关联位点,经注释筛选到候选基因SLC35C1、VPS18、SSU72、VWA1和ZNF507 等。4、影响绿壳蛋产蛋当天暗斑的位点有3个,主要位于2号染色体129.9-130.5Mb和5号染色体上49.4 Mb区间上,影响储存7天暗斑的显着位点主要位于3号染色体19.2和80.1 Mb、15号染色体33.3Mb、17号号染色体0.86 Mb区间上,筛选到候选基因 SLC25A32、RIMS2、HTR1B、RIMBP2、LYPLAL1、DIO3 等。研究四:蛋形指数全基因组关联分析测定了 F2代资源群体自开产至72周龄11个时期鸡蛋的长径和短径,并计算蛋形指数,分析蛋形指数在各周龄的变化;计算蛋形指数的遗传参数,并进行GWAS分析,结果如下:1、F2代资源群体各周龄蛋形指数多小于1.30,随周龄增大蛋形指数的变异系数越大。2、蛋形指数的遗传力在0.19-0.37之间,为中低遗传力,除开产日龄外其他各时期蛋形指数的遗传相关系数在0.8以上,表型相关在0.4以上。3、仅在32、44和48周龄鉴定到与蛋形指数显着或潜在关联SNP位点分别位于1号染色体67.1 Mb、3号染色体47.2 Mb、4号染色体16Mb、62.8-63.8Mb染色体上,多变量GWAS分析鉴定到在1、2、4和17号有25个SNP与蛋形指数潜在关联,筛选到 ZDHHC2、SCG2、COG5、ABCC9、UST 和 GPR107 等候选基因。
白优[6]（2018）在《乌蒙凤鸡种质测定及其遗传多样性分析》文中进行了进一步梳理本研究分析测定了乌蒙凤鸡的生长性能、繁殖性能、屠宰性能和部分肉质指标,并结合mtDNA D-Loop区和微卫星DNA标记对乌蒙凤鸡的遗传背景和遗传多样性进行了研究,结果如下:1.乌蒙凤鸡体型特征明显,公鸡体格整体高于母鸡;开产日龄为181210天,蛋形指数1.33±0.06,哈氏单位65.88±3.56,种蛋受精率和受精蛋孵化率均大于90%,属于以肉用性能为主的地方鸡种;公母鸡屠宰率、半净膛率和全净膛率分别为89.37%和91.82%、80.82%和78.11%、68.7%和65.14%,屠宰性能好,处于优质鸡行列;对肌肉的肉质指标检测发现,公母鸡中不饱和脂肪酸含量分别占总脂肪酸的61.74%和64.19%,含锌量分别为34.20mg/kg和27.80mg/kg,两者差异不显着（P<0.05）,含硒量均在0.70mg/kg左右,具有较高的营养价值。2.结合mtDNA D-Loop区序列对乌蒙凤鸡的遗传背景进行分析,研究发现乌蒙凤鸡mtDNA D-Loop区长度在12271229bp之间,A、G、C、T 4种核苷酸含量分别为26.426.7%、13.213.4%、26.226.8%、33.533.9%,A+T含量为59.7760.47%,G+C含量为39.5340.23%,线粒体序列中富含A+T;DNASP5.0序列分析结果显示,mtDNA D-Loop区共发现38个变异位点,其中26次为T-C转换、8次为A-G转换、2次为碱基颠换（A-C颠换）、2处出现碱基插入/缺失（分别在12bp、855bp位置分别发现A、C的插入/缺失变异）;单倍型多样度为0.90,核苷酸多样性0.01,核苷酸平均差异度8.68,单倍型比例32.50%,表明乌蒙凤鸡具有丰富的遗传多样性;利用MEGA6.0软件进行聚类分析,发现乌蒙凤鸡存在多个母系起源。3.利用微卫星技术对乌蒙凤鸡的遗传多样性进行分析发现,等位基因总数为83个,平均等位基因数为4.3684,平均有效等位基因数为3.0939,平均SI为1.2303,表明乌蒙凤鸡遗传多样性丰富;在19个座位上的微卫星标记中,符合Hardy-Weinberg平衡的位点数为7个,其余位点偏离Hardy-Weinberg平衡;群体间的遗传分化系数在-0.52700.2987之间,有21.10%的变异来自群体间的基因交流;基因流变化范围在0.55862.2867;6个鸡种间的遗传距离在0.32650.4863之间,聚类分析显示乌蒙凤鸡和高脚鸡、矮脚鸡亲缘关系最近,与威宁鸡亲缘关系较近,与竹乡鸡、百宜黑鸡亲缘关系最远。
韩雪,粟朝芝,李亮,陶宇航[7]（2016）在《利用微卫星标记分析长顺绿壳蛋鸡的遗传多样性》文中指出利用8对微卫星引物对长顺绿壳蛋鸡遗传多样性进行检测。结果表明,该群体的平均有效等位基因数为3.585 6个,平均多态信息含量为0.659 7,平均期望杂合度为0.713 1,平均基因杂合度为0.710 2,表明长顺绿壳蛋鸡群体遗传变异较大,遗传多样性较为丰富。研究结果为长顺绿壳蛋鸡品种资源合理保护与开发利用提供了科学依据。
尚嵩洋[8]（2016）在《庄河大骨鸡群体遗传多样性分析》文中提出庄河大骨鸡是我国着名的肉蛋兼用型良种,主要产于大连市庄河境内。2006年被国家工商总局认定为地理标志证明商标,同年又被农业部列入“国家级畜禽遗传资源保护名录”。但是,该种群在经济开发获得了长足进步的同时,忽略了相关基础研究,距离上一次针对庄河大骨鸡的生产性能测定和基础数据收集已经过去二十余年。在此期间,虽然有多个大骨鸡保种场（庄河大骨鸡繁育中心、辽宁庄河大骨鸡原种场有限公司和大连毕伟牧业科技有限公司）对该鸡种开展了长期的优化选育,但是始终没能建立起对其发展至关重要的遗传数据库,直接导致目前该品种基础数据尤其是遗传数据匮乏。为探索当前三个庄河大骨鸡保种群体的遗传多样性、近交程度和遗传分化水平,本研究利用20个微卫星标记构建了微卫星荧光多重PCR体系,对三个保种大骨鸡群体共90个个体的遗传多样性进行了分析,其结果为今后该品种的选育、生产和开发利用提供了理论依据。实验结果如下：1.成功构建了7组微卫星荧光多重PCR体系,其中4组为双重体系,其他3组为三重体系,使用微卫星多重PCR技术用于本研究将实验效率提高了一倍。2.二十个微卫星位点都表现出良好的多态性,共发现了167个等位基因,平均杂合度为0.6111,平均多态性信息含量为0.6683,Fis、Fst和Fit的平均值分别为0.1431、0.0185和0.1269。实验结果表明,三个庄河大骨鸡保种场的大骨鸡群体具有着丰富的遗传多样性,没有出现近交情况,也不存在明显的遗传分化,表明多年来对庄河大骨鸡的保种工作进行的很成功。
张跟喜[9]（2010）在《边鸡遗传多样性及Myostatin基因对生长和繁殖性状的遗传效应研究》文中认为本研究利用29个微卫星标记研究边鸡0世代群体的遗传多样性,并与2个对照品种（京海黄鸡和尤溪麻鸡）的遗传多样性进行比较;选择0世代边鸡群体中等位基因数在4个以上的21个微卫星标记研究1世代边鸡群体的遗传多样性,并与0世代边鸡群体的遗传多样性进行比较以了解边鸡群体的保种效果;采用PCR-SSCP技术检测边鸡及3个对照品种（京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡）肌肉生长抑制素基因（Myostatin）的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长和繁殖性状进行相关分析,为边鸡群体的标记辅助选择提供依据;运用荧光定量PCR技术分析边鸡Myostatin基因G2283A位点形成的3种基因型在胸肌、腿肌和卵巢中表达量的差异,以探讨这一位点对边鸡的生长性状和繁殖性状具有显着效应的分子机理,同时分析边鸡Myostatin基因在胸肌、腿肌和卵巢中表达量的差异。主要研究结果如下:1.利用29个微卫星标记在3个鸡品种（边鸡、京海黄鸡和尤溪麻鸡）中总共检测到166个等位基因,其中32个等位基因为某一品种所特有。边鸡拥有的特有等位基因最多,为15个（46.9%）,京海黄鸡次之,为12个（37.5%）。边鸡的平均多态信息含量（0.5168）和平均期望杂合度（0.5750）最高,京海黄鸡的平均多态信息含量（0.4915）和平均期望杂合度最低（0.5505）。在29个微卫星位点中,边鸡群体有15位点为高度多态位点,其余14个位点为中度多态位点。京海黄鸡和尤溪麻鸡的高度多态位点数分别为17和14个。在3个品种中一些位点显着的偏离哈代-温伯格平衡,杂合子缺失的水平也很高。通过固定指数（Fst）估计品种间的遗传分化为6.7%（P<0.001）。群体内的杂合子缺失（Fis）为22.2%（P<0.001）。边鸡的近交系数最高（0.249）,京海黄鸡的最低（0.159）。这些研究结果可为边鸡、京海黄鸡以及尤溪麻鸡的遗传特征研究和保种提供初步依据。2.选用的等位基因数在4个以上的21个微卫星标记在2个世代的边鸡群体中共检测到122个等位基因,其中102个为两个世代所共有,19个为0世代所特有。0世代和1世代的边鸡群体的平均多态信息含量（PIC）分别为0.5473和0.5437;平均期望杂合度分别（He）为0.5967和0.6009;近交系数（Fis）分别为0.233和0.134。经过一个世代的繁育,PIC和He两个指标维持在原有水平,而群体的近交系数有所下降,说明采用的保种方法很好的保存了边鸡的遗传多样性,同时避免了近交程度过高而导致群体出现近交衰退。3.在4个鸡品种Myostatin基因中总共检测到17个突变,其中10个突变（A326G、C334G、G673A、G985C、G1085A、A1278T、C1346T、G1375A、A1473G和G1491A）位于5′调控区,4个突变（G2100A、G2109A、C2244G和G2283A）位于外显子1,3个突变（C7552T,C7638T和T7661A）位于外显子3。编码区的突变都未导致氨基酸的改变。4.边鸡、京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡Myostatin基因中分别有7、9、9和5个位点表现出多态。边鸡MYOE1-2位点为高度多态位点,MYO1和MYOE1-3位点为中度多态位点,其余4个位点为低度多态位点。京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡中高度多态位点数分别为1、2、0个,中度多态位点数都为4个。5.通过在线软件预测发现4个鸡品种Myostatin基因5′调控区的突变总共导致10个转录因子结合位点（E2F、CRE-BP、CREB、HFH-2、NKx-2、CdxA、Oct-1、V-Maf、Tst-1和C/EBPα）发生了改变。6.边鸡Myostatin基因5′调控区MYO1、MYO6和MYO7位点以及外显子区MYOE1-2、MYOE1-3位点对边鸡的生长性状具有显着或极显着的影响（P<0.05或P<0.01）,推测Myostatin基因可能是影响边鸡生长性状的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。MYOE1-3位点DE和EE基因型的6-18周龄体重都显着或极显着的高于EE基因型（P<0.05或P<0.01）,并且具有EE基因型的体重>DE基因型>EE基因型的规律,MYOE1-3位点在边鸡生长性状的标记辅助选择方面具有很大的应用潜力。7.边鸡Myostatin基因5′调控区MYO1、MYO6和MYO7位点对边鸡的开产体重有显着的影响（P<0.05）,外显子区MYOE1-2、MYOE1-3、MYOE3-2和MYOE3-3位点对边鸡的开产日龄和300日龄产蛋数具有显着或极显着的影响（P<0.05或P<0.01）,推测Myostatin基因可能是影响边鸡繁殖性状的的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。MYOE1-3位点DE基因型的开产日龄显着的早于DD基因型（P<0.05）,EE基因型的开产日龄极显着的早于DD基因型（P<0.01）;MYOE1-3位点DE基因型的300日龄产蛋数显着的高于DD基因型（P<0.05）,EE基因型的300日龄产蛋数极显着的高于DD基因型（P<0.01）,MYOE1-3位点在边鸡300日龄产蛋数的标记辅助选择方面具有很大的应用潜力。8.边鸡Myostatin基因7个多态位点两两组合对边鸡的生长性状和繁殖性状的互作效应达到显着（P<0.05）或极显着（P<0.01）的水平。9.通过荧光定量PCR技术发现Myostatin基因G2283A位点形成的3种基因型（DD、DE和EE）在胸肌、腿肌中的表达量存在差异,在卵巢中的表达量没有差异。在胸肌中,野生型（DD）的表达量是突变杂合型（DE）的表达量的1.40倍,是突变纯合型（EE）的4.66倍。在腿肌中,野生型的表达量是突变杂合型的表达量的1.27倍,是突变纯合型的8倍。研究结果还表明Myostatin基因主要在胸肌和腿肌中表达,在卵巢中只有微量表达,胸肌中的表达量是卵巢中的471.1倍,腿肌中表达量是卵巢中的501.5倍。
强巴央宗[10]（2008）在《西藏藏鸡种质资源特性研究》文中研究说明藏鸡是分布于我国青藏高原的原始小型地方鸡种,本文通过现场调查和抽样检测等方法研究藏鸡种质特性,分析藏鸡体型外貌和生产性能多样性,并用10个微卫星位点从DNA分子水平分析藏鸡遗传多态性.针对高原种蛋孵化率低的问题进行了系列孵化实验,分析人工孵化的种蛋贮存时间、孵化温度,湿度等条件.为了分析VEGF基因在藏鸡胚胎低氧适应中的作用,本文用测序法比较藏鸡和矮小隐性白鸡VEGF基因mRNA序列差异。并比较常氧（O2 21%）和低氧（O2 13%）浓度孵化环境中,胚胎尿囊绒毛膜（CAM）组织VEGF基因mRNA表达差异.为了了解藏鸡开发利用价值,本文选用非线性生长模型分析了藏鸡及隐形白鸡在高海拔环境中生长性能,屠宰特定其肉用性能,从肉物理性状和氨基酸、肌苷酸含量分析藏鸡肉用性能,从蛋的常规营养成分和微量元素含量分析藏鸡蛋用性能.结果如下:（1）藏鸡生境低压、低氧、严寒等恶劣气候,处于半野生生活状态,具有适应高原气候、觅食能力强、耐粗饲、体型外貌和生活习性与红色原鸡非常近似、人工选择程度低等特点.（2）藏鸡人工孵化最佳孵化温度为1-6天为37.68℃;7-14天为37.65℃;15-20天为37.56℃;21天为37.48℃.高原孵化种蛋保存时间不超过7天,贮存温度12-15℃。湿度保持在75-80%,种蛋大头向上.藏鸡受精蛋孵化率88.9%,拉萨白鸡受精蛋孵化率77.5%,隐性白鸡50.7%,藏鸡×隐性白鸡种蛋55.7%,隐性白鸡×藏鸡种蛋63.2%,农大3号矮小蛋鸡54.3%,藏鸡×农大3号矮小蛋鸡种蛋74.7%.（3）根据残差平方和（RSS）和复相关指数（R2）,logisitic模型为模拟高海拔鸡生长过程的较优模型,藏公、母鸡logistic模型拟合的极限体重分别为711.2g和646.6g;拐点周龄分别为12.72和12.32周;拐点体重分别为415.1g和323.3g.引进到高原的隐性白鸡极限体重公、母鸡分别为1243.4g和972.1g,拐点周龄分别为12.51和11.81周,拐点体重分别为621.70g和486.05g.（4）藏鸡公、母屠体率分别为88.95%和88.74%,半净膛率分别为75.55%和74.65%,全净膛率分别为56.30%和55.34%,胸肌率分别为15.00%和15.97%,腿肌率分别为23.69%和23.09%),胸肌滴水损失分别为2.68%和2.62%,肉色分别为3.52和3.74,剪切力值分别为2.95和3.08kg,熟肉率分别为72.03%和71.12%,氨基酸质量分数分别为20.67%和19.78%,肌苷酸分别为2.32和2.50 mg/g.藏鸡具有肉质鲜美的特征,是发展高原特色、优质养殖业的良好品种.（5）藏鸡蛋的营养成分,铁、铜、锌等具有重要生理功能的微量元素以及粗蛋白、粗脂肪含量均高于普通鸡蛋,具有比普通鸡蛋更高的营养价值.（6）藏鸡具有体型小、身体长、胫较高,羽色、冠形、体尺等体型外貌形状具有丰富的多态性。藏鸡微卫星位点遗传多样性丰富、杂合程度高、遗传变异大,群体间存在一定的遗传差异.（7）VEGF基因序列在藏鸡与矮小隐性白鸡之间相当保守,低氧刺激使藏鸡和矮小隐性白鸡CAM组织VEGF基因表达均上调,矮小隐性白鸡上调程度明显大于藏鸡.藏鸡在低氧环境中CAM组织中VEGF基因表达表现一定程度的增加,有利于血管形成,表现对低氧环境的适应.总之,藏鸡无论从表型水平还是从分子水平都是具有丰富遗传多样性的小型地方鸡种,其VEGF基因低氧表达模式具有适应高海拔低氧环境的特征.藏鸡生长缓慢,屠宰性能不高。但胸肌和腿肌率高,氨基酸含量丰富,必需氨基酸和鲜味氨基酸比例大,蛋营养价值高,是发展高原特色、优质养殖业的良好品种.
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
| 1 云南地方鸡种质资源现状 |
| 2 云南地方鸡种分子研究进展 |
| 2.1 线粒体基因 |
| 2.2 微卫星标记 |
| 2.3 功能基因研究 |
| 3 结语 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文缩略词表 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 家鸡遗传资源情况 |
| 1.1.1 国内家鸡资源 |
| 1.1.2 重庆家鸡资源 |
| 1.2 家鸡的起源及驯化 |
| 1.3 地方鸡种保护与利用现状 |
| 1.3.1 家鸡的价值 |
| 1.3.2 本地鸡与商业鸡种的差别 |
| 1.3.3 本地鸡所面临的困境 |
| 1.3.4 保护本地鸡种资源的重要性 |
| 1.4 动物遗传多样性相关技术及应用 |
| 1.4.1 线粒体DNA及其应用 |
| 1.4.2 微卫星标记及其应用 |
| 1.4.3 SNP标记及其应用 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的和意义 |
| 2.2 技术路线 |
| 第3章 实验材料与方法 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 样品采集 |
| 3.1.2 主要实验耗材 |
| 3.1.3 主要药品和试剂 |
| 3.1.4 主要仪器设备 |
| 3.1.5 主要试剂配制 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 总DNA提取 |
| 3.2.2 基因组DNA质量检测 |
| 3.2.3 线粒体DNA D_Loop区序列扩增与纯化 |
| 3.2.4 微卫星标记PCR扩增与分型 |
| 3.2.5 数据分析 |
| 第4章 结果与分析 |
| 4.1 线粒体DNA D_Loop区序列研究 |
| 4.1.1 基因组DNA和 PCR产物的检测 |
| 4.1.2 序列分析 |
| 4.1.3 线粒体D_Loop区遗传多样性分析 |
| 4.1.4 群体间差异分析 |
| 4.1.5 系统发育树分析 |
| 4.1.6 中国西南地方鸡群体系统发育树分析 |
| 4.1.7 基于线粒体DNA D_Loop区序列进行群体扩张分析 |
| 4.2 微卫星标记研究 |
| 4.2.1 微卫星位点的遗传多样性分析 |
| 4.2.2 微卫星位点的群体差异分析 |
| 4.2.3 群体遗传多样性分析 |
| 4.2.4 群体间差异分析 |
| 4.2.5 群体聚类分析 |
| 4.2.6 群体遗传结构分析 |
| 第5章 讨论 |
| 第6章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的文章 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验动物 |
| 1.2基因组DNA提取 |
| 1.3引物及PCR扩增 |
| 1.4 统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 香炉山鸡21个微卫星标记的聚丙烯酰胺凝胶电泳结果 |
| 2.2 香炉山鸡21个微卫星标记的基因型频率 |
| 2.3 香炉山鸡21个微卫星标记的等位基因频率 |
| 2.4 香炉山鸡21个微卫星标记的遗传多样性 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 英文缩略词表 |
| 摘要 |
| ABSTRICT |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 家禽种质资源研究进展 |
| 1.1.1 家禽种质资源 |
| 1.1.2 中国家禽种质资源 |
| 1.1.3 中国地方家禽种质资源保护、开发与利用 |
| 1.2 贵州地方鸡种质资源 |
| 1.3 香炉山鸡概述 |
| 1.4 家禽线粒体DNA D-LOOP区分析研究 |
| 1.5 家禽微卫星标记遗传多样性研究 |
| 1.6 研究的目的与意义 |
| 第二章 香炉山鸡种质资源特性研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 主要实验仪器与试剂 |
| 2.1.3 试验方法 |
| 2.2 统计分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 香炉山鸡生长性能测定分析 |
| 2.3.2 香炉山鸡外貌特征观察 |
| 2.3.3 香炉山鸡繁殖性能和蛋品质分析 |
| 2.3.4 香炉山鸡屠宰性能测定分析 |
| 2.3.5 香炉山鸡部分肉品种分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 生长性能分析 |
| 2.4.2 繁殖性能与蛋品种分析 |
| 2.4.3 屠宰性能分析 |
| 2.4.4 肉品质分析 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 基于微卫星标记的香炉山鸡遗传多样性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验动物 |
| 3.1.2 基因组DNA提取 |
| 3.1.3 基因组DNA检测 |
| 3.1.4 主要仪器与试剂 |
| 3.1.5 10×TBE配置 |
| 3.1.6 其他试剂配制 |
| 3.1.7 引物及PCR扩增 |
| 3.1.8 8%聚丙烯酰胺凝胶制备 |
| 3.1.9 聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染 |
| 3.1.10 数据统计 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 香炉山鸡血液基因组DNA提取结果检测 |
| 3.2.2 香炉山鸡21个微卫星标记聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.2.3 香炉山鸡21个微卫星标记基因型频率 |
| 3.2.4 香炉山鸡21个微卫星标记等位基因频率 |
| 3.2.5 香炉山鸡21个微卫星标记遗传多样性 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 等位基因数分析 |
| 3.3.2 多态信息含量分析 |
| 3.3.3 杂合度分析 |
| 3.3.4 Shanon指数(SI)分析 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 香炉山鸡MTDNA D-LOOP区遗传多样性与系统进化研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验动物 |
| 4.1.2 基因组DNA提取与检测 |
| 4.1.3 引物设计及PCR扩增 |
| 4.1.4 1×TBE配置 |
| 4.1.5 1.0%琼脂糖凝胶配置 |
| 4.1.6 主要仪器与试剂 |
| 4.1.7 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 PCR扩增以及测序序列同源性比对 |
| 4.2.2 线粒体DNA D-Loop区全长序列碱基组成分析 |
| 4.2.3 线粒体DNA D-Loop区全长序列变异及遗传 |
| 4.2.4 遗传距离及聚类分析结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 线粒体DNA D-Loop区全长序列碱基组成分析 |
| 4.3.2 线粒体DNA D-Loop区全长序列变异分析 |
| 4.3.3 遗传多样性分析 |
| 4.3.4 母系遗传分析 |
| 4.4 结论 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 攻读硕士学位期间成果情况 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 蛋白性状及遗传机制 |
| 1.1 蛋白品质 |
| 1.2 影响蛋白品质因素 |
| 1.3 蛋白性状遗传机制研究 |
| 1.3.1 蛋白性状遗传参数研究 |
| 1.3.2 蛋白性状遗传定位研究 |
| 2 蛋壳颜色及遗传机制 |
| 2.1 蛋壳的形成 |
| 2.2 蛋壳颜色的成分 |
| 2.3 蛋壳颜色的测量方法 |
| 2.4 蛋壳颜色的影响因素 |
| 2.4.1 品种因素 |
| 2.4.2 遗传因素 |
| 2.4.3 周龄因素 |
| 2.4.4 营养因素 |
| 2.4.5 其他因素 |
| 2.5 蛋壳颜色的遗传机制 |
| 2.5.1 蛋壳颜色的遗传参数研究 |
| 2.5.2 蛋壳颜色的遗传定位研究 |
| 2.5.3 绿壳蛋遗传机制研究 |
| 3 暗斑性状及遗传机制 |
| 3.1 暗斑的形成 |
| 3.2 暗斑的影响因素 |
| 3.2.1 暗斑形成的外部因素 |
| 3.2.2 暗斑形成的遗传因素 |
| 3.3 暗斑与蛋品质关系 |
| 3.4 改善暗斑的技术措施 |
| 4 蛋形指数及遗传机制 |
| 4.1 蛋形指数的概念 |
| 4.2 蛋形指数与生产性能关系 |
| 4.3 蛋形指数的影响因素 |
| 4.4 蛋形指数的遗传机制 |
| 4.4.1 蛋形指数的遗传参数研究 |
| 4.4.2 蛋形指数的遗传定位研究 |
| 5 全因组关联分析技术研究进展 |
| 5.1 全基因组关联分析 |
| 5.2 鸡全基因关联分析研究进展 |
| 5.2.1 芯片发展 |
| 5.2.2 研究进展 |
| 本研究的目的、意义及内容 |
| 第二章 蛋白性状遗传参数和全基因组关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.1.2 资源群体构建 |
| 1.1.3 试验群体饲养管理 |
| 1.2 蛋白性状测定 |
| 1.2.1 测定时间 |
| 1.2.2 测定方法 |
| 1.2.3 表型数据正态性检验及转换 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.3.1 主要仪器和试剂 |
| 1.3.2 基因组DNA提取 |
| 1.3.3 基因组DNA含量和纯度的测定 |
| 1.4 遗传参数统计方法 |
| 1.5 GWAS分析统计方法 |
| 1.5.1 基因分型和质控 |
| 1.5.2 全基因组关联分析 |
| 1.5.3 连锁不平衡分析 |
| 1.5.4 性状遗传力分析和标记效应计算 |
| 1.5.5 基因注释 |
| 2 结果 |
| 2.1 蛋白性状遗传参数分析 |
| 2.2 F2代蛋白性状表型和基于SNP遗传参数分析 |
| 2.3 蛋白性状GWAS分析 |
| 2.4 显着关联位点分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 蛋白品质的指标评定 |
| 3.2 蛋白性状遗传参数分析 |
| 3.3 影响蛋白性状遗传机制分析 |
| 4 小结 |
| 第三章 蛋壳颜色全基因组关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 蛋壳颜色测定 |
| 1.2.1 表型数据测定时间 |
| 1.2.2 测定指标 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.4 统计方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 40周龄蛋壳颜色GWAS分析 |
| 2.2 蛋壳颜色表型分析 |
| 2.3 蛋壳颜色遗传参数分析 |
| 2.4 粉壳蛋蛋壳颜色GAWS分析 |
| 2.4.1 单变量GWAS分析 |
| 2.4.2 多变量GWAS分析 |
| 2.4.3 基因注释分析 |
| 2.4.4 LD和SNP效应分析 |
| 2.4.5 SNP表型值分析 |
| 2.5 绿壳蛋蛋壳颜色GWAS分析 |
| 2.5.1 单变量GWAS分析 |
| 2.5.2 多变量GWAS分析 |
| 2.5.3 基因注释分析 |
| 2.5.4 LD和SNP效应分析 |
| 2.5.5 SNP表型值分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 蛋壳颜色表型和遗传参数分析 |
| 3.2 影响粉壳蛋蛋壳颜色的GWAS分析 |
| 3.3 绿壳蛋的全基因组关联分析 |
| 3.4 影响蛋壳性状的主效区域及主要家族 |
| 4 小结 |
| 第四章 蛋壳暗斑形成的影响因素和全基因组关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 暗斑测定 |
| 1.2.1 暗斑表型数据采集方法 |
| 1.2.2 蛋壳暗斑全基因组关联分析 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.4 统计方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 影响蛋壳暗斑的外部因素分析 |
| 2.1.1 不同蛋壳颜色对暗斑影响 |
| 2.1.2 不同温湿度对暗斑形成的影响 |
| 2.1.3 暗斑与蛋品质间关系 |
| 2.2 不同蛋壳颜色表型值和遗传参数 |
| 2.3 粉壳蛋暗斑GWAS分析 |
| 2.3.1 GWAS分析 |
| 2.3.2 LD分析 |
| 2.3.3 SNP效应和基因注释 |
| 2.4 绿壳蛋暗斑GWAS分析 |
| 2.4.1 GWAS分析 |
| 2.4.2 SNP效应和基因注释 |
| 3 讨论 |
| 3.1 暗斑影响因素分析 |
| 3.2 蛋壳暗斑形成的遗传机制分析 |
| 3.3 暗斑的遗传选择 |
| 4 小结 |
| 第五章 蛋形指数全基因组关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 蛋形指数测定 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.4 统计方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 蛋形指数表型值和遗传参数 |
| 2.2 蛋形指数GWAS分析 |
| 2.3 显着关联位点分析 |
| 2.4 潜在性显着关联位点分析 |
| 2.5 显着SNP的表型差异 |
| 3 讨论 |
| 3.1 蛋形指数表型和遗传参数分析 |
| 3.2 影响蛋形指数的遗传机制分析 |
| 4 小结 |
| 参考文献 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间取得的学术成果 |
| 1 发表学术论文 |
| 2 主持参与科研项目 |
| 3 获得荣誉和奖励 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文章综述 |
| 1 畜禽遗传资源现状 |
| 1.1 畜禽遗传资源 |
| 1.2 中国畜禽遗传资源 |
| 1.3 中国畜禽遗传资源现状 |
| 1.4 保护畜禽遗传资源的重要性 |
| 2 中国地方鸡种资源概况 |
| 2.1 中国地方鸡种资源 |
| 2.2 贵州地方鸡种 |
| 3 乌蒙凤鸡基本概况 |
| 4 线粒体DNAD-LOOP区在地方鸡种中的研究进展 |
| 4.1 mtDNAD-Loop区简介 |
| 4.2 禽类线粒体DNA遗传多样性研究 |
| 4.3 线粒体DNAD-Loop区在禽类中的研究进展 |
| 5 微卫星在地方鸡种中研究进展 |
| 5.1 微卫星的结构及分布 |
| 5.2 微卫星DNA特点 |
| 5.3 微卫星DNA标记作用机制 |
| 5.4 微卫星DNA标记在鸡遗传多样性研究中的应用 |
| 6 研究目的及意义 |
| 第二章 乌蒙凤鸡种质特性研究 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 饲养条件及营养需要 |
| 2.试验方法 |
| 2.1 体型外貌观察 |
| 2.2 生长指标测定 |
| 2.3 繁殖性能指标 |
| 2.4 屠宰性能测定 |
| 2.5 部分肉质特性 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 乌蒙凤鸡的体型外貌 |
| 3.2 乌蒙凤鸡的生长性能 |
| 3.3 乌蒙凤鸡的繁殖性能 |
| 3.4 乌蒙凤鸡的屠宰性能 |
| 3.5 部分肉品质指标分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 生长性能 |
| 4.2 繁殖性能 |
| 4.3 屠宰性能 |
| 4.4 鸡肉营养成分 |
| 第三章 乌蒙凤鸡线粒体DNAD-LOOP区遗传背景分析 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 主要仪器设备 |
| 1.3 药品及试剂 |
| 1.4 溶液配制 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 乌蒙凤鸡血液样品采集 |
| 2.2 血液基因组DNA提取 |
| 2.3 DNA浓度检测及琼脂糖凝胶检测 |
| 2.4 引物设计与合成 |
| 2.5 溶解与稀释 |
| 2.6 PCR扩增及产物检测 |
| 2.7 数据分析处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 血液基因组DNA提取结果检测 |
| 3.2 mtDNAD-Loop区PCR扩增产物检测 |
| 3.3 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区部分测序结果 |
| 3.4 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区碱基组成 |
| 3.5 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区序列变异 |
| 3.6 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区多样性 |
| 3.7 乌蒙凤鸡种内聚类分析及各单倍型遗传距离 |
| 3.8 遗传进化分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 mtDNAD-Loop区碱基组成 |
| 4.2 mtDNAD-Loop区序列组成 |
| 4.3 mtDNAD-Loop区多样性 |
| 4.4 种内聚类分析及各单倍型遗传距离 |
| 4.5 乌蒙凤鸡遗传进化分析 |
| 第四章 乌蒙凤鸡微卫星标记分析 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 主要仪器设备 |
| 1.3 药品及试剂 |
| 1.4 溶液配制 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 血液样品采集 |
| 2.2 血液基因组DNA提取 |
| 2.3 DNA浓度检测及琼脂糖凝胶检测 |
| 2.4 选择微卫星引物 |
| 2.5 聚丙烯酰胺凝胶制备 |
| 2.6 聚丙烯酰胺凝胶银染 |
| 2.7 基因型判定 |
| 2.8 数据统计及分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基因组DNA检测 |
| 3.2 PCR产物检测 |
| 3.3 6个鸡群19个微卫星位点多态性检测 |
| 3.4 6个鸡种在19个微卫星位点的等位基因频率及分布 |
| 3.5 6个鸡种 19 个座位的等位基因多态性分析 |
| 3.6 6个鸡种的遗传进化分析 |
| 3.7 6个鸡种的聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 6个鸡种的19个微卫星位点的等位基因多态性 |
| 4.2 6个鸡种的19个微卫星位点的多态性分析 |
| 4.3 6个鸡种的遗传进化分析 |
| 4.4 6个鸡种的聚类分析 |
| 5 乌蒙凤鸡的保种和开发利用 |
| 第五章 小结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录Ⅰ |
| 附录Ⅱ |
| 附录Ⅲ |
| 附录Ⅳ |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料从贵州省长顺县鼓扬镇4个村16 |
| 1.2 微卫星多态性DNA的检测方法 |
| 1.2.1 基因组DNA的提取: |
| 1.2.2 引物的选择与合成: |
| 1.2.3 PCR扩增与产物的检测: |
| 1.2.4非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳: |
| 1.3 统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 微卫星位点的多态性 |
| 2.2 遗传多态性分析 |
| 3 讨论 |
| 缩略词表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 前言 |
| 1.1 庄河大骨鸡品种形成及现状 |
| 1.1.1 庄河大骨鸡概述 |
| 1.1.2 庄河大骨鸡的保种现状 |
| 1.2 遗传多样性及其研究意义 |
| 1.3 遗传多样性分析方法 |
| 1.3.1 形态水平遗传多样性 |
| 1.3.2 染色体水平遗传多样性 |
| 1.3.3 蛋白质水平遗传多样性 |
| 1.3.4 DNA水平遗传多样性 |
| 1.4 微卫星标记 |
| 1.4.1 微卫星标记发现 |
| 1.4.2 微卫星标记的结构与分布 |
| 1.4.3 微卫星标记的形成 |
| 1.4.4 微卫星标记的功能 |
| 1.4.5 微卫星标记的研究方法 |
| 1.4.6 微卫星标记的应用 |
| 1.5 微卫星多重PCR技术与STR基因分型 |
| 1.6 本研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样本 |
| 2.1.2 主要的仪器设备 |
| 2.1.3 主要试剂和药品 |
| 2.1.4 微卫星引物 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 DNA的提取 |
| 2.2.2 琼脂糖电泳检测 |
| 2.2.3 核酸分析仪检测浓度与纯度 |
| 2.2.4 建立微卫星多重PCR体系 |
| 2.2.5 STR基因分型检测 |
| 2.3 数据统计分析 |
| 2.3.1 等位基因频率 |
| 2.3.2 多态信息含量 |
| 2.3.3 基因杂合度 |
| 2.3.4 F-统计量 |
| 2.3.5 遗传距离与聚类分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基因组DNA的提取 |
| 3.2 荧光多重PCR体系的建立 |
| 3.3 STR基因分型 |
| 3.4 微卫星位点的遗传多样性分析 |
| 3.4.1 三个群体在20个微卫星标记中的等位基因数 |
| 3.4.3 微卫星位点遗传多样性数据分析 |
| 3.4.4 F-统计量 |
| 3.4.5 群体遗传距离 |
| 4 讨论 |
| 4.1 实验条件的确定与优化 |
| 4.1.1 样本数量 |
| 4.1.2 DNA提取与保存 |
| 4.2 微卫星多重PCR体系的构建 |
| 4.2.1 PCR及琼脂糖电泳条件优化 |
| 4.2.2 微卫星多重PCR体系 |
| 4.2.3 STR基因分型 |
| 4.3 庄河大骨鸡的遗传多样性 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1. 遗传多样性的概念、意义及研究方法 |
| 1.1 遗传多样性的概念 |
| 1.2 遗传多样性研究的作用和意义 |
| 1.3 动物遗传多样性的研究方法 |
| 1.3.1 形态学方法 |
| 1.3.2 细胞遗传学方法 |
| 1.3.3 生化检测方法 |
| 1.3.4 DNA 分子标记方法 |
| 2. 微卫星标记及在遗传育种中的运用 |
| 2.1 微卫星标记的概况 |
| 2.2 微卫星的功能和形成机理 |
| 2.2.1 微卫星的功能 |
| 2.2.2 微卫星的形成机理 |
| 2.3 微卫星标记在遗传育种中的运用 |
| 2.3.1 构建遗传图谱 |
| 2.3.2 QTL 定位和分子标记辅助育种 |
| 2.3.3 个体及亲缘关系的鉴定 |
| 2.3.4 遗传多样性的评估 |
| 2.3.5 DNA 指纹图的制作 |
| 3. Myostatin 基因的研究进展 |
| 3.1 Myostatin 基因的发现 |
| 3.2 Myostatin 基因的定位 |
| 3.3 Myostatin 基因的结构 |
| 3.4 Myostatin 作用机理 |
| 3.5 Myostatin 基因的生物学功能 |
| 3.6 Myostatin 基因的多态性与生产性能的关系 |
| 4. 实时荧光定量PCR 技术 |
| 4.1 实时荧光定量 PCR 技术的基本原理 |
| 4.2 荧光定量 PCR 的定量方法 |
| 4.3 荧光定量 PCR 反应方法的分类 |
| 4.3.1 非特异性DNA 结合染料法 |
| 4.3.2 探针法 |
| 4.4 实时荧光定量 PCR 的应用 |
| 4.4.1 病毒检测上的应用 |
| 4.4.2 肿瘤检测上的应用 |
| 4.4.3 转基因生物中的应用 |
| 4.4.4 畜牧研究领域的应用 |
| 5. 边鸡以及3 个对照鸡种介绍 |
| 6. 本研究的目的和意义 |
| 第二章 边鸡微卫星 DNA 遗传多样性分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 样本的采集 |
| 1.1.2 主要实验仪器 |
| 1.1.3 实验试剂 |
| 1.1.4 主要试剂的配置 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 鸡血液DNA 的提取 |
| 1.2.2 微卫星引物 |
| 1.2.3 PCR 扩增 |
| 1.3 统计分析 |
| 1.3.1 群体内遗传多样性的分析 |
| 1.3.2 群体间遗传关系 |
| 1.3.3 统计软件的运用 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 微卫星引物的PCR 产物电泳 |
| 2.2 品种内的遗传变异分析 |
| 2.2.1 等位基因数（特有等位基因数） |
| 2.2.2 多态信息含量、期望杂合度和观察杂合度 |
| 2.3 品种的遗传分化 |
| 2.4 哈代温伯格平衡 |
| 2.5 近交系数 |
| 3 讨论 |
| 3.1 样本量的确定 |
| 3.2 群体内的遗传多样性 |
| 3.3 群体内的近交系数 |
| 3.4 群体间的遗传分化 |
| 第三章 边鸡群体的保种效果 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 主要实验仪器 |
| 1.3 主要实验试剂及配制方法 |
| 1.4 微卫星引物 |
| 1.5 统计分析方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 2 个世代边鸡的微卫星座位的等位基因数 |
| 2.2 多态信息含量 |
| 2.3 期望杂合度 |
| 2.4 观察杂合度 |
| 2.5 近交系数 |
| 3 讨论 |
| 3.1 世代间群体遗传多样性的变化 |
| 3.2 世代间近交系数的变化 |
| 3.3 对边鸡保种的建议 |
| 第四章 Myostatin 基因的多态性及其与边鸡生长和繁殖性状的关联分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 主要试剂及配制 |
| 1.4 引物设计及 PCR 扩增 |
| 1.5 分析工具 |
| 1.6 SSCP 分析 |
| 1.7 PCR 产物的回收 |
| 1.8 PCR 产物的克隆 |
| 1.8.1 连接反应 |
| 1.8.2 转化 |
| 1.8.3 重组质粒的鉴定 |
| 1.9 数据的统计分析 |
| 1.9.1 群体基因频率、基因型频率的计算以及卡方检验 |
| 1.9.2 遗传多样性参数 |
| 1.10 统计分析模型和软件 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 鸡基因组 DNA 和 PCR 产物结果 |
| 2.1.1 基因组 DNA 提取结果 |
| 2.1.2 SSCP 引物基因组DNA 的PCR 扩增 |
| 2.2 Myostatin 基因 SSCP 检测及序列分析 |
| 2.2.1 SSCP 检测 |
| 2.2.2 序列分析结果 |
| 2.3 转录因子结合位点的预测 |
| 2.4 边鸡Myostatin 基因氨基酸序列分析 |
| 2.5 边鸡Myostatin 蛋白的理化性质和功能域预测 |
| 2.6 群体遗传学分析 |
| 2.6.1 Myostatin 基因5′调控区群体遗传学分析 |
| 2.6.2 Myostatin 基因外显子区的群体遗传学分析 |
| 2.7 Myostatin 基因与生长和繁殖性状的关联分析 |
| 2.7.1 Myostatin 基因与生长性状的关联分析 |
| 2.7.1.1 Myostatin 5′调控区与生长性状的关联分析 |
| 2.7.1.2 Myostatin 外显子区与生长性状的关联分析 |
| 2.7.2 Myostatin 基因与繁殖性状的关联分析 |
| 2.7.2.1 Myostatin 5′调控区与繁殖性状的关联分析 |
| 2.7.2.2 Myostatin 外显子区与繁殖性状的关联分析 |
| 2.8 Myostatin 基因不同位点间的互作效应 |
| 2.8.1 Myostatin 基因不同位点对边鸡生长性状的互作效应 |
| 2.8.2 Myostatin 基因不同位点对边鸡繁殖性状的互作效应 |
| 3 讨论 |
| 3.1 4 个鸡品种 Myostatin 基因的群体遗传学分析 |
| 3.2 Myostatin 基因转录因子结合位点的功能 |
| 3.3 Myostatin 基因的多态性 |
| 3.4 Myostatin 基因与生长性状的关联分析 |
| 3.4.1 5′调控区与生长性状的关联分析 |
| 3.4.2 外显子区与生长性状的关联分析 |
| 3.5 Myostatin 基因与繁殖性状的相关性分析 |
| 3.5.1 5′调控区与繁殖性状的相关性 |
| 3.5.2 外显子区与繁殖性状的相关性 |
| 3.6 Myostatin 基因不同位点对生长和繁殖性状的互作效应 |
| 第五章 Myostatin 基因表达的研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验鸡群和样本采集 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 1.4 分析工具软件 |
| 1.5 实验方法 |
| 1.5.1 主要试剂配制 |
| 1.5.2 鸡组织总RNA 的提取和检测（Trizol 法） |
| 1.5.3 引物设计和PCR 扩增 |
| 1.5.4 反转录 |
| 1.5.5 目的基因和内参基因的 PCR 扩增 |
| 1.5.6 扩增片段的回收和克隆测序 |
| 1.5.7 实时荧光定量PCR |
| 1.5.8 目的基因和内参基因标准曲线的绘制 |
| 1.6 统计软件和方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 RNA 的提取结果 |
| 2.2 常规 PCR 及测序结果 |
| 2.3 目的基因和内参基因的溶解曲线 |
| 2.4 Myostatin 基因的扩增曲线 |
| 2.5 目的基因和内参基因的标准曲线 |
| 2.6 3 种基因型的表达水平相对定量分析 |
| 2.7 3 种组织中 Myostatin 基因的表达水平分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 内参基因的选择 |
| 3.2 荧光定量 PCR 引物的设计 |
| 3.3 Myostatin 基因的组织表达 |
| 3.4 Myostatin 基因的表达与生产性状的关系 |
| 全文结论 |
| 创新之处 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表学术论文 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 我国家禽品种资源保护和利用 |
| 1.1.1 我国家禽品种资源现状 |
| 1.1.2 我国某些地方鸡种的种质特性 |
| 1.1.3 家禽遗传资源的开发利用 |
| 1.2 鸡蛋人工孵化技术研究现状 |
| 1.2.1 人工孵化的基本条件 |
| 1.2.2 影响人工孵化效果的因素 |
| 1.2.3 高原环境对鸡蛋孵化的影响及改进措施 |
| 1.3 优质地方鸡的开发利用 |
| 1.3.1 优质鸡的定义和发展方向 |
| 1.3.2 优质地方鸡的选择性状 |
| 1.4 畜禽遗传多样性 |
| 1.4.1 畜禽遗传多样性研究的理论和意义 |
| 1.4.2 遗传多样性分析方法 |
| 1.4.3 藏鸡遗传多样性研究进展 |
| 1.5 动物高海拔低氧适应分子遗传机理研究 |
| 1.5.1 动物低氧适应遗传基础研究 |
| 1.5.2 藏鸡低氧适应遗传机理研究 |
| 1.6 本文的研究目的和意义 |
| 1.7 本文的主要研究内容 |
| 第2章 西藏藏鸡资源现状调查 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 现场调查 |
| 2.2.2 抽样检测 |
| 2.2.3 资料和文献的搜集与分析 |
| 2.3 结果和分析 |
| 2.3.1 藏鸡的生境与形成 |
| 2.3.2 藏鸡的体型外貌 |
| 2.3.3 藏鸡的生产性能 |
| 2.3.4 藏鸡的不同区域的体重和体尺测定 |
| 2.4 小结和讨论 |
| 第3章 藏鸡人工孵化性能研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.3 结果和分析 |
| 3.3.1 孵化温度和湿度 |
| 3.3.2 种蛋贮存对孵化的影响 |
| 3.3.3 种蛋形状对孵化的影响 |
| 3.3.4 种蛋重对孵化的影响 |
| 3.3.5 藏鸡蛋孵化期失水和气室的变化 |
| 3.3.6 藏鸡种蛋孵化期胚胎形态的观察 |
| 3.3.7 藏鸡和内地良种鸡及其杂交组合种蛋高原孵化 |
| 3.4 小结和讨论 |
| 第4章 藏鸡和隐性白鸡高海拔生长规律研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 生长曲线模型 |
| 4.2.3 参数拟合方法 |
| 4.3 结果和分析 |
| 4.3.1 体重和胫长生长测定 |
| 4.3.2 非线性生长曲线比较 |
| 4.3.3 非线性生长曲线拟合参数 |
| 4.3.4 藏鸡与隐性白体重生长曲线比较 |
| 4.3.5 藏鸡体重和胫长相关 |
| 4.4 讨论和小结 |
| 第5章 藏鸡屠宰和肉质性能研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.2.1 试验材料 |
| 5.2.2 屠宰测定 |
| 5.2.3 肉质分析 |
| 5.2.4 数据分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 藏鸡屠宰性能 |
| 5.3.2 藏鸡肉质物理性状 |
| 5.3.3 藏鸡肉氨基酸和肌苷酸含量 |
| 5.4 讨论与小结 |
| 第6章 藏鸡蛋营养成分分析 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料和方法 |
| 6.3 结果和分析 |
| 6.4 讨论和小结 |
| 第7章 藏鸡品种多样性分析 |
| 7.1 前言 |
| 7.2 材料和方法 |
| 7.2.1 外貌特征多样性观察 |
| 7.2.2 体重体尺多样性测定 |
| 7.2.3 微卫星多样性检测 |
| 7.3 结果和分析 |
| 7.3.1 藏鸡体形外貌多样性 |
| 7.3.2 藏鸡体重体尺多样性 |
| 7.3.3 微卫星多样性 |
| 7.4 小结和讨论 |
| 第8章 藏鸡VEGF基因序列测定和表达分析 |
| 8.1 前言 |
| 8.2 材料与方法 |
| 8.2.1 样品采集 |
| 8.2.2 主要试剂和仪器 |
| 8.2.3 总RNA提取和cDNA合成 |
| 8.2.4 基因序列分析 |
| 8.2.5 荧光定量PCR引物的设计 |
| 8.2.6 荧光定量分析 |
| 8.2.7 计算及统计方法 |
| 8.3 结果与分析 |
| 8.3.1 鸡胚胎尿囊绒毛膜(CAM)组织RNA提取和检测 |
| 8.3.2 序列测定 |
| 8.3.3 荧光定量PCR |
| 8.4 讨论和小结 |
| 第9章 结论与创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间(2005年-今)发表的学术论文 |
| 附图 |
