孙世博[1]（2021）在《硒蛋白TrxR1和Caveolin-1相互作用及分子机制》文中进行了进一步梳理硫氧还蛋白还原酶（Thioredoxin reductase,Trx R）通过调控硫氧还蛋白（Thioredoxin,Trx）氧化还原状态发挥多种生物学功能。Caveolin-1是胞膜窖（Caveolae）主要组成蛋白,参与细胞信号转导、物质代谢和胆固醇稳态。已有研究报道了Caveolin-1与Trx R1在细胞内存在相互作用,并在氧化刺激下诱导细胞早熟衰老,但是Caveolin-1与Trx R1相互作用的结构基础尚不清晰,Caveolin-1抑制Trx R1的分子机制仍需探讨。在这篇论文中,利用重组表达硒蛋白Trx R1,探究了Caveolin-1核心肽段CSD多肽对Trx R1的抑制作用;同时,对靶向Trx R1的天然不可逆抑制剂进行性质表征和作用验证。体外酶学实验发现,1)与多肽CAV-X相比较,CSD多肽显着抑制Trx R1的硒依赖型活性包括DTNB、9,10 PQ还原,同时显着影响Trx R1对Juglone的还原活力;2)为探究CSD多肽对Trx R1抑制的靶向位点,本研究中对Trx R1 CBM区芳香族氨基酸进行突变,包括Y402A、Y402F、F405A、F406A、W407A、W407F、W411A和W411F。结果表明,Y402、F405、F406和W411位均影响了Trx R1与CSD多肽的作用,增强Trxr R1对CSD多肽抵抗,而W407位突变并不影响抑制效果。3)Trx R1 CBM区氨基酸位于蛋白质402-411位,属于Trx R1一段特殊作用的‘guiding bar’结构内,因此本研究检测了Trx R1 CBM区突变如何影响酶催化反应。结果表明,Trx R1 CBM区突变使Trx R1的DTNB还原活性降低,尤其是F406A突变,酶活仅为野生型20%,这表明Trx R1之guiding bar结构在酶催化过程中发挥重要作用。此外,本研究探究了螯合剂对硒蛋白质及其层析纯化的保护作用,发现EDTA挽救受金属离子损伤的Trx R1活性,添加20 m M EDTA,高效保护ADP-Sepharose亲和色谱基质、强化硒蛋白高品质制备。利用重组Trx R1,初探了Trx R1介导甲萘醌还原并产生活性氧的分子机制,揭示了Trx R1催化位点在还原甲萘醌中的作用。最后从食用色素出发,发现合成色素叶绿素铜钠盐是Trx R1不可逆的抑制剂。综上,本论文主要研究发现:（1）CSD多肽对Trx R1活性呈时间/剂量依懒性抑制,并且依赖于Y402、F405、F406和W411位芳香族氨基酸,分别突变为丙氨酸会增强Trx R1对CSD多肽的抵抗;（2）螯合剂如EDTA可以保护Trx R免受金属离子损伤,添加螯合剂可以提高硒蛋白制备品质;（3）Trx R1以非硒依赖介导甲萘醌还原并产生超氧阴离子;（4）叶绿素铜钠盐不可逆抑制Trx R1活性。本研究初探了Trx R1-CAV1的相互作用机制,进一步揭示Trx R1的生物学功能及相关研究提供实验参考和理论基础。
韩燕[2]（2021）在《花生种质资源鉴定与盐诱导基因TIP3的功能研究》文中研究指明花生是一种重要的经济作物和油料作物,在世界范围种植很广,种质资源多样性十分丰富。种质资源精准鉴定与分类是创新利用的基础,是重要农艺性状关键基因挖掘,以及新品种培育的材料基础。非生物胁迫是限制花生产量的主要因素,耐盐种质材料的筛选、耐盐关键基因的挖掘和功能研究是花生耐盐新品种培育的基础。本课题完成了实验室保存的200余份花生种质资源的精准鉴定,并根据形态指标将这些种质资源进行了变种划分。利用基因组重测序数据,通过聚类分析发现大部分个体植物学分类与分子水平聚类基本吻合。在花生中鉴定了64个水通道蛋白基因,发现盐胁迫特异诱导水通道蛋白AhTIP3;1具有较高的通水活性;该基因过量表达后,酵母对盐胁迫更敏感;但可以提高拟南芥种子在盐胁迫条件下的萌发率。主要结果总结如下:（1）对203份材料进行了2年3个试验点的实验,分别考查了这些花生种质资源株高、分枝数目、开花习性、果荚和种子大小、品质特征等重要农艺性状。在前人研究的基础上重新整理了花生变种分类检索表,将这些资源分为2个亚种5个变种。比较了变种间开花习性、分枝数目、株型指数、荚果种子粒数、籽仁性状、脂肪酸和粗脂肪含量等性状的差异,发现了一些极端性状的特异资源。比如,株高小于30厘米的和油酸含量比亚油酸含量少的资源。相关性分析发现,1)粒重与粒长和粒宽的相关系数分别为r2=0.63和0.65;2)籽仁中油酸含量与亚油酸含量显着负相关（P<0.0001）。利用已有的基因组重测序数据（15x）,在全基因组水平上对203份花生种质进行了聚类分析,进一步确认了形态分类与分子水平聚类结果的一致性。（2）在高等植物中,水通道蛋白是一个由多成员组成的大家族,在非生物胁迫下对植物水分平衡调控起着关键作用。前期研究发现盐胁迫条件下花生中部分水通道蛋白具有特异表达模式,为了全面了解花生水通道蛋白的功能,我们在全基因组范围内对其家族成员进行了鉴定。通过系统发育、基因结构和保守序列的分析,从栽培花生基因组中共鉴定出了5个亚族64个结构完整的水通道蛋白基因。根据系统发育和选择性过滤结构分析,我们发现将NIPs（nodulin 26-like intrinsic proteins）分为NIP1s和NIP2s两类,比之前的7类分类法更合理。利用转录组数据分析了花生水通道蛋白基因在盐胁迫条件下的表达模式,发现大部分基因表达被抑制,只有TIP3s（tonoplast intrinsic protein）成员在盐胁迫下被特异地诱导表达。利用爪蟾卵母细胞表达系统研究发现AhTIP3;1具有较高的通水活性;过量表达酵母株系对NH3和硼更敏感,表明在TIP3;1具有一定的NH3和硼转运活性。过量表达TIP3;1酵母株系对盐胁迫更敏感;但是其在拟南芥中过量表达时可以提高盐胁迫条件下种子萌发率。本研究为实验室保存的花生种质资源创新利用、为重要农艺性状关键基因的挖掘奠定基础,种质资源农艺和品质性状的数量化可满足多样性的育种目标的需求。提供了花生MIP（major intrinsic protein）超家族及其在盐胁迫条件下的表达和功能的全面研究,有助于更好地了解花生水通道蛋白在盐胁迫条件下维持植物生长发育中的作用。
司星辉[3]（2020）在《刺激响应性高分子材料用于蛋白药物递送控释的研究》文中进行了进一步梳理蛋白质疗法由于其高效、高特异性和低毒副作用等优点,在多种疾病的治疗方面具有广阔的应用前景,如抗癌类抗体贝伐单抗、利妥昔单抗等,小分子蛋白端粒酶B、细胞色素C、RNA酶A等,治疗糖尿病类药物胰岛素等,治疗自身免疫疾病的IL-6单抗、IL-17单抗、CD20单抗等。然而,由于蛋白类药物易变性失活、膜渗透能力差等特点,蛋白药物的临床转化受到极大地限制。本论文以高分子载体为基础,利用肿瘤生理微环境的特点,设计了纳米凝胶与植入支架的高分子载体用于维持蛋白药物在递送过程的生理活性并实现蛋白药物在靶向部位的可控释放。具体的研究内容和主要结论如下:（1）葡萄糖与pH双敏感型纳米凝胶用于蛋白药物的细胞内递送。苯硼酸与顺式二醇可以在生理环境下形成硼酯键,而形成的硼酯键可以在高葡聚糖浓度或者酸性环境下发生断裂。我们利用这个反应,以葡聚糖和聚（L-谷氨酸）-g-甲氧基聚乙二醇/氨基苯硼酸（PLG-g-mPEG/PBA）为基础,设计了由苯硼酸和顺式二醇交联形成的pH和葡萄糖双响应型生物可降解纳米凝胶用于蛋白药物的递送。交联网格使α-淀粉酶和透明质酸酶的载药效率分别达到55.6%和29.1%。蛋白药物的体外释放曲线显示,蛋白药物的释放速率依赖于pH值或葡萄糖浓度,即在pH 7.4或健康血糖水平（1 mg/mL葡萄糖）下蛋白药物的释放速率较慢,而在pH 5.5或糖尿病血糖水平（高于3mg/mL葡萄糖）时,蛋白药物具有较快的释放速率。更重要的是,圆二色谱表明,释放后蛋白药物的二级结构保持不变,有效地证明了纳米凝胶可以维持蛋白的二级结构。（2）乏氧敏感型纳米凝胶用于蛋白药物的细胞内递送。RNA酶是一类能够特异性水解RNA的核糖核酸磷酸二酯键的酶,可作为细胞毒性蛋白药物进入肿瘤细胞。由于RNA酶高活性与高特异性的优点,RNA酶在临床治疗肿瘤方面吸引了很多关注。然而RNA酶存在不稳定、循环半衰期短、膜渗透性差等缺点。为了克服这些挑战,我们设计了一种由β环糊精（βCD）与偶氮苯（Azo）超分子自组装的纳米凝胶用于RNA酶的细胞内递送。具体地,我们以聚谷氨酸接枝聚乙二醇单甲醚（PLG-g-mPEG）为聚合物骨架,将偶氮苯和β环糊精接枝到聚合物主链上。在温和的水溶液条件下,RNA酶可以被负载到纳米凝胶中。优化后的纳米凝胶的RNA酶载药量和包封效率分别为23.5%和50.4%。在肿瘤细胞内过度表达的硝基还原酶（NTR）的存在下,由于Azo的构象转变,Azo与βCD之间的交联点被破坏,RNA酶从纳米凝胶内释放然后杀伤肿瘤细胞。体外释放结果显示,乏氧条件下72h内有75.0%的RNA酶释放,而在常氧条件下,只有19.7%的RNA酶释放。细胞毒性实验表明,与游离的RNA酶相比,负载RNA酶的纳米凝胶有更强的抑制4T1细胞增殖的作用。体内研究显示,经过负载RNA酶的纳米凝胶的治疗,小鼠的肿瘤抑制率为68.7%,而游离的RNA酶没有任何的治疗效果。为了进一步增强肿瘤的乏氧状态,增强RNA酶在肿瘤部位的释放,我们将纳米化的RNA酶与血管阻断剂康普瑞汀联用,获得了 91.7%的肿瘤抑制率。（3）pH敏感型植入支架用于单抗药物的局部缓释。多种抗体类药物如aPD-1在抗肿瘤治疗方面有着重要的作用,但是抗体类药物的体内应用面临着免疫原性强、靶向能力不足的缺陷,抗体类蛋白药物的应用亟需一种载体,实现其在病灶部位的高效累积并且减少在正常组织的暴露。水凝胶是由含有亲水性基团的聚合物交联形成的一种材料,能够吸收大量的水份。它们丰富的孔隙和良好的生物相容性使得它们成为极具吸引力的药物递送载体。特别是,水凝胶用于药物装载几乎没有限制,不仅可以用于小分子药物的装载,还可以用于蛋白类大分子药物的装载,因此,水凝胶已被广泛用于蛋白药物的局部缓释。我们利用氧化葡聚糖（ODEX）和4臂聚乙二醇氨基（4臂PEG-NH2）在温和条件下通过席夫碱反应制备水凝胶,冻干后得到可用于腹腔植入的生物植入支架,在制备过程中分别装载DOX和aPD-1。体外研究证实了 DOX和aPD-1可以从生物植入支架中缓慢而持续的释放。体内研究表明,生物植入支架可以在小鼠腹腔内缓慢降解,并在小鼠腹部维持较高的药物浓度。在小鼠结肠癌的腹腔转移瘤模型上（CT26-PMC）,负载DOX与aPD-1的植入支架显示出高效的肿瘤抑制效果,肿瘤抑制率高达89.7%,并且DOX与aPD-1的联合治疗相比于单药显示出良好的协同效应,协同指数值达到2.35。通过本论文的研究,我们开发了多种蛋白药物的递送载体用于抗肿瘤治疗,这些蛋白药物载体的设计为蛋白药物的靶向递送和可控释放提供了指导。
宋银龙[4]（2020）在《微管动力学及其调控的分子基础》文中认为微管的动态不稳定性在细胞分裂、迁移和极化等细胞生物学过程中扮演重要角色。微管动力学的核心在于微管末端的聚合动力学及其相应的特殊结构。同时,细胞中微管动力学的调控主要依赖于功能各异的各种微管相关蛋白,特别是微管正端追踪蛋白（Plus-end-tracking proteins,+TIPs）。我的博士论文针对微管聚合末端的动力学这一中心问题,主要包含两方面的内容:（1）提出了描述微管头部结构和动力学波动的“结构-动力学”模型;（2）解析了EB1（End-binding protein1）对微管末端高亲和力结合的机制。在第一部分工作中,我们分析了在不同微管二聚体浓度下微管头部结构和微管二聚体在微管末端聚合的动力学,发现微管头部结构与微管二聚体动力学之间存在相关性。在微管聚合的过程中,微管头部越尖,微管二聚体在微管末端的结合速率和解离速率越大。基于此,我们建立了描述微管组装的“结构-动力学”模型,并用这个模型分析了EB1和ch TOG调控微管动力学的分子机制。最终,我们提出了EB1和ch TOG通过改变微管头部结构的方式调控微管二聚体动力学的机制。在第二部分工作中,我们进一步分析了重要的微管末端调控蛋白EB1的工作机制。利用单分子成像实验,我们发现EB1结合到生长微管头部动力学会随着微管二聚体聚合速率和GTP水解速率变化。野生型EB1（二聚体）对生长微管末端的亲和性要高于EB1单体突变体,说明EB1二聚体中的两个单体都会为EB1对生长微管末端亲和力做出贡献。EB1的linker结构域发生磷酸化可以在不破坏二聚体化的前提下降低EB1对生长微管末端的亲和力,同时也会使EB1的整体构象变得更加紧凑。这些结果说明,整体构象对EB1保持对微管生长端高的亲和力状态非常重要。综上所述,本论文以微管生长末端的结构和生化动力学为中心点,研究了动态聚合微管末端本身的特征以及重要的微管调控蛋白EB1的工作机制,为本领域的前沿发展起到了推动作用。
李雪[5]（2020）在《细胞穿膜肽偶联抗体的设计、表达、功能验证及分子动力学分析》文中进行了进一步梳理乳腺癌是女性中最常见的恶性癌症类型,致死率排名第二。乳腺癌分激素阳性（雌激素阳性或孕激素阳性）、人表皮生长因子受体2（human epidermal growth factor receptor-2,Her2）阳性和三阴性三类,其中Her2阳性乳腺癌约占总患者的25%,是恶性程度最高的一种乳腺癌亚型,具有复发率高、预后差等特点。常规的肿瘤治疗手段主要包括手术、化疗、放疗等。手术切除和化疗通常产生较大的伤害。而传统化疗使用的药物通常是一些细胞毒分子如铂类药物、烷化剂及紫杉醇类等,因缺乏靶向性,进入体内具有全身毒性,出现对正常细胞的杀伤。曲妥珠单抗是1998年由FDA批准的靶向Her2的单克隆抗体,它的应用显着改善了早期Her2阳性乳腺癌患者的预后,是目前治疗该类乳腺癌的一线靶向药物。然而曲妥珠单抗单药治疗Her2阳性晚期乳腺癌有效率仅为20%-30%,联合化疗治疗的有效率最高仅60%。由于内吞能力的不足,产生一定的耐药性和心脏毒性等一系列不良反应,导致至少70%的Her2阳性乳腺癌患者出现了疾病进展。因此如何能够提高靶向药物的内吞能力,已成为开发新的Her2药物的方向。细胞穿膜肽（Cell penetrating peptides,CPPs）是一类可以穿透生物膜并将各种外源物质递送到细胞内的短肽,这种有效的转运系统不受细胞类型的影响且具有较低的细胞毒性。根据其理化性质可以分为阳离子穿膜肽、两亲性穿膜肽和疏水性穿膜肽三类。用穿膜肽增加抗体药物的体内递送是解决抗体药物耐药性,增加抗体药物效果的优选方案。单链抗体（single chain antibody,sc Fv）相对于全抗体积小,具有良好的组织渗透能力,能在血液中快速清除,因此近年来在抗胞内抗原领域得到广泛的应用。BP16是从用于植物保护的天蚕素-蜂毒素杂种库中筛选出来的阳离子穿膜肽。S413是一种嵌合肽,包括一个13个氨基酸的衍生自线性聚阳离子肽皮肤肽素的穿膜序列,和一个衍生自SV40-T抗原的核定位序列,能够渗透到完整的细胞中并在细胞核内积累。MAP是继发性两亲性穿膜肽,它包括亲水部分和疏水部分两部分。本论文用穿膜肽BP16、MAP和S413偶联本实验室筛选的曲妥珠单抗的单链抗体,获得重组蛋白CPP-sc Fv,结果表明能够增加sc Fv的穿膜效果,可增加对Her2阳性乳腺癌细胞凋亡。并通过对重组蛋白CPP-sc Fv的设计、表达、功能验证及分子动力学分析三种穿膜肽偶联单链抗体后穿膜效率差异等方面的研究,发现MAP（两亲性CPP）与磷脂膜作用强烈,易形成较稳定的结构,与sc Fv偶联,有效的提高了抗肿瘤能力。具体研究结果如下:1.通过overlap PCR构建了重组蛋白BP16-sc Fv、S413-sc Fv、MAP-sc Fv表达载体并在大肠杆菌（B21（DE3））大量表达。通过镍亲和层析得到的重组蛋白纯度均在90%以上,满足后续生物学实验验证的要求。2.用MST检测sc Fv、BP16-sc Fv、S413-sc Fv、MAP-sc Fv与Her2抗原的相互作用,发现穿膜肽的存在不影响sc Fv与Her2抗原的亲和性。通过检测重组蛋白的内吞发现,在Her2阳性乳腺癌中,sc Fv、CPP-sc Fv均有明显的内吞,说明sc Fv、CPP-sc Fv都是通过Her2特异性结合来结合细胞的。MAP-sc Fv内吞效果最显着,是sc Fv的三倍。通过MTT法和流式细胞仪检测重组蛋白的细胞毒性。结果表明与单独的sc Fv相比,CPP-sc Fv的细胞毒性更大,IC50值显着降低,诱导细胞凋亡的能力更强,其中MAP-sc Fv的效果更明显,其IC50值降低了7.7倍。3.通过分子动力学模拟分析,随着模拟时间的增加（2000ns的模拟）,MAP可以逐渐插入磷脂膜中,最终没入双层膜中,而S413和BP16只是吸附在膜表面,插入深度远不如MAP。三种穿膜肽与磷脂膜相互作用后,磷脂膜均有横向扩张、纵向压缩的趋势。其中,MAP趋势最显着,与磷脂膜作用最强烈,S413次之,BP16相对较差。4.通过计算分子同源建模所构建模型的总势能,发现MAP-sc Fv的总势能最低,结构更稳定,说明穿膜肽MAP偶联单链抗体后的重组蛋白结构更稳定。综上所述,本文制备的穿膜肽偶联抗体在体外具有良好的抗肿瘤效果,MAP为代表的两亲性穿膜肽将为开发新的Her2阳性乳腺癌靶向药物奠定了理论基础。
郑彤[6]（2020）在《小麦赤霉病抗扩展性（Type Ⅱ）和抗毒素积累（Type Ⅲ）QTL元分析及全基因组关联分析》文中认为赤霉病是影响小麦安全生产的全球性病害,近些年其发病日益严重,提高赤霉病抗性成为小麦育种的持续挑战。小麦赤霉病抗性受多基因/QTL控制,聚合多个效应较大且不同环境或遗传背景下稳定的QTL有利于提高品种的抗性水平。抗扩展（Type Ⅱ）和抗毒素积累（Type Ⅲ）是最重要的两种小麦赤霉病抗性类型,已被广泛研究。目前报道超过100个QTL与这两种抗性有关,但绝大部分QTL稳健性较差,难以用于育种,对这些QTL进行整合分析并给出相对稳定可靠的QTL区间,对赤霉病遗传研究和育种利用都具有重要的意义。全基因组关联分析（GWAS）是对复杂数量性状QTL进行定位的一种手段。基于高密度的SNP芯片对小麦进行全基因组范围内抗性位点扫描已成为鉴定新抗源,挖掘抗赤霉病位点的高效方法。本研究对这两种抗性类型的QTL进行了元分析,与前人的赤霉病元分析比较,本文对赤霉病的元分析及其它相关信息在以下几个方面进行了优化和改进:1)收集了截止2020年1月前公开发表的113篇文献中报道的625个与Type Ⅱ和Type Ⅲ抗性相关的QTL,文献量扩大,时效性提高;2)基于高密度的整合遗传图谱,利用Biomercator V4.2.3软件对这625个QTL进行元分析,共得到1 18个基于遗传图谱的MQTL（genetic map-based MQTL,gMQTL）,随后将这些gMQTL映射到中国春测序图谱,确定了基于参考基因组图谱的MQTL（sequence-based MQTL,sMQTL）,同时通过设定筛选标准挑选出77个可作为后续深入分析和育种利用的高置信度MQTL区域（highly confident,hcMQTL）,这些hcMQTL的一致性和稳健性进一步提高,方便进行不同作图结果的比较;3)分析并补充了位于hcMQTL区间内来自660K和820K SNP芯片的单拷贝SNP标记和单拷贝SSR标记,并将该区间内的单拷贝SNP标记转化为CAPS/dCAPS标记,大大方便了基因型分析、标记筛选、精细定位、图位克隆以及分子标记辅助育种;4)分析了公开发表的与赤霉病研究相关的转录组和蛋白组数据,并与hcMQTL区间进行整合,筛选到17个位于区间内同时具有转录组和蛋白组数据支持的基因,为后续目标QTL克隆和抗性机理解析提供了候选基因。本研究第三章节以来源广泛的261份小麦种质为材料。在2017-2019年连续三年评估了该群体的病小穗率（Type Ⅱ）,并于2019年测定了 DON毒素积累（Type Ⅲ）,结果显示Type Ⅱ抗性和Type Ⅲ抗性具有较高的遗传力。经筛选,最终确定了 48份低病穗率且低毒素的“双低”种质资源材料,为小麦抗赤霉病遗传改良提供优良的抗性亲本。另一方面,利用55K SNP芯片进行基因分型,结合表型进行关联分析。利用FarmCPU模型分析得到20个与Type Ⅱ抗性显着关联的SNP位点及8个与Type Ⅲ抗性显着关联的SNP位点,其中位于7B染色体上的一个与Type Ⅱ抗性相关的位点可在三个环境下重复检测,且遗传率较高,位于4A染色体上的一个与Type Ⅱ抗性相关的位点可在两个环境下重复检测。通过整合元分析与全基因关联分析结果,明确了位于hcMQTL区间内与性状显着关联的SNP。基于多组学手段对7B染色体上的QTL位点进行较为深入的分析,为相关候选基因的克隆、诊断性标记的开发、基因聚合育种及抗赤霉病抗性改良创造了条件。
鲁宜乾[7]（2020）在《真核硒蛋白基因预测系统及查询数据库的开发与研究》文中指出硒是一种生命必须的微量元素,与多种生理过程及重大疾病有关。硒蛋白是硒在体内的主要作用形式。使用生物信息学方法对硒蛋白及其相关合成基因进行识别是硒蛋白研究的一个重要方向。近年来,伴随着生物信息学的快速发展以及大规模物种基因组测序的完成,硒蛋白的研究工作取得了重大进展。但人们对于真核生物硒蛋白的认识还非常片面,仅仅局限于某些特定分区中。而且对硒蛋白的功能和合成机制的认识还不清晰。本论文首先建立了硒蛋白识别系统,系统基于硒蛋白基因识别与编码区组装动态规划算法——Sel Gen Amic。该系统具有敏感性更高,更易用于多物种大规模硒蛋白基因识别的优点。在藻类生物基因组中识别硒蛋白,获取了超过1000个硒蛋白基因,进一步完善了真核生物中硒蛋白在不同进化阶段的分布及规模情况。各类硒蛋白的合成需要复杂的体系,基于对不同进化分支硒蛋白组规模的差异,结合硒蛋白合成体系的关键基因进行硒蛋白进化过程中相关基因的协同进化分析。本文在338种不同进化分支真核生物中识别了参与硒蛋白合成的关键基因eEFSec和SBP2,进行了系统进化分析。并且发现了与eEFSec和SBP2功能相关的重要区域。另外我们还搭建了硒蛋白的生物信息二级数据库——硒蛋白数据库网站（SPDB）,网址为www.selenoprotein.com。SPDB网站是一个以硒蛋白为主的生物信息数据共享平台,目的是提供高质量的真核生物硒蛋白基因组信息。综上所述,本论文涉及硒蛋白和硒蛋白合成基因的识别、进化分析和数据储存。先后构建完成了稳定且有效的硒蛋白基因预测系统,并使用系统进行了大规模的真核生物的硒蛋白识别分析。进行了真核生物硒蛋白合成基因eEFSec和SBP2的识别和系统进化分析,获得了其真核生物分布谱图。此外,我们构建了硒蛋白数据库网站。网站提供了硒蛋白数据查询和下载服务,是硒蛋白研究的高效工具和平台,为硒蛋白的下一步研究和发现打下基础。
邹锐[8]（2020）在《康复性景观在成都市龙泉山城市森林公园的应用研究 ——百工堰康养场地景观设计》文中提出英国着名环境设计师麦克哈格在其着作《设计结合自然》里,描述了自己肺结核疾病在阿尔卑斯山疗养成功的事例,他认为自己被治愈很大一部分原因是因为当地“阳光、大海、鲜花、果园、山岭、积雪、田野”那些具有康复性质的景观[1]。康复性景观在西方的发展已经非常悠久,从公元前4世纪至公元6世纪古希腊埃皮达鲁斯的阿斯克勒庇俄斯神庙群,到后来南丁格尔提倡的广厅式医院,再到后来的“伊甸园模式”、“园艺疗法”及“康复花园”,最早的距今已经有2000多年的历史,如今他们已经将康复景观推广至医疗护理、康复疗养机构以及专门的研究机构,如日本森林医学研究会甫一、美国“悬铃木”（Planetree）评价机构、美国园艺疗法协会等。而中国的康复性景观其实也有着悠久的历史文化传统,陶渊明佳作“采菊东篱下,悠然见南山”,早就表露了人们对寄情于田园山野、花草树木的向往,李树华教授称其为中国古典式的“园艺疗法”[2]。不论是中国还是国外,人们都依赖着自然环境带来的感受,从科学角度来看,这种康复性景观的确能对人体生理、心理产生缓解或康复,从人类进化史看,人类祖先就是从原始自然环境进化而来,狩猎、生息、繁衍都依赖特定的自然环境,人类基因里就有着对自然环境的喜爱。如今康复性景观已经不只是存在于医疗机构,还出现于城市公园绿地、公共设施附属绿地、自然风景区内等,森林康养以其得天独厚的森林环境、空气负离子、植物精气等资源作为优势,已经构成康复性景观其中的一种非常重要的类型,对健康的恢复作用已经得到了研究证实,森林中富含的大量负离子可以改善呼吸系统疾病、心血管系统疾病、增强人体免疫,可保持水土、吸收二氧化碳、释放氧气、净化污染空气、降低噪音及调节气候等作用,而其康复性功能的发挥主要是依赖森林医学中森林疗法这一过程,通过植物精气、空气负离子对人体产生功效,实现人体生理、心理的健康恢复。除此之外,其他学科、方法的交叉运用还使得康复性得到更加明显的效果,如通过参与园艺活动使使用者生理、心理健康得到恢复调整的园艺疗法,使人处于特定环境中恢复消极情绪的环境心理学,借由景观元素组成的环境刺激人体的景观治疗法,其中,中国传统医学阴阳平衡、形神统一以及人与自然的关系的整体观念,是非常具有中国特色的医学观念,这一观念也将为探索出具有本土化的森林康养景观提供重要依据。
刘升[9]（2020）在《三种新发再发病毒入侵与组装机制研究》文中提出过去二十多年来,新发再发病毒性传染病在世界各地频繁爆发,例如埃博拉病毒（Ebola virus,EBOV）、黄热病毒（Yellow fever virus,YFV）、非洲猪瘟病毒（African swine fever virus,ASFV）以及新型冠状病毒（2019 novel coronavirus,2019-nCoV）等导致的疫情,造成巨大的人员伤亡和经济损失。病毒需要感染特定的宿主细胞才能完成其生命周期,这个过程涉及多个步骤:粘附、入侵、复制、组装和释放。其中,进入宿主细胞内部是病毒生命周期的起点,而正确的组装过程对于形成具有侵染力的病毒粒子至关重要。因此,揭示病毒的入侵与组装过程是全面了解病毒感染、传播和致病机理的基础,也是预防和治疗相关病毒性疾病的重要理论依据。本论文基于冷冻电镜技术研究三种代表性的新发再发病毒的入侵与组装机制。首先,我们关注了给中国猪肉市场造成巨大经济损失的非洲猪瘟病毒。非洲猪瘟病毒作为非洲猪瘟病毒科（Asfarviridae）的唯一成员,是一个拥有复杂多层结构的大型双链DNA病毒（直径约250 nm）。由于庞大的病毒颗粒本身具有较大结构柔性,这给全病毒粒子的高分辨率结构解析提出了巨大挑战。为了解决这一难题,我们利用针对大病毒颗粒开发的分块重构算法（Block-based reconstruction）成功获得了 4.6 A近原子分辨率的病毒衣壳（Capsid）结构。基于衣壳结构以及深入的生物信息学分析,我们鉴定出了多种关键的衣壳蛋白,包括8280 个主要衣壳蛋白（Major capsid protein,MCP）p72,60 个五邻体蛋白（Penton protein）以及至少8340个包含三种不同类型的次要衣壳蛋白（Minor capsid protein）。其中p72是病毒衣壳最主要的成分,以三聚体形式分布在二十面体衣壳外层的平面内;五邻体蛋白构成了衣壳的顶点（Vertex）以协助二十面体组装;三种次要衣壳蛋白位于衣壳内部并形成网络结构,像“胶水”一样连接着相邻的壳粒（Capsomer）,从而稳定整个衣壳结构。这些精细的结构信息增加了我们对于非洲猪瘟病毒粒子的基本构成和组装机制的理解,为后续针对这一病毒的生物学特性研究以及相关抗病毒策略研发奠定了基础。其次,我们聚焦于肠道病毒（Enterovirus,EV）的入侵机制,以B型肠道病毒（EV-B）作为对象展开研究。B型肠道病毒是小RNA病毒科（Picornaviridae）肠道病毒属（Enterovirus）的主要成员,是引起儿童脑炎等严重疾病的病原体。虽然B型肠道病毒在细胞表面的粘附受体（Attachment receptor）CD55已被鉴定出来,但是受体介导病毒入侵的具体过程,特别是其脱衣壳（Uncoating）的触发因素仍不清楚。首先,我们基于CRISPR-Cas9文库筛选鉴定出了人类新生儿Fc受体（Human neonatal Fc receptor,FcRn）是大多数B型肠道病毒的一个通用受体。随后,我们选取B型肠道病毒中毒力较强的埃可病毒6（Echovirus 6,Echo 6）作为模型,利用表面装饰了 FcRn的脂质体在体外重现了病毒的脱衣壳过程。为了进一步理解病毒与受体相互作用的分子基础,我们分别解析了 Echo 6病毒粒子及其与粘附受体CD55或脱衣壳受体FcRn结合的复合体在中性和酸性条件下的一系列高分辨率结构。这些结构系统地展示了两种受体对于病毒入侵的不同作用机制。FcRn通过其FCGRT亚基与病毒颗粒上特殊的“峡谷”（canyon）区域结合,而CD55则结合在“峡谷”外的区域。作为粘附受体,CD55并未引起病毒颗粒的明显构象变化。而脱衣壳受体FcRn则会在酸性条件下触发“峡谷”下方的“口袋因子”（Pocket factor）高效释放以起始病毒脱衣壳过程。这项研究建立了肠道病毒利用两种受体入侵细胞的系统理论,为针对病毒入侵过程设计阻断药物提供了理论依据。最后,针对在巴西等美洲国家流行的黄热病疫情,我们对其病原体——黄热病毒粒子的结构进行了研究。黄热病毒是黄病毒科（Flaviviridae）,黄病毒属（Flavivirus）的代表成员,可引起黄疸、出血热等严重疾病。黄热病毒颗粒表面只有一种囊膜蛋白E（Envelope protein）,负责病毒入侵宿主细胞的整个过程,目前其受体分子仍然未知。利用冷冻电镜单颗粒重构技术,我们解析了黄热病毒减毒疫苗株（YF17D）近原子分辨率三维结构。通过结构分析,我们发现黄热病毒E蛋白具有不同于其他黄病毒的独特组装界面,以此来稳定病毒粒子结构,并且我们鉴定出了若干关键氨基酸位点可能进一步提高病毒粒子的稳定性。此外,我们还发现黄热病毒E蛋白上的150-loop区缺乏在其它黄病毒中高度保守的糖基化位点。这一位点对于一些相关病毒的受体识别具有关键作用,从而可能影响病毒的宿主嗜性（host tropism）和毒力。这些发现为理解黄热病毒粒子的稳定性和致病力提供了新的结构基础,对于疫苗改造和开发新型治疗手段以及病毒特异性检测工具具有重要指导意义。综上所述,我们通过结构生物学和生化细胞实验手段研究了三种新发再发传染性病毒的入侵和组装机制,为新型抗病毒药物和治疗方法的研发提供了坚实基础。
苑红[10]（2019）在《miR-4312促进乳腺上皮细胞增殖并抑制其凋亡》文中研究说明乳腺癌是威胁女性健康的重要因素,其发病机制很复杂,受多重因素影响。近年来miRNA在肿瘤发生发展中的作用越来越受到关注。miRNA是一种内源性非编码小RNA,参与基因表达调控过程,肿瘤组织和细胞中常有异常表达。目前研究发现多种miRNA参与乳腺癌发生发展,如miR-21、miR-155、miR-182、miR-10b、miR-27a、miR-9等有致癌作用,而let-7家族、miR-200家族、miR-205、miR-335、miR-145、miR-19等有抑癌作用。但多数miRNA在乳腺癌中的作用机制尚不清楚。本文通过对比正常人和乳腺癌患者血清中miRNA丰富度,发现一系列miRNA在肿瘤患者血清中的差异表达,并对其用qPCR技术进行了验证。除了文献已报导的miRNA外,本文发现miR-4312在乳腺癌患者血清和乳腺癌细胞中都高表达。在MCF-10A细胞中过表达miR-4312,发现细胞生长曲线斜率明显升高;G0/G1期细胞明显减少,而G2/M期细胞明显增多,凋亡细胞数量明显减少,细胞迁移能力增强。同时还发现解旋酶MCM2表达水平提升,细胞内凋亡相关蛋白Caspase 3、BCL2、PARP1表达水平明显升高。结果表明miR-4312具有促进细胞增殖、抑制细胞凋亡和促进迁移的作用。另外,通过数据库预测得到miR-4312靶基因57个,其中含野生型PDCD4 3’UTR报告质粒的荧光素酶活性在与miR-4312作用后明显降低,表明PDCD4基因是miR-4312的靶基因。利用基因沉默技术在MCF-10A细胞沉默表达PDCD4蛋白,发现细胞生长曲线的斜率也是明显升高,G0/G1期细胞数量明显减少,S期细胞明显增多,凋亡细胞数量明显减少,表明抑制表达PDCD4同样具有促进细胞增殖和抑制细胞凋亡的作用。这些结果与miR-4312过表达结果相一致。综上所述,我们得出miR-4312在乳腺癌细胞高表达,且可能通过靶向PDCD4发挥促进细胞增殖和抑制细胞凋亡作用。
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 硫氧还蛋白系统 |
| 1.1.1 硫氧还蛋白系统 |
| 1.1.2 硫氧还蛋白系统参与的细胞进程 |
| 1.2 靶向硫氧还蛋白还原酶的癌症治疗 |
| 1.2.1 硫氧还蛋白还原酶性质结构与功能 |
| 1.2.2 靶向硫氧还蛋白还原酶的抗肿瘤策略 |
| 1.2.3 靶向硫氧还蛋白还原酶抑制剂 |
| 1.3 Caveolin-1 |
| 1.3.1 Caveolae的分子组成与分布 |
| 1.3.2 Caveolin-1 的结构与功能 |
| 1.3.3 Caveolin-1 与蛋白质相互作用 |
| 1.3.4 基于CSD-AP(Cavtratin)的疾病治疗方案 |
| 1.4 选题依据与研究意义 |
| 1.4.1 选题依据 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 2 硒蛋白TrxR1 的表达、纯化及掺硒机制探究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 材料与试剂 |
| 2.2.2 实验仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 硒蛋白TrxR1 的原核表达 |
| 2.3.2 硒蛋白TrxR1 的纯化 |
| 2.3.3 硒蛋白TrxR1 浓度测定 |
| 2.3.4 硒蛋白TrxR1 活力测定 |
| 2.3.5 tRNASec定点突变 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 硒蛋白TrxR1 的制备 |
| 2.4.2 EDTA对 TrxR1 酶活力保护 |
| 2.4.3 tRNA~(Sec)突变在硒代半胱氨酸掺入中的作用 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 小结 |
| 3 硒蛋白TrxR1 的催化特性探究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 材料与试剂 |
| 3.2.2 实验仪器 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 TrxR还原甲萘醌活性测定 |
| 3.3.2 TrxR1还原甲萘醌的k_(cat)和K_m计算 |
| 3.3.3 活性氧测定 |
| 3.3.4 谷胱甘肽还原酶还原甲萘醌活性测定 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 TrxR1 非硒依赖介导甲萘醌还原 |
| 3.4.2 甲萘醌抑制TrxR1 还原活性 |
| 3.4.3 甲萘醌抑制TrxR1 DTNB还原活性 |
| 3.4.4 甲萘醌靶向TrxR1 C-末端硒代半胱氨酸 |
| 3.4.5 GR以低速率催化甲萘醌还原 |
| 3.4.6 TrxR1 介导甲萘醌还原产生超氧阴离子 |
| 3.4.7 多种醌类化合物是TrxR1 底物 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 小结 |
| 4 Caveolin-1 抑制 TrxR1 分子机制 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.2.1 材料与试剂 |
| 4.2.2 实验仪器 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 CSD多肽合成 |
| 4.3.2 CSD抑制TrxR1 底物谱检测 |
| 4.3.3 NAP-5~(TM)脱盐 |
| 4.3.4 大鼠TrxR1 定点突变 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 TrxR1 CBM区多序列比对 |
| 4.4.2 CSD多肽稳定性 |
| 4.4.3 CSD多肽不是TrxR底物 |
| 4.4.4 CSD抑制TrxR活性 |
| 4.4.5 NAP-5~(TM)脱盐探究CSD抑制 TrxR活性机制 |
| 4.4.6 CSP3、CSP7、CSP5 不抑制TrxR1 活性 |
| 4.4.7 Caveolin-1的CSD区的理化性质 |
| 4.4.8 Caveolin-1 三级结构预测 |
| 4.4.9 Caveolin-1 三维结构的评价 |
| 4.4.10 Caveolin-1与TrxR1 相互作用分子对接 |
| 4.4.11 TrxR1CBM区突变体制备 |
| 4.4.12 TrxR1 突变体对CSD多肽抑制抵抗 |
| 4.4.13 TrxR1CBM区突变体对酶催化活性影响 |
| 4.4.14 TrxR1 CBM区结构分析 |
| 4.4.15 TrxR1 CBM区突变体酶动力学特征 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 小结 |
| 5 靶向TrxR1 抑制剂开发 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验材料 |
| 5.2.1 材料与试剂 |
| 5.2.2 实验仪器 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 细胞培养 |
| 5.3.2 细胞活性检测 |
| 5.3.3 ROS水平和产生方式的测量 |
| 5.3.4 细胞内TrxR活性 |
| 5.4 实验结果 |
| 5.4.1 多种食用色素抑制TrxR1 活性 |
| 5.4.2 硒代半胱氨酸是食用色素主要靶向位点 |
| 5.4.3 叶绿素诱导TrxR1 寡聚化 |
| 5.4.4 叶绿素铜钠盐抑制TrxR1 还原活性 |
| 5.4.5 叶绿素铜钠盐促进活性氧产生并抑制肿瘤细胞生长 |
| 5.5 讨论 |
| 5.6 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 |
| 攻读硕士学位期间申请及授权专利 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 栽培花生分类与种质资源利用研究进展 |
| 1.1 栽培花生的分类与传播 |
| 1.1.1 栽培花生的分类 |
| 1.1.2 栽培花生的传播 |
| 1.2 花生种质资源收集与利用研究进展 |
| 1.2.1 花生种质资源收集 |
| 1.2.2 花生种质资源创新与利用 |
| 1.3 花生基因组与关键基因的挖掘 |
| 1.4 花生资源利用研究中存在的问题 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第2章 栽培花生资源分类与鉴定 |
| 2.1 实验材料与实验方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.2 结果分析 |
| 2.2.1 考察花生种质资源来源 |
| 2.2.2 203 份栽培花生表型鉴定与分类 |
| 2.2.3 203 份栽培花生重测序与数据分析 |
| 2.2.4 进化树分析和聚类分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 花生水通道蛋白全基因组分析及盐胁迫响应研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 栽培花生中MIPs的鉴定 |
| 3.1.2 系统发育分析、基因结构分析和保守基序预测 |
| 3.1.3 花生中水通道蛋白的表达分析 |
| 3.1.4 遗传转化及盐胁迫条件下发芽率试验 |
| 3.1.5 植物培养与盐胁迫处理 |
| 3.1.6 水通道蛋白通水性分析 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 栽培花生A.hypogaea基因组中MIPs同源基因鉴定 |
| 3.2.2 水通道蛋白的系统发育及基因结构分析 |
| 3.2.3 NPA基序和选择性过滤器中氨基酸残基的特征 |
| 3.2.4 盐胁迫对水通道蛋白表达的影响 |
| 3.2.5 AhTIP3:1 表达和功能分析 |
| 第4章 结论与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论着 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 蛋白药物在肿瘤治疗方面的应用 |
| 1.1.1 肿瘤的治疗 |
| 1.1.2 肿瘤微环境的特征 |
| 1.2 蛋白药物的体内递送方式-PEG化 |
| 1.3 蛋白药物递送的载体 |
| 1.3.1 脂质体类 |
| 1.3.2 纳米凝胶 |
| 1.3.3 高分子纳米粒子 |
| 1.3.4 无机纳米粒子 |
| 1.3.5 微球 |
| 1.3.6 水凝胶 |
| 1.4 敏感型高分子载体递送体系 |
| 1.4.1 pH敏感型高分子载体 |
| 1.4.2 温度敏感型高分子载体 |
| 1.4.3 酶敏感型高分子载体 |
| 1.4.4 葡萄糖敏感型高分子载体 |
| 1.5 凝胶与纳米凝胶的交联机制 |
| 1.5.1 物理交联 |
| 1.5.2 化学交联 |
| 1.6 本论文的选题目的以及主要研究内容 |
| 第2章 葡萄糖与pH双响应型纳米凝胶用于蛋白药物的高效递送 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料和实验方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 仪器与表征 |
| 2.2.3 PLG-g-mPEG/PBA的制备 |
| 2.2.4 空白纳米凝胶与负载蛋白的纳米凝胶的制备 |
| 2.2.5 体外释放与释放后蛋白药物的圆二色谱 |
| 2.2.6 纳米凝胶的细胞内吞 |
| 2.2.7 纳米凝胶的细胞毒性 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 PLG-g-mPEG/PBA的合成与表征 |
| 2.3.2 空白纳米凝胶和负载蛋白质的纳米凝胶的制备和表征 |
| 2.3.3 蛋白药物的释放行为及释放后蛋白的圆二光谱 |
| 2.3.4 蛋白药物的活性检测 |
| 2.3.5 细胞内吞 |
| 2.3.6 纳米凝胶的生物相容性 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 缺氧敏感型超分子纳米凝胶用于RNA酶的细胞内递送以及乳腺癌的治疗 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料和实验方法 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 仪器与表征 |
| 3.2.3 PLG-g-mPEG/Azo和PLG-g-mPEG/βCD的合成 |
| 3.2.4 RNase-FITC和RNase-Cy5的合成 |
| 3.2.5 负载RNA酶的纳米凝胶的制备 |
| 3.2.6 纳米化RNA酶的体外释放 |
| 3.2.7 释放后RNA酶的圆二色谱 |
| 3.2.8 细胞培养 |
| 3.2.9 细胞毒性测试 |
| 3.2.10 纳米化RNA酶的细胞内吞 |
| 3.2.11 动物实验 |
| 3.2.12 纳米化RNA酶的药代动力学 |
| 3.2.13 体内抗肿瘤效果评价 |
| 3.2.14 组织的免疫组化分析 |
| 3.2.15 统计学分析 |
| 3.3 结果和讨论 |
| 3.3.1 PLG-g-mPEG/Azo和PLG-g-mPEG/βCD的合成与表征 |
| 3.3.2 超分子纳米凝胶的表征 |
| 3.3.3 纳米凝胶对RNA酶的担载 |
| 3.3.4 纳米化RNA酶的缺氧敏感释放 |
| 3.3.5 纳米化RNA酶的细胞内吞 |
| 3.3.6 纳米化RNA酶的细胞毒性 |
| 3.3.7 纳米化RNA酶的体内代谢 |
| 3.3.8 纳米化RNA酶的体内抑瘤效果 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 生物可降解支架递送aPD-1抗体用于腹腔转移瘤的治疗 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料和实验方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 氧化葡聚糖的制备 |
| 4.2.3 细胞培养 |
| 4.2.4 四臂PEG-NH_2的合成 |
| 4.2.5 植入支架的制备 |
| 4.2.6 植入支架的流变学行为 |
| 4.2.7 植入支架的体外降解和体外释放 |
| 4.2.8 细胞毒性的测定 |
| 4.2.9 DOX引发CT26细胞的免疫原性死亡 |
| 4.2.10 动物实验 |
| 4.2.11 生物可植入支架的体内降解和生物分布 |
| 4.2.12 体内抗肿瘤实验 |
| 4.2.13 流式细胞分析 |
| 4.2.14 组织的病理学分析 |
| 4.2.15 统计分析 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 生物植入支架的体外表征 |
| 4.3.2 生物植入支架的体外释放的研究 |
| 4.3.3 生物植入支架的细胞毒性和DOX引发ICD |
| 4.3.4 生物植入支架的体内降解和生物分布 |
| 4.3.5 CT26腹腔转移肿瘤模型的治疗效果 |
| 4.3.6 CT26腹腔转移肿瘤治疗后的免疫细胞分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 全文总结和展望 |
| 5.1 全文总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 |
| 摘要 |
| abstract |
| 主要英文缩略词对照表 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 细胞骨架的分类和功能 |
| 1.1.1 细胞骨架可以构成动态结构和稳定结构 |
| 1.1.2 细胞骨架由具有特定物理学和动力学特征的蛋白亚基组成 |
| 1.1.3 细胞骨架相关蛋白和马达蛋白共同调控细胞骨架纤维 |
| 1.1.4 细菌细胞中存在真核细胞骨架蛋白的同源蛋白 |
| 1.2 微管的组成和功能 |
| 1.2.1 微管的组成和结构 |
| 1.2.1.1 微管是由微管原丝组成的空心管状结构 |
| 1.2.1.2 微管蛋白亚型 |
| 1.2.1.3 微管表面形成微管相关蛋白和马达蛋白的结合位点 |
| 1.2.2 微管动态不稳定性 |
| 1.2.2.1 微管动力学 |
| 1.2.2.2 微管动态不稳定性的结构基础 |
| 1.2.2.3 微管动力学的调控 |
| 1.2.2.4 γ微管蛋白的蛋白复合物帮助微管成核 |
| 1.2.2.5 非中心体微管 |
| 1.2.3 马达蛋白 |
| 1.2.3.1 两种马达蛋白沿微管运动 |
| 1.2.3.2 微管和马达蛋白共同完成细胞器和囊泡运输 |
| 1.2.3.3 复杂微管组件的构成依赖微管动力学和马达蛋白的作用 |
| 1.2.4 微管组成的高级结构 |
| 1.2.4.1 中心体微管 |
| 1.2.4.2 动纤毛和鞭毛由微管和动力蛋白构成 |
| 1.2.4.3 静纤毛在细胞内信号传递中发挥重要功能 |
| 1.3 微管头部结构与动力学 |
| 1.3.1 GTP帽模型 |
| 1.3.2 GTP帽维持微管稳定 |
| 1.3.3 微管二聚体动力学计算 |
| 1.3.4 电镜观察微管头部结构 |
| 1.3.5 微管头部波动性和自由能对微管动力学的影响 |
| 1.4 微管末端结合蛋白EB1 |
| 1.4.1 EB1 的结构 |
| 1.4.2 EB1 倾向于结合到生长微管末端 |
| 1.4.3 EB1 招募其它蛋白到微管末端 |
| 1.4.4 EB1 翻译后修饰 |
| 1.5 研究目的和研究内容 |
| 1.5.1 微管生长端结构波动和动力学 |
| 1.5.2 EB1 二聚体构成对微管末端高亲和力结构 |
| 第2章 实验材料和方法 |
| 2.1 实验试剂与材料 |
| 2.1.1 微管蛋白制备 |
| 2.1.2 TOG柱子制备 |
| 2.1.3 玻片制备 |
| 2.1.4 TIRF微管体外重构实验 |
| 2.1.5 蛋白克隆表达与纯化 |
| 2.1.6 HDX实验 |
| 2.1.7 NMR实验 |
| 2.2 实验仪器 |
| 2.2.1 微管蛋白制备 |
| 2.2.2 玻片制备 |
| 2.2.3 TIRF实验相关 |
| 2.2.4 蛋白克隆表达与纯化 |
| 2.2.5 SAXS实验 |
| 2.2.6 HDX实验 |
| 2.2.7 NMR实验 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 TOG柱子制备 |
| 2.3.2 微管蛋白的纯化 |
| 2.3.3 微管蛋白的标记 |
| 2.3.4 EB1 蛋白纯化 |
| 2.3.5 分子筛 |
| 2.3.6 微管动力学实验 |
| 2.3.7 图像分析 |
| 2.3.8 单分子荧光实验 |
| 2.3.9 微管沉降实验 |
| 2.3.10 X射线小角散射实验 |
| 2.3.11 HDX实验 |
| 2.3.12 用于NMR分析的linker结构域纯化 |
| 2.3.13 NMR数据分析 |
| 第3章 微管生长端结构波动和动力学 |
| 3.1 基于TIRF成像技术的微管体外动力学重建体系 |
| 3.2 微管二聚体浓度影响微管头部形态 |
| 3.3 从微管头部结构波动计算微管二聚体动力学参数 |
| 3.4 EB1 改变微管头部结构和微管动力学 |
| 3.5 chTOG改变微管头部结构和微管动力学 |
| 3.6 果蝇细胞中微管动力学特征和微管头部结构 |
| 3.7 S2 微管二聚体间的纵向和侧向相互作用 |
| 3.8 小结和讨论 |
| 第4章 EB1 二聚体构成对微管末端高亲和力结构 |
| 4.1 EB1 单分子结合到微管生长末端的动力学研究 |
| 4.2 EB1 二聚体化增强其对微管生长末端的亲和力 |
| 4.3 EB1 linker结构域磷酸化降低EB1 对微管生长末端的亲和力 |
| 4.4 EB1 4D突变体构象发生变化 |
| 4.5 EB1 4D突变体改变了分子内相互作用 |
| 4.6 小结与讨论 |
| 第5章 总结与展望 |
| 5.1 微管生长端结构波动和动力学 |
| 5.2 EB1 二聚体构成对微管头部高亲和力的结构 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 细胞穿膜肽 |
| 1.1.1 细胞穿膜肽的分类 |
| 1.1.2 细胞穿膜肽的穿膜机制 |
| 1.1.3 分子动力学模拟用于细胞穿膜肽的研究 |
| 1.1.4 细胞穿膜肽的应用 |
| 1.2 单克隆抗体 |
| 1.2.1 单克隆抗体的分类 |
| 1.2.2 抗体的小型化 |
| 1.3 乳腺癌 |
| 1.3.1 乳腺癌的分子分型 |
| 1.3.2 Her2阳性乳腺癌靶向治疗的进展 |
| 1.4 本课题研究的意义和内容 |
| 1.4.1 本课题的研究意义 |
| 1.4.2 本课题的研究内容 |
| 第二章 融合蛋白CPP-sc Fv的表达、纯化 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料与仪器 |
| 2.2.1 菌株和质粒 |
| 2.2.2 基因片段 |
| 2.2.3 主要仪器与设备 |
| 2.2.4 主要实验试剂 |
| 2.2.5 溶液的配置 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 重组表达载体PET28b-BP16-sc Fv、PET28b-S413-sc Fv、PET28b-MAP-sc Fv的构建 |
| 2.3.2 BP16-sc Fv、S413-sc Fv、MAP-sc Fv的小量表达 |
| 2.3.3 BP16-sc Fv、S413-sc Fv、MAP-sc Fv的大量表达及蛋白纯化 |
| 2.4 结果与讨论 |
| 2.4.1 重组表达载体PET28b-BP16-sc Fv、PET28b-S413-sc Fv、PET28b-MAP-sc Fv的构建 |
| 2.4.2 BP16-sc Fv、S413-sc Fv、MAP-sc Fv的小量表达 |
| 2.4.3 BP16-sc Fv、S413-sc Fv、MAP-sc Fv的大量表达及纯化 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 融合蛋白CPP-sc Fv生物学活性研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料与仪器 |
| 3.2.1 细胞株和质粒 |
| 3.2.2 主要仪器与设备 |
| 3.2.3 主要实验试剂 |
| 3.2.4 溶液的配置 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 细胞复苏、传代培养和冻存 |
| 3.3.2 用MST法研究sc Fv、CPP-sc Fv与 Her2 抗原的相互作用 |
| 3.3.3 sc Fv、CPP-sc Fv细胞毒性检测 |
| 3.3.4 sc Fv、CPP-sc Fv细胞凋亡分析 |
| 3.3.5 sc Fv、CPP-sc Fv的内吞检测 |
| 3.3.6 统计学分析 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 用MST法研究sc Fv、CPP-sc Fv与 Her2 抗原的相互作用 |
| 3.4.2 sc Fv、CPP-sc Fv的内吞检测 |
| 3.4.3 sc Fv、CPP-sc Fv细胞毒性和诱导凋亡 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 分子动力学模拟三种穿膜肽与磷脂膜的相互作用 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 模拟方法 |
| 4.2.1 初始穿膜肽结构的搭建 |
| 4.2.2 穿膜肽BP16、S413、MAP与 DPPC细胞膜的相互作用 |
| 4.3 结果分析 |
| 4.3.1 初始穿膜肽结构的搭建 |
| 4.3.2 穿膜肽与DPPC磷脂膜相互作用体系的搭建 |
| 4.3.3 穿膜肽与DPPC磷脂膜相互作用结果 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 CPP-sc Fv融合蛋白模型的建立及势能计算 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 搜索CPP-sc Fv同源序列 |
| 5.2.2 CPP-sc Fv同源建模及优化 |
| 5.2.3 CPP-sc Fv模型评价 |
| 5.2.4 CPP-sc Fv融合蛋白的势能计算 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 搜索CPP-sc Fv同源序列 |
| 5.3.2 CPP-sc Fv同源建模及优化 |
| 5.3.3 CPP-sc Fv模型评价 |
| 5.3.4 CPP-sc Fv融合蛋白的势能计算 |
| 5.4 本章小结 |
| 结论与展望 |
| 结论 |
| 创新点 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 附件 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 小麦赤霉病概述 |
| 1.2 小麦抗赤霉病育种现状 |
| 1.3 主要抗赤霉病QTL的定位 |
| 1.4 QTL元分析 |
| 1.5 全基因组关联分析 |
| 1.6 整合多组学研究赤霉病抗性 |
| 1.7 研究思路 |
| 第二章 小麦赤霉病Type Ⅱ及Type Ⅲ抗性QTL元分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 小麦赤霉病Type Ⅱ及Type Ⅲ抗性QTL信息收集 |
| 2.2.2 基于遗传图谱进行元分析 |
| 2.2.2.1 一致性图谱的选择和评估 |
| 2.2.2.2 QTL的映射及元分析 |
| 2.2.3 小麦赤霉病高置信度MQTL区间的建立 |
| 2.2.4 高置信度MQTL区间内单拷贝标记的整合 |
| 2.2.5 小麦赤霉病多组学分析与HcMQTL区间整合 |
| 2.2.5.1 小麦赤霉病相关转录组和蛋白组数据分析 |
| 2.2.5.2 相关候选基因的挖掘 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 小麦赤霉病Type Ⅱ和Type Ⅲ抗性QTL信息整合 |
| 2.3.2 一致性遗传图谱选择 |
| 2.3.3 小麦抗赤霉病QTL元分析 |
| 2.3.4 HcMQTL区间内单拷贝标记的整合 |
| 2.3.5 HcMQTL区间内转录组和蛋白组分析及候选基因预测 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 小麦赤霉病Type Ⅱ及Type Ⅲ抗性表型鉴定及全基因组关联分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.2 小麦赤霉病Type Ⅱ和Type Ⅲ抗性表型数据获得 |
| 3.2.2.1 材料的准备与种植 |
| 3.2.2.2 赤霉菌菌株的培养和菌液制备 |
| 3.2.2.3 双花滴注法接种及赤霉病Type Ⅱ抗性鉴定 |
| 3.2.2.4 利用LC-MS法测定籽粒中的DON含量 |
| 3.2.2.5 表型数据处理 |
| 3.2.2.6 小麦赤霉病Type Ⅱ及Type Ⅲ抗性“双低”种质的筛选 |
| 3.2.3 全基因组关联分析 |
| 3.2.3.1 DNA的提取及SNP分型 |
| 3.2.3.2 群体结构及主成分分析 |
| 3.2.3.3 全基因组关联分析 |
| 3.2.3.4 连锁不平衡分析 |
| 3.3 结果分析 |
| 3.3.1 小麦赤霉病Type Ⅱ及Type Ⅲ抗性表型分析 |
| 3.3.1.1 小麦赤霉病Type Ⅱ及Type Ⅲ抗性表型描述性统计 |
| 3.3.1.2 小麦赤霉病Type Ⅱ及Type Ⅲ抗性表型相关性分析 |
| 3.3.1.3 小麦赤霉病“双低”种质的筛选 |
| 3.3.2 小麦赤霉病Type Ⅱ及Type Ⅲ抗性全基因组关联分析 |
| 3.3.2.1 主成分分析、群体结构分析及连锁不平衡分析 |
| 3.3.2.2 模型的选择 |
| 3.3.2.3 基于病小穗率(Type Ⅱ)的全基因组关联分析 |
| 3.3.2.4 基于DON毒素积累(Type Ⅲ)的全基因组关联分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 整合元分析及全基因组关联分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 整合分析 |
| 4.2.2 单倍型分析 |
| 4.2.3 转录组及蛋白组数据验证 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 HcMQTL区间上的Type Ⅱ及Type Ⅲ抗性SNP位点挖掘 |
| 4.3.2 7B染色体上重现性位点的整合分析 |
| 4.3.3 7B染色体上重现性位点的单倍型分析 |
| 4.3.4 7B染色体上重现性位点的转录组及蛋白组分析 |
| 4.4 讨论 |
| 全文总结 |
| 附表 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间科研成果 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 硒与健康 |
| 1.2 硒蛋白的功能 |
| 1.3 硒蛋白结构及合成机制 |
| 1.4 硒蛋白生物信息学研究进展 |
| 1.5 生物信息数据库 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 第二章 硒蛋白识别系统的设计与实现 |
| 2.1 硒蛋白基因编码区识别 |
| 2.2 SECIS结构识别 |
| 2.3 Sec局部保守性分析 |
| 2.4 硒蛋白识别结果分析 |
| 2.5 硒蛋白识别系统整体架构 |
| 2.6 系统运行环境 |
| 2.7 藻类基因组硒蛋识别 |
| 2.8 小结 |
| 第三章 硒蛋白合成体系关键基因进化研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果与讨论 |
| 3.3 小结 |
| 第四章 数据库网站的设计与实现 |
| 4.1 数据库网站构建使用的技术 |
| 4.2 数据库开发 |
| 4.3 网站开发 |
| 4.4 网站运维 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 |
| 深圳大学指导教师对研究生学位论文的学术评语 |
| 深圳大学研究生学位（毕业）论文答辩委员会决议书 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景、意义与目的 |
| 1.1.1 研究背景 |
| 1.1.2 研究意义、目的 |
| 1.2 研究内容与框架 |
| 1.2.1 研究内容 |
| 1.2.2 论文框架 |
| 1.3 研究创新性与重点、难点 |
| 1.3.1 研究的创新性 |
| 1.3.2 研究的重、难点 |
| 1.4 研究方法 |
| 1.4.1 文献研究法 |
| 1.4.2 跨学科研究法 |
| 1.4.3 案例分析法 |
| 1.4.4 问卷调查法 |
| 1.4.5 实地调研法 |
| 1.5 国内外研究现状 |
| 1.5.1 国外研究现状 |
| 1.5.2 国内研究现状 |
| 2 康复性景观与森林康养基础理论研究 |
| 2.1 支撑学科及方法概念 |
| 2.1.1 中国传统医学与“整体观” |
| 2.1.2 森林医学与“森林疗法” |
| 2.1.3 环境心理学与“恢复反应” |
| 2.1.4 景观治疗法与“感官刺激” |
| 2.1.5 园艺活动与“园艺疗法” |
| 2.2 康复性景观概念、发展及相关混淆概念厘清 |
| 2.2.1 康复性景观概念及发展 |
| 2.2.2 康复性景观与一般性环境景观的差异性 |
| 2.2.3 康复性景观相关混淆概念厘清 |
| 2.3 康复性景观类型与森林康养的关联性 |
| 2.3.1 康复性景观的主要类型 |
| 2.3.2 康复性景观与森林康养的关联性 |
| 2.4 森林康养概念、类型及特征 |
| 2.4.1 森林康养概念及混淆概念厘清 |
| 2.4.2 森林康养活动类型 |
| 2.4.3 森林康养场地特征 |
| 2.5 康复性景观与森林康养效用机理 |
| 2.5.1 康复性景观效用机理 |
| 2.5.2 森林康养效用机理 |
| 3 康复性景观下的森林康养场地设计方法研究 |
| 3.1 中国传统医学“整体观”引导森林康养的思想观念 |
| 3.1.1 “阴阳平衡”观对森林康养目的的引导 |
| 3.1.2 “形神统一”观对森林康养内容的引导 |
| 3.1.3 “人与自然关系”观对森林康养机制的引导 |
| 3.2 森林医学“森林疗法”引导确立森林康养的品质 |
| 3.2.1 引导确立森林康养疗法过程 |
| 3.2.2 引导确立森林康养环境品质 |
| 3.2.3 引导确立森林康养场地规划 |
| 3.3 园艺疗法、景观治疗法、环境心理学对具体实践的指导 |
| 3.3.1 园艺疗法与“园艺活动”的具体指导 |
| 3.3.2 景观治疗法下“感官刺激”的具体指导 |
| 3.3.3 环境心理学下“恢复反应”的具体指导 |
| 3.4 本章小结:观念、品质、实践 |
| 4 相关案例研究与调查分析 |
| 4.1 森林康养例研究—日本Sun City Yokohama |
| 4.1.1 项目概况 |
| 4.1.2 项目设计 |
| 4.1.3 案例总结 |
| 4.2 康复花园案例研究—荷兰Zonnehuis |
| 4.2.1 项目概况 |
| 4.2.2 项目设计 |
| 4.2.3 案例总结 |
| 4.3 园艺花园案例研究—美国Capital Health Medical Center |
| 4.3.1 项目概况 |
| 4.3.2 项目设计 |
| 4.3.3 案例总结 |
| 4.4 问卷调查与分析 |
| 4.4.1 调查问卷的内容设计 |
| 4.4.2 调查问卷—受众人群分析 |
| 4.4.3 调查问卷—景观要素分析 |
| 4.4.4 调查问卷—景观类型分析 |
| 4.4.5 调查问卷数据总结 |
| 5 实证研究:百工堰森林康养场地景观设计 |
| 5.1 场地调查分析研究 |
| 5.1.1 场地背景概述 |
| 5.1.2 场地上位规划 |
| 5.1.3 场地区位及交通 |
| 5.1.4 场地地貌及气候 |
| 5.1.5 场地自然及人文资源 |
| 5.1.6 小结:场地SWOT分析 |
| 5.2 场地设计策略与构思 |
| 5.2.1 设计目标分析 |
| 5.2.2 设计原则及策略 |
| 5.2.3 场地总体构思 |
| 5.2.4 场地规划布局 |
| 5.3 场地康养步道 |
| 5.3.1 步道入口设计 |
| 5.3.2 森林康养步道 |
| 5.3.3 滨水康养步道 |
| 5.4 森林康养疗愈花园 |
| 5.4.1 冥想花园 |
| 5.4.2 感官花园 |
| 5.4.3 园艺疗法花园 |
| 5.4.4 复健疗养园 |
| 5.5 森林康养设施 |
| 5.5.1 康养居住区 |
| 5.5.2 康养文化区 |
| 5.5.3 康养医疗区 |
| 5.6 森林康养元素 |
| 5.6.1 场地康养植物 |
| 5.6.2 场地安全保障 |
| 5.6.3 场地灯光照明 |
| 5.6.4 场地景观小品 |
| 6 研究结论与不足 |
| 6.1 研究结论 |
| 6.1.1 森林环境在康复性景观中举足轻重 |
| 6.1.2 要建立本土化的森林康养康复性景观 |
| 6.1.3 多学科交叉是目前森林康养及康复性景观的主要研究方式 |
| 6.2 研究不足 |
| 6.2.1 中国传统医学与本土化森林康养结合还需加深 |
| 6.2.2 森林康养的设计研究方法还需充实 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间的科研成果 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 非洲猪瘟病毒研究背景简介 |
| 1.1.1 非洲猪瘟病毒的分类和流行性分析 |
| 1.1.2 非洲猪瘟病毒的形态和结构特征 |
| 1.1.3 非洲猪瘟病毒的入侵与组装机制简介 |
| 1.1.4 非洲猪瘟病毒粒子蛋白质组成情况简介 |
| 1.1.5 非洲猪瘟病毒疫苗研发前景 |
| 1.1.6 针对大病毒颗粒开发的分块重构算法 |
| 1.2 肠道病毒研究背景简介 |
| 1.2.1 肠道病毒的致病性和分类情况简介 |
| 1.2.2 肠道病毒的基因组及颗粒结构特征 |
| 1.2.3 肠道病毒的生命周期简介 |
| 1.2.4 肠道病毒的脱衣壳机制简介 |
| 1.2.5 B型肠道病毒的功能性受体发现历程 |
| 1.3 黄病毒研究背景简介 |
| 1.3.1 黄病毒分类以及致病性情况简介 |
| 1.3.2 黄病毒基因组及颗粒结构特征简介 |
| 1.3.3 黄病毒的膜融合过程简介 |
| 1.3.4 黄病毒的生命周期简介 |
| 1.3.5 黄热病毒的流行性分析 |
| 1.3.6 黄热病毒的致病机制简介 |
| 1.3.7 黄热病毒的结构研究进展 |
| 1.3.8 黄热病毒疫苗株的作用机理和安全性讨论 |
| 第2章 非洲猪瘟病毒组装机制研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 实验仪器及设备 |
| 2.2.2 商品化耗材及试剂 |
| 2.2.3 实验试剂及配方 |
| 2.2.4 病毒培养细胞系 |
| 2.3 实验方法与步骤 |
| 2.3.1 ASFV的培养与扩增 |
| 2.3.2 ASFV的纯化 |
| 2.3.3 电镜负染检测ASFV病毒粒子的纯度与状态 |
| 2.3.4 ASFV冷冻样品制备 |
| 2.3.5 ASFV颗粒数据收集 |
| 2.3.6 冷冻电镜数据处理和三维重构 |
| 2.3.7 模型和密度图说明 |
| 2.4 实验结果与讨论 |
| 2.4.1 ASFV病毒粒子的培养与纯化 |
| 2.4.2 ASFV冷冻电镜制样与数据处理 |
| 2.4.3 ASFV完整病毒粒子三维结构 |
| 2.4.4 ASFV衣壳整体三维结构 |
| 2.4.5 ASFV主要衣壳蛋白p72的结构特征 |
| 2.4.6 ASFV五邻体蛋白和次要衣壳蛋白的鉴定及结构特征 |
| 2.4.7 ASFV与其他大型DNA病毒的比较 |
| 2.5 小结与展望 |
| 第3章 埃可病毒入侵机制研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 实验仪器及设备 |
| 3.2.2 商品化耗材及试剂 |
| 3.2.3 细胞系 |
| 3.3 实验方法与步骤 |
| 3.3.1 Echo 6的培养与纯化 |
| 3.3.2 Echo 6纯化效果的电镜负染检测 |
| 3.3.3 Echo 6及其受体复合物冷冻制样 |
| 3.3.4 Echo 6及其受体复合物冷冻样品数据收集 |
| 3.3.5 冷冻电镜数据处理 |
| 3.3.6 模型搭建和结构精修 |
| 3.3.7 结构分析与作图 |
| 3.3.8 受体装饰的脂质体制备 |
| 3.3.9 受体装饰的脂质体与Echo 6的孵育实验 |
| 3.4 实验结果与讨论 |
| 3.4.1 Echo 6的纯化与样品检查 |
| 3.4.2 Echo 6与CD55或FcRn的共孵育条件摸索 |
| 3.4.3 Echo 6及其受体复合物冷冻制样、数据收集及结构解析 |
| 3.4.4 Echo 6及其受体复合物的结构剖析 |
| 3.4.5 Echo 6-FcRn以及Echo 6-CD55复合物分子间相互作用分析 |
| 3.4.6 CD55与不同肠道病毒复合物电镜结构比较 |
| 3.4.7 受体装饰的脂质体实验 |
| 3.5 小结与展望 |
| 第4章 黄热病毒冷冻电镜结构研究 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.2.1 实验仪器及设备 |
| 4.2.2 商品化耗材及试剂 |
| 4.2.3 实验试剂及配方 |
| 4.2.4 细胞系 |
| 4.3 实验方法与步骤 |
| 4.3.1 YF_17D的培养与扩增 |
| 4.3.2 YF_17D的纯化 |
| 4.3.3 负染电镜检测YF_17D的纯度和浓度 |
| 4.3.4 YF_17D冷冻制样与数据收集 |
| 4.3.5 YF_17D数据处理 |
| 4.3.6 模型搭建和精修 |
| 4.3.7 热稳定性试验 |
| 4.3.8 黄病毒E和M蛋白的保守性分析 |
| 4.3.9 基于结构的系统进化树分析 |
| 4.4 实验结果与讨论 |
| 4.4.1 YF_17D的纯化和样品检查 |
| 4.4.2 YF_17D冷冻样品制备、数据处理以及模型搭建 |
| 4.4.3 YF_17D成熟病毒颗粒的整体结构 |
| 4.4.4 YF_17D在低pH条件下的颗粒形态 |
| 4.4.5 YF_17DE蛋白组装的相互作用界面分析 |
| 4.4.6 疫苗株YF_17D与野毒株CNYF01的稳定性差异 |
| 4.4.7 YF_17D E蛋白上无糖基化修饰的150-loop的独特构象 |
| 4.4.8 不同黄病毒E蛋白结构比较 |
| 4.5 小结与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一章 miRNA在乳腺癌发生发展中的作用(文献综述) |
| 1. miRNA生物合成及生物学功能 |
| 1.1 miRNA的生物合成 |
| 1.2 miRNA的生物学功能 |
| 2.miRNA与乳腺癌 |
| 2.1 miRNA在乳腺癌中的表达 |
| 2.2 促进乳腺癌发生发展的miRNA |
| 2.2.1 miR-21 |
| 2.2.2 miR-155 |
| 2.2.3 miR-182 |
| 2.2.4 miR-10 b |
| 2.2.5 miR-27a |
| 2.2.6 miR-9 |
| 2.3 抑制乳腺癌发生发展的miRNA |
| 2.3.1 let-7 family |
| 2.3.2 miR-145 |
| 2.3.3 miR-200 family |
| 2.3.4 miR-205 |
| 2.3.5 miR-19a |
| 3. miRNA在乳腺癌中作为诊断和预后生物标记 |
| 第二章 miR-4312 促进乳腺上皮细胞增殖并抑制其凋亡 |
| 1. 序言 |
| 2. 材料和方法 |
| 2.1 血清中miRNA芯片检测 |
| 2.1.1 血清样品来源 |
| 2.1.2 检测方法 |
| 2.2 从血清样品提取miRNA |
| 2.3 细胞的培养 |
| 2.3.1 细胞复苏 |
| 2.3.2 细胞传代 |
| 2.3.3 细胞冻存 |
| 2.4 细胞中总RNA提取 |
| 2.5 miRNA第一链c DNA合成 |
| 2.6. q PCR检测miRNA表达 |
| 2.6.1 引物 |
| 2.6.2 q PCR反应体系 |
| 2.6.3 q PCR反应程序 |
| 2.7 细胞转染技术 |
| 2.8 细胞增殖能力检测 |
| 2.9 细胞周期的检测 |
| 2.10 细胞凋亡的检测 |
| 2.11 细胞划痕实验 |
| 2.12 细胞中总蛋白的提取 |
| 2.12.1 细胞裂解液RIPA配制 |
| 2.12.2 5 × protein Loading Buffer配制 |
| 2.12.3 细胞总蛋白提取步骤 |
| 2.13 Western Blot检测蛋白表达相对含量 |
| 2.13.1 Western Blot使用试剂 |
| 2.13.2 Western Blot印迹过程 |
| 2.14 双荧光素酶报告质粒荧光活性检测验证靶基因 |
| 3. 结果 |
| 3.1 乳腺癌患者血清中共有249种差异表达的miRNA |
| 3.1.1 芯片数据分析得出249种差异表达的miRNA |
| 3.1.2 预测差异表达miRNA的靶基因 |
| 3.1.3 差异表达miRNA靶基因的GO分析 |
| 3.1.4 差异表达miRNA靶基因的信号通路(Pathway)分析 |
| 3.1.5 血清中验证得到9个差异表达的miRNA |
| 3.2 细胞中验证得到4个差异表达miRNA |
| 3.3 miR-4312 在乳腺癌细胞中呈现高表达 |
| 3.4 miR-4312 促进细胞增殖、迁移和抑制细胞凋亡 |
| 3.4.1 miR-4312 促进细胞中G0/G1期细胞进入G2/M期 |
| 3.4.2 miR-4312 促进细胞增殖 |
| 3.4.3 miR-4312 抑制细胞凋亡 |
| 3.4.4 miR-4312 促进细胞迁移 |
| 3.5 预测miR-4312 靶基因 |
| 3.6 PDCD4是miR-4312 靶基因 |
| 3.6.1 miR-4312 下调PDCD4蛋白表达 |
| 3.6.2 miR-4312 降低含有野生型PDCD43'UTR报告质粒荧光素酶活性 |
| 3.7 抑制表达PDCD4促进细胞增殖并抑制细胞凋亡 |
| 3.7.1 抑制表达PDCD4促进细胞增殖 |
| 3.7.2 抑制表达PDCD4促进细胞从G0/G1期进入S期 |
| 3.7.3 抑制表达PDCD4抑制细胞凋亡 |
| 3.7.4 抑制表达PDCD4对细胞迁移的无显着影响 |
| 3.8 过表达miR-4312 上调细胞周期相关蛋白和凋亡相关蛋白表达 |
| 4. 讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
