姜竹鸣[1]（2020）在《沙漠环境特色放线菌地嗜皮菌科放线菌多样性及其生物学特性研究》文中指出沙漠环境具有寡营养、极端干旱、太阳辐射强、昼夜温差大等特点,这些严酷的环境压力是对生命的挑战,也是生命进化的动力。地嗜皮菌科放线菌是一类高GC含量的革兰氏染色阳性菌,被称作为环境中的先锋生物。在沙漠环境压力胁迫下,地嗜皮菌科放线菌必然进化形成一套独特的适应机制,其生态学意义及其应用潜力值得深入研究。一直以来,受制于微生物纯培养技术,未能收集到足够的地嗜皮菌科放线菌纯培养物供系统性研究,以至于对地嗜皮菌科放线菌的研究仅止步于对零星菌株的观察和实验。本研究选择巴丹吉林沙漠和古尔班通古特沙漠这两大典型沙漠环境作为研究对象,分别从不同的微生态环境采集沙漠土样品,首先应用高通量测序方法探测各不同微环境中微生物多样性和丰富度情况,通过构建网络共现图,分析微生物群落结构特征,着重探测地嗜皮菌科放线菌在沙漠环境的分布特征,并以此为指导,优化菌种分离培养方案,分离获得地嗜皮菌科放线菌,再结合Biolog表型芯片实验,收集菌株的表型特征。将采集自古尔班通古特沙漠的44份土壤样品按微生态环境分成8组,进行高通量测序分析,拼接后去冗余共得到389321条reads。使用Usearch对序列进行OTU聚类分析,共检测到归属于27门575属的微生物类群,其中归属于地嗜皮菌科的reads共有6494条,占比为1.67%,从8种不同的微环境中均检测到了地嗜皮菌科放线菌成员。以高通量测序分析为基础构建的网络共现图提示:在沙漠环境中,地嗜皮菌科放线菌是核心菌群,是沙漠环境的特色微生物类群;地嗜皮菌科放线菌与沙漠环境其他核心菌群间的互作关系比较复杂,可能对部分微生物的定植起着积极作用。根据高通量测序分析结果提示,我们应用纯培养手段对巴丹吉林沙漠40份样品和古尔班通古特沙漠44份样品进行菌种分离培养。从巴丹吉林沙漠环境共分离纯化得到归属于细菌域5门90属的505株纯培养物,从古尔班通古特沙漠分离得到归属于细菌域3门76属的361株纯培养物。从上述84份沙漠环境样品中共得到地嗜皮菌科菌株16株。地嗜皮菌科放线菌菌株,表型芯片实验结果显示:1)在碳源同化方面,地嗜皮菌科放线菌的碳源利用谱较广,来源于沙漠环境的全部实验菌株能够同化多糖（葡聚糖）,91.7%的实验菌株能够同化醋酸,75%的菌株能够同化吐温40等酯类物质。所测试中的71种碳源中,只有D-蜜二糖,β-甲酰-D-葡萄糖苷、3-甲酰葡萄糖、L-丙氨酸、L-组氨酸和D-葡糖二酸等碳源没有被任何一株菌株利用。菌株对碳源的同化情况和菌株的分类学地位的相关性较其与生态环境相关性更为明显。2)地嗜皮菌科放线菌在对氮源和磷硫元素的同化方面,表现出和菌株的生态环境及其分类学地位之间均无明显相关性。综合菌株的表型和基因型特征实验结果,我们确定了来源于沙漠环境的菌株CPCC 205119T、CPCC 205215和CPCC 205251的分类学地位。这3株菌属于贫养杆菌属的同一个新物种,以菌株CPCC 205119T为典型菌株,将这个新物种命名为沙漠贫养杆菌。本研究系统探索了沙漠环境地嗜皮菌科放线菌的多样性,收集了地嗜皮菌科放线菌的生物学特征,也初步从基因组层面上分析了地嗜皮菌科放线菌抗逆特性的遗传物质基础。
李飞娜[2]（2020）在《红树林和沙漠环境药用放线菌资源勘探及新物种分类学研究》文中研究指明细菌耐药问题日趋严重,亟需新型高效的抗生素,而当前新型优质抗生素药物匮乏,主要原因之一是已知菌和素的重复筛选所导致的发现成本升高和效率低下。放线菌是抗生素生产的主力军,其物种多样性是化合物多样性的基础,开发菌源,丰富药用放线菌资源,可从源头上增加新型抗生素的发现机率。栖息于特殊环境的放线菌以往研究较少,因其独特的基因类型和代谢机制,目前已成为药用放线菌资源开发的热点。基于上述背景,本研究选择红树林和沙漠这两种特殊环境,采用经典的放线菌分离方法,开展了药用放线菌资源勘探。由于实验室可培养的微生物不足自然界的1%,为有效挖掘剩余99%的微生物资源,本研究还尝试采用原位培养技术俘获红树林土壤中未培养和难培养微生物。最后针对勘探过程中发现的新物种,重点开展了多相分类学鉴定。主要工作内容如下:一、对澳门路氹城生态保护区的红树林植物进行了内生放线菌的分离纯化,并从中选取代表菌株开展抗菌活性筛选。该研究从12份植物样品中共分离得到192株内生放线菌,分布于8目17科30属,优势菌属为链霉菌属;其中22株为潜在新物种,4株新物种被鉴定发表;抗菌活性筛选结果表明,82株发酵菌株中50株具有抗菌活性,其中强抗菌活性（抑菌圈直径>20 mm）菌株6株,具有明显抗菌活性（抑菌圈直径>12 mm）的稀有放线菌21株,具有抗菌活性的潜在新物种8株,值得开展化学研究的候选菌株28株,为评价其抗菌潜力,分析了其中5株菌的次级代谢产物生物合成基因簇。二、采用原位培养技术俘获福田红树林和茅尾海红树林土壤中未培养和难培养放线菌,并从中选取代表菌株开展抗菌活性筛选和作用机制检测。从35份原位培养样品中分离得到367株放线菌,分布于7目12科30属,优势菌属为微杆菌属,其中9株为潜在新物种。抗菌活性筛选结果表明,85株发酵菌株中45株具有抗菌活性,其中强抗菌活性（抑菌圈直径>20mm）菌株10株,具有明显抗菌活性（抑菌圈直径>12 mm）的稀有放线菌13株,具有抗菌活性的潜在新物种2株。双荧光蛋白报告系统对85份发酵液酯相提取液的筛结果表明,2株链霉菌的次级代谢产物可抑制蛋白翻译。根据上述结果,确定25株菌为化学研究候选菌株,对其中1株链霉菌开展次级代谢产物生物合成基因簇分析,发现其具有产生多种抗菌活性物质的潜力,目前本课题组博士生已从该菌中分离得到3个活性化合物。三、对塔克拉玛干沙漠植物样品进行内生放线菌的分离纯化,并从中选取代表菌株开展抗菌活性筛选和作用机制检测。从15份植物样品中得到320株内生放线菌,分布于9目14科23属,优势菌属为链霉菌属,其中19株为潜在新物种,目前已经确定了 3株新物种的分类地位;抗菌活性筛选结果表明,75株发酵菌株中47株具有抗菌活性,其中具有强抗菌活性（抑菌圈直径>20 mm）的菌株6株,具有明显抗菌活性（抑菌圈直径>12 mm）的稀有放线菌10株,具有抗菌活性的潜在新物种5株;双荧光蛋白报告系统对75份发酵液酯相提取液的筛选结果表明,2株链霉菌的次级代谢产物可抑制DNA合成,2株链霉菌的次级代谢产物可抑制蛋白翻译。根据上述结果,确定19株为化学研究候选菌株,对其中4株菌进行了次级代谢产物生物合成基因簇分析,预测了其产生抗菌活性物质的潜力。在基因挖掘指导下,本课题组博士生已从2株候选菌株中分离得到14个活性化合物,其中2个为新化合物。四、选取4株澳门红树林植物内生菌（1T4Z-3、4Q3S-7、5T4P-12-1和2T4P-2-4）和3株塔克拉玛干沙漠植物内生放线菌（11W25H-1、8H24J-4-2和9W16Y-2）开展了潜在新物种的多相分类鉴定,确定了上述7株菌的分类地位,分别命名为Amnibacterium endophyticum sp.nov.、Marmoricola mangrovicus sp.nov.、Mangrovicella endophytica gen.nov.,sp.nov.、Aureimonas endophytica sp.nov.、Labedella phragmitis sp.nov.、Labedellapopuli sp.nov.和 Aeromicrobium endophyticum sp.nov.。本研究从红树林和沙漠生境中共分离得到879株放线菌,分布于9目20科54属;对242株放线菌进行抗菌活性筛选,共获得142株具有抗菌活性的菌株,其中强抗菌活性（抑菌圈直径>20 mm）菌株共22株,具有明显抗菌活性（抑菌圈直径>12 mm）的稀有放线菌共44株,具有抗菌活性的潜在新物种共15株;对160株放线菌进行基于抗菌作用机制的筛选,获得4株可抑制蛋白翻译的链霉菌和2株可抑制DNA合成的链霉菌。根据上述实验结果,确定72株为化学研究候选菌株,并对其中10株菌进行次级代谢产物生物合成基因簇分析,预测了其产生抗菌活性物质的潜能。目前本课题组博士生从本研究获得的3株化学候选菌株,分离得到了 17个活性化合物,其中2个为新化合物。另外,本研究共分离得到50株潜在放线菌新物种,7株已被鉴定发表。文献调研发现,截至2020年3月,红树林植物内生放线菌新物种共13个,其中有4株来自本研究的澳门红树林植物内生放线菌;2017-2020年1月,沙漠植物内生放线菌新物种共5个,其中有3株来自本研究的塔克拉玛干沙漠植物内生放线菌。本研究结果揭示红树林和沙漠生境中孕育着丰富且新颖的放线菌资源,是新抗生素发现的宝库。同时,采用原位培养技术可为天然产物研究提供更加丰富优质的菌源,值得深入研究。
张彦军[3]（2019）在《陕西盐渍土微生物生态及放线菌资源的分析研究》文中研究说明在极端环境微生物研究范围逐渐扩大下,人类对于极端环境微生物生态研究的关注力度随之不断提高。我国盐渍土分布区域中,面积最大最多的6大区域中包括陕西省。该省盐渍土较为集中的分布于榆林、渭南区域。进行本次试验是为了探明陕西盐渍土里微生物的分布特征、微生物同土壤因子间内在联系,研究重点为放线菌,同时经筛选找到特殊形态放线菌菌株以及耐盐放线菌菌株。此项试验供涉及陕西省3个采样区:定边北、渭南、定边东。针对这3个采样区,从不同土壤层级、不同季节、不同地表植被标准下确定33个采样点,自这些采样点合计收集土样59个,接着对所有土样土壤盐分、酸碱度、酶以及养分进行测定,同时完成土样内分布的细菌、真菌以及放线菌的提取,接着对数量进行统计,并确定其中的优势菌株;所提取的放线菌共计1500株,对这些菌株实施耐盐性筛选以及初步分类,确定出其中的耐盐放线菌、特殊形态放线菌,并对这些病菌实施鉴定,调研确认主要工作如下:1陕西盐渍土内微生物的时空分布就陕西省3大盐渍土分布区域中,微生物量最多的为定边东,定边北次之,渭南则最少;含微生物量较多为苏打盐土、复合盐土,较少的是单一型盐土;在盐渍化程度方面,含微生物量较多的是微盐渍化土、轻度盐渍化土,较少的是中度盐渍化、重盐化土壤。微生物数量随土壤层次的加深呈现为逐渐下降趋势,同时,微生物大部分在第一层与第二层分布。从时间角度分析,细菌与真菌数量的分布规律为:9月与11月均大于3月与6月;在放线菌数量呈现的分布规律为:3月最多,其后为11月,9月次之,6月最少。2揭示了土壤因子与微生物数量间关联性经对土壤因子进行分析,证实,正向作用于细菌量的诸因子中,作用最显着的是HCoO3-,然后为有机质,多酚氧化酶次之,影响最小的是速效磷;负向影响细菌数量的因子中,影响最大的是Co32-,其次是蔗糖酶,然后是总盐量,pH次之,最小的是磷酸酶。正向影响真菌数量的因子中,影响力从大至小顺次为总盐、Cl-、磷酸酶、K+、CO32 pH、蔗糖酶、Ca2+;负向影响真菌数量的因子中,影响力从大至小顺次是SO42-、HCO3有机质、速效氮、Mg2+、速效磷、脲酶。正向影响放线菌数量的因子中,影响力由大至小顺次为SO42-、磷酸酶、K+、Cl-、多酚氧化酶、速效氮、HCO3-。负向影响放线菌数量最显着的为总盐量3分析确认陕西盐渍土中放线菌的组成,并揭示了土壤因子同放线菌构成间关联性在陕西省盐渍土中,存在的非链霉菌主要属有小单孢菌、高温放线菌与小多孢菌存在的链霉菌几大类群有孢类群、金色类群、黄色类群、灰褐类群、烬灰类群与球孢类群。在分布上,5类盐渍土中的非链霉菌类型量与链霉菌类群量表现为:苏打盐土与复合盐土均大于单一型盐土。通过分析盐渍化程度不同的4类土壤证实,土壤盐渍化程度同土壤里非链霉菌属种类不存在明显关联,但前者的加深可导致链霉菌类群数向减少趋势发展通过研究季节因素同土壤里放线菌种类关系发现,双方无明显相关性。在正向作用非链霉菌属数因子中,影响力由大至小依次为Ca2+、有机质、脲酶、HCO3-、多酚氧化酶;在负向影响非链霉菌属数因子中,影响力由大至小顺次为蔗糖酶、Na+、SO42-、速效磷、CO32-。在正向影响链霉菌类群数因子中,影响力由大至小依次为Mg2+、速效钾Cl-、脲酶、速效磷;在负向影响链霉菌类群数因子中,影响力由大至小顺次为Na+、蔗糖酶、K+、速效氮、S042-、磷酸酶4成功实现耐盐放线菌的筛选,揭示了其生态分布规律用含不同NaCl浓度（10%至20%,期间以2%递增）的高氏1号培养基逐一对1500株供试菌实施筛选,发现陕西省盐渍土里很大部分放线菌可生长于5%～10%浓度的NaCl环境中,若NaCl浓度在12%以上,该菌菌株量大幅度下降。此项试验获取到耐18%NaCl的放线菌合计8株在含耐盐放线菌数量上,就陕西省3大盐渍土区域而言,最多的是渭南,定边东与定边北较少;就盐渍土类型而言,最多的为氯化物-硫酸盐土,其次为碱土,即苏打盐土,最少的为硫酸盐-氯化物盐土、氯化物盐土、硫酸盐土。就盐渍化程度而言,最多的为重盐化土壤,较少的为中度盐渍化土壤、微盐渍化土壤、轻度盐渍化土5完成了耐盐、特殊形态放线菌的初步鉴定以形态特征、培养特征为主要参照指标,并适当兼顾生理生化特征,从形态特殊放线菌（41株）与耐18%NaCl放线菌（8株）内挑出15株（含形态特殊放线菌10株耐18%NaCl放线菌5株）,借助DPS数据处理软件对这15株开展分类鉴定,所得结果为:属于链霉菌属的菌株有11f23号、20f03号、22f02号与21f15号;属于小单孢菌属的菌株有1Of06号、10f09号;属于小多孢菌属的菌株为O1f10号;属于诺卡氏菌属的菌株是48f05号、40f02号;属于放线单孢菌属的菌株是07f10号;属于包囊菌属的菌株是62a11号;剩余4个（04f09号、17f02号、17f06号与46f03号）菌株则待定。
王春玲[4]（2019）在《鼎湖山粘细菌与噬几丁质属细菌资源多样性与捕食机制》文中进行了进一步梳理粘细菌（Myxobacteria）是一类杆状革兰氏阴性细菌,在系统分类上隶属于Delta变形菌纲（Deltaproteobacteria）粘球菌目（Myxococcales）。粘细菌具有复杂的多细胞行为,如滑行运动,形成子实体和粘孢子,捕食其他细菌和真菌等,为研究低等生物多细胞行为提供了丰富的素材。粘细菌是继放线菌和芽孢杆菌之外第三大能够产生结构独特和新颖的次级代谢产物产生菌,是新药研发的重要资源,而且在植物病害生物防治中起重要的作用。但由于粘细菌分离方法特殊,生长缓慢,密度依赖性生长和特殊的形态发育特征等,导致粘细菌是目前最难分离培养的微生物之一。从发现至今的200多年中,粘细菌共包括10个科,30个属和66个物种。用辅助菌诱导是分离粘细菌的主要方法,但目前基于有效的辅助类群资源有限,且对捕食机制缺乏系统认知。另一方面,目前对酸性土壤中粘细菌的多样性情况研究很少,而且生物因素（细菌和真菌）对粘细菌的影响还没有相关报道。鼎湖山自然保护区是国内外知名的生态系统生态学综合研究基地,具有丰富的动植物和微生物资源。因此,本文展开鼎湖山粘细菌与噬几丁质属细菌资源多样性与捕食机制研究,得到如下结论:（1）为获取更多粘细菌,采用可培养方法和高通量测序研究了鼎湖山森林土壤粘细菌多样性。结果显示,粘细菌占细菌群落总数的0.92-2.24%,其中堆囊菌属（Sorangium,60%）占主要成分,其次为Haliangium属（18.8%）和厌氧粘球菌属（Anaeromyxobacter,4.1%）。土壤p H值为3.6-4.5,有机质含量为26.6-143.4 g/kg。Mantel test和Spearman analysis显示土壤p H、AK和细菌多样性对粘细菌的群落结构和多样性都有显着影响（P<0.05）。网络图预测发现,土壤中变形杆菌门（Proteobacteria）与粘细菌互作最多,表明有大量粘细菌的潜在被捕食菌。可培养方法共分离纯化21株粘细菌,位于粘球菌属（Myxococcus）9株,珊瑚球菌属（Corallococcus）11株和原囊菌属（Archangium）1株。而含量最多的堆囊菌属和Haliangium属并没有获得,表明有大量的粘细菌资源有待挖掘。在21株菌株中,有三株疑似新的分类单元,菌株H22C18031201和K23C18031201-2隶属于珊瑚球菌属新物种,12S042801隶属于原囊菌属新物种。与此同时,还分离到一株噬几丁质科（Chitinophagaceae）新属新种K23C18032701和一株噬几丁质属（Chitinophaga）新种K20C18050901。这些结果为粘细菌资源挖掘及捕食机制的研究奠定了理论基础。（2）多相分类研究表明菌株H22C18031201是珊瑚球菌属的1个新物种,将其命名为黄绿色珊瑚球菌（Corallococcus flavoviridis）。该菌株黄绿色、椭球型子实体、内含抗逆性粘孢子、能进行滑行运动。基因组大小为9.07 Mbp,G+C含量为69.5 mol%。含有丰富的次级代谢产物合成基因簇。比较基因组学分析粘球菌属内Myxococcus xanthus和Myxococcus virescens的基因组平均核苷酸相似性和模拟DNA杂交值为97%和73.1%,超出了区分种的临界值95-96%和70%,应合并为同一个物种。Mauve分析表明粘球菌属物种基因组存在很多倒序、易位现象,具有遗传多样性。（3）基于表型、基因型和系统发育分析表明菌株K23C18032701T是Chitinophagaceae的一个新属新种,将其命名为土壤变小杆菌（Deminuibacter soli）。该属模式种K23C18032701T=GDMCC 1.1403T=KCTC 62913T。K23C18032701T的细胞形态由杆状逐渐变成球形,具有运动性。将其参比菌株Filimonas aurantiibacter重新分类并命名为Arvibacter aurantiibacter comb.nov.,同时修订了Arvibacter aurantiibacter comb.nov.的描述特征。菌株K20C18050901T是Chitinophaga属的一个新种,将其命名为森林土壤噬几丁质菌（Chitinophaga silvisoli）。该菌株模式种K20C18050901T=GDMCC 1.1411T=KCTC 62860T。菌株为黄色、杆状、具有运动性、能分泌粘液。这些分类研究增进了人们对Chitinophagaceae和Chitinophaga的系统认知。（4）由于在分离粘细菌时,多次分离到Chitinophaga细菌,基于现有的相关菌株,对粘细菌与Deminuibacter soli K23C18032701T和11株Chitinophaga细菌进行了捕食机制初探。结果发现粘细菌对K23C18032701T有很强的捕食性,说明K23C18032701T是一株被捕食效果很好的潜在诱导菌株,可以用其对粘细菌进行分离。粘细菌对11株Chitinophaga细菌的捕食强弱不同,在富营养培养基MD1上,Chitinophaga属细菌产生大量的胞外粘液可能作为一种防御机制,阻碍粘细菌的捕食。另发现Chitinophaga细菌及K23C18032701T含有的次级代谢产物基因簇越少,粘细菌的捕食性越强,反之亦然。推测被捕食菌产生的次级代谢产物是防御粘细菌捕食的机制之一。Anti SMASH分析发现Chitinophaga属细菌C.eiseniae KACC 13774T、C.flava K3CV102501T、C.dinghuensis DHOC24T和C.qingshengii JCM 30026T含有丰富的次级代谢产物基因簇,是很好的药源微生物,有广阔的应用前景。
吕玲玲[5]（2018）在《罗布泊嗜（耐）盐放线菌的物种多样性、抗生素合成基因以及盐胁迫响应机理初探》文中提出罗布泊及周边极端高盐碱环境蕴藏着丰富多样的嗜（耐）盐放线菌资源,是挖掘放线菌物种多样性、生物活性多样性、次级代谢产物多样性和嗜（耐）盐机制的宝藏。本论文采用可培养法对罗布泊及其周边23份高盐碱土壤样品进行了放线菌物种的分离、收集、保存和16S r DNA聚类分析,获得了262株嗜（耐）盐放线菌,其中有13株潜在新种;分离并鉴定了6个放线菌新物种;对获得全部菌株进行了耐盐特性、抗菌活性以及PKS I、PKS II、NRPS和APH等抗生素生物合成基因簇的筛选研究;从6株放线菌发酵液中分离鉴定了13个单体化合物;同时采用转录组比较分析法对一株极端嗜盐放线菌的盐胁迫响应机理进行了初步探索。具体研究结果包括:1.罗布泊及其周边盐碱土嗜（耐）盐放线菌多样性研究从23份土样中共分离获得了262株嗜（耐）盐放线菌,5株为耐盐放线菌,257株为嗜盐放线菌,发现放线菌潜在新种13个,可能代表新的分类单元。通过16S r DNA聚类分析,将所获放线菌归属于4亚目5科8属,分别为放线多孢菌属（Actinopolyspora）、糖霉菌属（Glycomyces）、拟诺卡氏菌属（Nocardiopsis）、糖单孢菌属（Saccharomonospora）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、链单孢菌属（Streptomonospora）、链霉菌属（Streptomyces）和拟无枝菌酸菌属（Amycolatopsis）。其中,拟诺卡氏菌属（Nocardiopsis）是罗布泊盐湖的主要类群,占该区域分离获得菌株的37.04%,放线多孢菌属（Actinopolyspora）是罗布泊周边盐碱土的主要类群,占该区域分离获得菌株的25.20%。2.放线菌新物种的多相分类采用多相分类方法鉴定了6株放线菌新物种。其中,放线菌TRM 45123为糖多孢菌属新物种,命名为耐盐糖多孢菌（Saccharopolyspora halotolerans）;放线菌TRM45387、TRM 45198和TRM 45127为糖霉菌属新物种,分别命名为塔里木糖霉菌（Glycomyces tarimensis）、新疆糖霉菌（Glycomyces xinjiangensis）和罗布泊糖霉菌（Glycomyces lopnorensis）;放线菌TRM 45668和TRM 45658为嗜盐多孢菌属新物种,分别命名为塔里木嗜盐多孢菌（Halopolyspora tarimensis）和罗布泊嗜盐多孢菌（Halopolyspora lopnorensis）。3.抗生素合成基因和抗菌活性筛查262株放线菌PKS I、PKS II、NRPS和APH基因的筛查结果表明,阳性率分别为46.94%、25.57%、22.90%、21.76%。四种功能基因在不同种属之间的分布存在一定差异,PKS I、PKS II基因在各个属都有分布,PKS II基因较PKS I基因分布明显要少,而且绝大多数含有PKS I基因的菌株不含有PKS II基因;NRPS基因主要分布在Actinopolyspora和Streptomyces;APH基因分布于Glycomyces和Nocardiopsis。262株放线菌的生物活性检测得出,有75株放线菌至少对一种病原菌具有拮抗作用,阳性率为28.6%。这些菌株分布于Streptomyces、Nocardiopsis、Actinopolyspora、Saccharopolyspora、Glycomyces、Streptomonospora和Saccharomonospora,阳性率分别为14.5%、8.4%、7.3%、1.1%、1.1%、0.8%和0.4%;活性菌株以Streptomyces最多,而这些活性菌株大部分均含有一种或一种以上的抗生素生物合成基因。4.放线菌次级代谢产物的分离纯化与结构鉴定采用现代色谱分离技术和核磁共振（NMR）等波谱鉴定技术,从6株放线菌活性菌株发酵液中分离鉴定了13个化合物,分别鉴定为3,4-二氢-6,8-二羟基-3-甲基异香豆素（45037-1）、2-甲基-1,4-苯二醇（45037-2）、邻苯二甲酸（2-乙基己基）二酯（45037-3）、1,6-二羟基吩嗪（45037-4）、16α-甲基-11β,17α,21-三羟基-9α-氟孕甾-1,4-二烯-3,20-二酮21-醋酸酯（45306-1）、谷甾醇-3-O-葡萄糖苷（45306-2/45556-3）、Nb-乙酰色胺（45306-3/45380-1）、N-丙酰色胺（45306-4）、4′,7-二羟基异黄酮（45556-1）、4′,5,7-三羟基异黄酮（45556-2/45214-1）、大豆皂醇B（45214-2）、1-庚基-2-甲基-3-羟基咔唑（45040-1）和8-庚基-4,5,6-三羟基酞酸（45040-2）。这些化合物均首次从这些菌株的次级代谢产物中分离获得。5.一株嗜盐放线菌的盐胁迫响应机理初探菌株TRM 45611在8%（最低盐浓度生长）、17%（最适生长盐浓度）和25%NaCl（最高盐浓度生长）浓度下转录组比较分析结果表明:以8%Na Cl组为对照组,17%Na Cl组和25%Na Cl组与对照组相比,从生物过程分类中显示菌株在盐胁迫过程中有细胞代谢、生物调节和次级代谢产物等过程参与;在细胞组分分类中显示菌株的盐胁迫与细胞器,还有大分子化合物,如蛋白质、核酸、糖类或脂类的运输代谢等密切相关,同时,这些代谢过程在菌株耐盐中起着重要作用;在分子功能分类中显示菌株的盐胁迫响应机制中,结构分子活性、酶催化活性和分子转运活性也密切相关。不同盐浓度条件下的差异表达基因的比较发现,以8%Na Cl组为对照组时,17%Na Cl组表达量上调的基因有78个,表达量下调的有155个;25%Na Cl组表达量上调的基因有383个,表达量下调的有302个。综上所述,本论文在分离并鉴定嗜（耐）盐放线菌的基础上,初步揭示了新疆罗布泊地区嗜（耐）盐放线菌的物种多样性和主要类群;评价了抗生素功能基因多样性、抗菌活性和耐盐特性;在抗生素生物合成基因和生物活性双重评价基础上分离鉴定了部分菌株的次生代产物;同时在转录组水平上探讨了一株极端嗜盐菌的盐胁迫响应机制。以上研究结果对新疆嗜耐盐放线菌资源的保护利用提供了重要参考。
姬扬[6]（2018）在《产铁载体类化合物嗜盐放线菌活性筛选及功能基因初步研究》文中研究表明放线菌作为一类珍贵的物种资源,已经在生物医药领域表现出了非凡的应用前景,目前市场上已知的抗生素类化合物,由放线菌次级代谢产生的占60%。由于普通环境放线菌资源被不断挖掘,所获得的天然产物重复性急剧增加,天然产物学者将目标转向了极端环境放线菌资源。高盐环境作为一种极端环境,其中的放线菌资源被不断的挖掘,其价值也在不断的被体现。铁离子作为一种微生物生长繁殖所必需的资源,在生态环境中占据着无可替代的地位。在环境中,所能螯合铁离子的铁载体类化合物被认为是微生物争夺资源的有力武器。同时,此类化合物在生物医药和环境修复等领域表现出了巨大的应用前景。在本研究的前期工作中发现,与普通环境（50%左右）相比,嗜盐放线菌具有产铁载体能力的菌株数量多（>90%）,且铁载体的螯合能力相对较高。这些实验数据恰恰说明了在高盐环境中,嗜盐放线菌的生态地位较为特殊,具有很好的研究空间。本研究首先进行了嗜盐放线菌分离方法的探究和改良,通过向分离培养基加入不同的培养基底物、不同于以往的氮元素以及加入铁载体螯合剂来分别研究同一区域内,不同土样的分菌效果,通过3种改良分离方法,共从新疆七角井盐湖及其附近土样中分离得到315株嗜盐放线菌。此外,本课题组在前期的工作中,对大量的嗜盐放线菌进行了多种功能基因的研究,本实验从中挑选了134株具有多种功能基因的嗜盐放线菌并入本次所分离到的菌株中。对这449株嗜盐放线菌进行了产铁载体类化合物能力和其所产铁载体类化合物螯合能力的检测。通过前期的预实验,综合对比双层平板法、发酵产物法,我们发现对于嗜盐放线菌而言,倒置法检测是否能产生铁载体类化合物,是最便捷且最高效的筛选铁载体活性菌株实验手段。通过对铁载体活性检测发现,本次分得的315株嗜盐放线菌中具有产铁载体能力的菌株占总菌数的90%左右,而已完成多种类型功能基因高通量筛选的134株嗜盐放线菌菌株则占97%。考虑到完成多种类型功能基因高通量筛选的菌株更具有研究的价值和意义,因此在对阳性菌株的复筛过程中,仅对具有多种类型功能基因的阳性菌株进行了复筛,复筛结果显示,40株嗜盐放线菌的代谢产物表现出较高的铁离子螯合能力。其次,对于复筛结果中铁载体活性表现良好的3株潜在嗜盐放线菌新物种进行了多相分类学鉴定。经鉴定,其中菌株YIM 96934和YIM 96448为Phytoactinopolyspora属新物种,YIM 96095为一潜在新科。最后,从40株复筛中表现较好的嗜盐放线菌中,挑选了8株优势菌株,对其进行了基因组测序并对基因组对比分析。
庄俊丽[7]（2018）在《西部不同地区可培养微生物多样性及两株类芽胞杆菌的多相分类研究》文中研究指明微生物广泛存在于自然界,但人们对微生物的认识只是很小的一部分。因此,微生物分类鉴定工作就显得尤为重要。本文主要介绍了微生物分类学研究概况和类芽胞杆菌属的分类学研究进展。对采自中国西部的三个地区土样中可培养微生物进行了分离研究,对分离菌株进行了16S r RNA基因序列测定,并进行了微生物多样性研究和两株类芽胞杆菌多相分类研究。本文首先使用不同的选择性培养基对土样中的微生物进行分离,共获得76株菌株,对其16S r RNA基因序列比对分析和系统发育分析,获得此地区可培养微生物多样性信息。基于16S r RNA基因序列的系统发育分析表明:西部三个地区土样可培养微生物均由厚壁菌门、放线菌门和变形菌门三个门构成,所占比重各有差异。青海和甘肃土样微生物组成相似;四川土样微生物有高的多样性。并从中获得两株编号为Q4-3T和R-3T的类芽胞杆菌疑似新种。类芽胞杆菌属是一类革兰氏阳性,好氧或兼性厌氧菌,产芽孢的细菌。该属成员分布广泛,有很大的农业应用前景,例如,有些菌株可以固氮,有较强的抗逆能力。研究类芽胞杆菌属菌株分类地位,对于丰富生物资源以及人类生产应用具有重要意义。两株编号为Q4-3T和R-3T的菌株与其亲缘关系最近种的16S r RNA基因序列相似性分别为98.12%和98.42%,初步判断为新种并对其进行多相分类研究。研究结果表明,菌株Q4-3T为革兰氏阳性,兼性厌氧菌,产亚末端膨出椭圆形芽孢,以周生鞭毛运动。菌落颜色呈微白色。生长温度范围为4-37℃,生长p H范围为6.0-10.0,生长Na Cl浓度范围为0-3%（w/v）。主要醌型是MK-7,主要脂肪酸（>10%）是anteiso-C15:0,iso-C16:0和C16:0。磷酸类脂类型为二磷脂酰甘油（DPG）,磷脂酰甘油（PG）,磷脂酰乙醇胺（PE）,三种未知的氨基磷脂（PN1-3）和一种未知的脂质（L1）。细胞的DNA G+C含量是48.6 mol%。菌株R-3T为革兰氏阳性菌,产芽孢,好氧菌。菌落呈淡黄色。生长温度范围为4-38℃,生长p H范围为5.8-10.0,生长Na Cl浓度范围为0-2.5%（w/v）。主要的醌型是MK-7。极性脂类型主要为二磷脂酰甘油（DPG）,磷脂酰甘油（PG）,磷脂酰乙醇胺（PE）,三个未知的磷脂（PL1-3）和一个未知的脂质（L1）。主要脂肪酸是anteiso-C15:0。综合菌株Q4-3T和R-3T的形态学、系统发育学、化学分类、分子分类和生理生化特征的多相分类研究结果,确定菌株Q4-3T和菌株R-3T为新种。菌株Q4-3T命名为微白类芽胞杆菌（Paenibacillus albidus sp.nov.）。菌株R-3T命名为藤黄类芽胞杆菌（Paenibacillus luteum sp.nov.）。
王卫[8]（2017）在《三株特殊生境来源放线菌的分类鉴定及其生物活性初步探究》文中进行了进一步梳理目的针对本课题组根际放线菌菌种资源库及刺五加内生放线菌菌种资源库,根据菌株抑菌活性初筛结果及形态特征选取部分菌株,首先对其抑菌谱及次级代谢产物生物合成酶基因进行筛选研究,其次对菌株进行菌种鉴定。利用现代系统学的理论和手段,挖掘具重要生物活性的放线菌株,并将特殊形态菌株置于适当分类界元,丰富放线菌分类系统,为进一步发现具新活性新结构的生物活性物质并应用于实践生产奠定良好基础。方法采用平板纸片法测定菌株抑菌活性及发酵液稳定性;PCR扩增其活性物质合成相关功能基因片段（PKSI、PKSII、NRPS、Halo、CYP）,克隆并测序分析。通过其表型特征、生理生化特征及16S r RNA序列测定对菌株进行鉴定。根据菌落形态观察及16S r RNA序列测定选择菌种库中形态特殊放线菌株,通过菌株形态特性、培养特征、生理生化、化学组分及分子分类特征等进行多相分类研究,确定新的属种。结果获得具有较好抑菌活性刺五加内生放线菌株13-12、13-85。菌株13-12发酵液对金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌、草分枝杆菌、MRSA均有较好的抑制活性;发酵液在4-20℃,p H 6-8条件下较为稳定。菌株13-12含有NRPS和Halo基因,具有产生β-内酰胺类抗生素、大环内酯类抗生素等多类抑菌抗肿瘤活性物质或其相似产物的潜能。经初步鉴定菌株13-12属于Planomonospora属Planomonospora sphaerica的一个菌株。13-85发酵液有较为广泛的抑菌活性,对10种供试检定菌均有不同程度的抑制作用。菌株13-85发酵液自然光照条件下稳定性较好。温度控制在20℃左右,p H控制在4-8的条件下对分离有效抗菌活性物质最为有利。菌株13-85含有PKSⅡ及NRPS两种次级代谢产物合成相关基因,有产生新霉素、利迪霉素、寡霉素等多种活性物质或相似物质的巨大潜质。初步鉴定13-85属于Streptomyces属Streptomyces amritsarensis的一个菌株。通过多相分类鉴定根际放线菌株11-183属于Actinophytocola属的一个新种,命名为Actinophytocola xanthii 11-183T（=MCCC1K02062T=KCTC 39690T）（文章已被International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology录用）。菌株保藏于中国海洋微生物菌种保藏管理中心（MCCC）和韩国典型菌种保藏中心（KCTC）。结论菌株13-85为有效发表种Streptomyces amritsarensis的一个菌株;菌株13-12鉴定为有效发表种Planomonospora sphaerica的一个菌株。菌株11-183为Actinophytocola属的一个新种（Actinophytocola xanthii）,进一步丰富了该属分类单元。刺五加内生放线菌菌株13-12、13-85具有较好抑菌活性及次级代谢产物合成潜能,可做为优质菌源用于新的抗生素筛选。发酵液抑菌稳定性及菌株功能基因探究可为后续抑菌活性物质分离纯化奠定坚实的基础,对新型微生物药物资源的开发具有重要意义。图22幅;表18个;参147篇。
王田莹[9]（2016）在《西北地区盐渍土可培养微生物多样性分析及分离菌株Z-2和R-8的多相分类研究》文中研究说明本文首先介绍了微生物分类学研究概况和考克氏菌属、芽孢杆菌属的分类学研究进展。对中国青海和宁夏地区盐渍土可培养微生物进行了研究,对分离菌株进行了16S rRNA基因序列测定,并进行了微生物多样性分析和多相分类研究。本文首先使用不同的选择性培养基对土样中的可培养微生物进行分离,共获得86株菌株,对其16S rRNA基因序列比对分析和系统发育分析,获得此地区可培养微生物多样性信息。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明:西北地区盐渍土壤微生物多样性丰富,共获得了7个科,19个属,分别属于厚壁菌门、放线菌门和变形菌门。多数菌株属于芽孢杆菌纲和放线菌纲,其中以芽孢杆菌属为优势菌属。两株编号为Z-2和R-8的菌株与其亲缘关系最近种的16S rRNA基因序列相似性分别为98.41%和98.17%,初步判断为新种并对其进行多相分类研究。研究结果表明,菌株Z-2为革兰氏阳性球菌,菌落颜色呈柠檬黄色。生长温度范围为20-37℃,生长pH范围为5.0-9.0,生长NaCl浓度范围为0-7%（w/v）。主要醌型是MK-8（H2）、MK-7和Mk-9（H2）。磷酸类脂类型为双磷脂酰甘油、磷脂酰甘油和不能确定的磷脂酸。细胞的GC含量为67.23 mol%。菌株Z-2与该属中亲缘关系最近的种Kocuria sediminis FS-11T DNA-DNA同源性为25.37%。菌株R-8为革兰氏阳性杆菌,芽孢圆形,位于细胞中部。菌落呈肉色或者淡橘色,圆形不透明。生长温度范围为2-37℃,生长pH范围为5.0-10.0,生长NaCl浓度范围为0-15%（w/v）。磷酸类脂类型为双磷脂酰甘油、磷脂酰乙醇胺和磷脂酰甘油。主要的脂肪酸组分:iso-C15:0,anteiso-C15:0和C16:1ω7c alcohol。甲基萘醌的主要组分是MK-7。细胞的GC含量为39.78%。菌株R-8与该属中亲缘关系最近的种Bacillus haikouensis C-89T DNA-DNA同源性为22.62%。综合菌株Z-2和R-8的形态学、系统发育学、化学分类、分子分类和生理生化特征的多相分类研究结果,确定菌株Z-2和菌株R-8为新种。菌株Z-2命名为柠檬黄色考克氏菌（Kocuria citrenus sp.nov.）,菌株R-8命名为肉色芽孢杆菌（Bacillus carnea sp.nov.）。
胡娇龙[10]（2014）在《疏勒河流域冬季盐碱土壤可培养放线菌多样性研究》文中研究说明本试验采集了疏勒河流域三种土壤生态类型5个盐碱化程度不同的样点土壤，重点对该区域的土壤可培养放线菌数量、物种多样性、生态分布及土壤性质进行了研究，并进行了产几丁质酶放线菌的筛选，此外还对1株产几丁质酶放线菌、1株产色素放线菌及18株形态特殊放线菌进行了生理生化鉴定、耐盐碱试验及抑菌性的研究。不同培养基及土样预处理方式对放线菌的分离有很大的影响，结果表明5种培养基中高氏培养基对链霉菌的分离最有效，而改良脯氨酸培养基对稀有放线菌的分离效果显着。5个土样共分离得到18个属共244株放线菌，其中链霉菌属分离到除吸水类群和轮生类群外的12个类群。链霉菌属为放线菌的主要组成部分，其次为诺卡氏菌及拟诺卡氏菌。链霉菌中优势类群为白孢类群、黄色类群、粉红孢类群以及青色类群。5个样点放线菌的分布极具差异性，试验表明放线菌多样性最高的为花海镇，而从分离数量（103cfu g-1）上则表现为临潭乡（3949.3）＞广至乡1（1005.8）＞广至乡2（907.1）＞花海镇（762.8）＞赤金峡（505.9）。从链霉菌属多样性表现为花海镇（49）＞赤金峡（32）＞广至乡1（28）＞临潭乡（26）＞广至乡2（23）。疏勒河流域三种生态类型土壤中，放线菌生态分布上次生盐碱土壤的放线菌多样性最为丰富，其中链霉菌的数量表现为农田土＞次生盐碱土＞原生盐碱土，而物种多样性表现为次生盐碱土＞原生盐碱土＞农田土，稀有放线菌属一级的多样性表现为次生盐碱土＞原生盐碱土＞农田土。土壤性质与放线菌数量有密切的相关性，相关性及逐步回归分析表明：土壤中放线菌数量、链霉菌数量及诺卡氏菌数量受到土壤性质的影响最大；在众多土壤因子中，过氧化氢酶对土壤放线菌及其优势类群和稀有类群的综合影响力最大。放线菌的数量随着土壤肥力的增加而增加，而放线菌的多样性随着肥力增加而减少。分离得到的放线菌中有大量产色素放线菌，对其中一株放线菌DA04417所产蓝色素的稳定性试验表明，该蓝色素颜色随pH变化而变化，在碱性条件下对热、亚硫酸钠、蔗糖、氯化钠、金属离子的稳定性较好，同样条件色素下对光、过氧化氢、柠檬酸钠的稳定性较差。经形态及生理生化鉴定，DA04417为蓝色类群链霉菌。从赤金峡土样中分离得到一株高产几丁质酶菌株DJ03207。产酶条件试验表明，该菌株在液体培养第5天时产酶量达到高峰，酶活力为14.014U/mL，初始pH值为11时酶活力达到最高值15.669U/mL，碳源中蔗糖促进产酶，而葡萄糖对产酶有抑制作用，氮源中蛋白胨对产酶的促进作用有明显，酶活力（26.334U/mL）几乎为对照的2倍。经形态及生理生化鉴定，DJ03207为粉红孢类群链霉菌。对其中20株放线菌的抑菌试验发现其中有6株放线菌（DC03218，DB01257，DJ03207，DA04417，DB01265，DE03212）对细菌有不同程度的抑制作用，有4株（DJ03207，DA04417，DB01265，DB01213）对植物病原真菌有抑制性。
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本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 沙漠环境放线菌多样性 |
| 1. 高通量测序分析方法探测沙漠环境放线菌多样性 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 高通量测序分析结果 |
| 2. 沙漠环境放线菌的分离培养 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 3. 小结 |
| 第二章 地嗜皮菌科放线菌的表型研究 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 实验菌株 |
| 1.2 各类Biolog板实验内容及分类 |
| 1.3 主要试剂和耗材 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 碳源利用实验 |
| 2.2 氮源、磷源和硫源同化实验 |
| 2.3 表型聚类分析 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 碳源利用实验(Biolog Gene Ⅲ)结果 |
| 3.2 氮源利用实验(PM3实验)结果 |
| 3.3 磷源和硫源利用实验(PM4实验)结果 |
| 4. 小结 |
| 第三章 沙漠来源新物种的分类学研究 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 实验菌株 |
| 1.2 实验试剂 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 菌株培养特征的测定 |
| 2.2 菌落和菌株形态学观察 |
| 2.3 菌株生理生化活性测定 |
| 2.4 菌株的分子学分类特征研究 |
| 2.5 菌体细胞化学组分特征研究 |
| 3. 菌株CPCC 205119~T、CPCC 205215和CPCC 205251的分类研究结果 |
| 3.1 菌株的培养特征 |
| 3.2 菌落和菌株的形态学观察 |
| 3.3 菌株生理生化活性实验结果 |
| 3.4 菌株的化学分类指标实验结果 |
| 3.5 菌株的分子学分类特征研究结果 |
| 3.6 新物种CPCC 205119T、CPCC 205215和CPCC 205251的分类学描述 |
| 4. 小结 |
| 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 文献综述 鞘氨醇单胞菌属细菌研究进展 |
| 参考文献 |
| 发表论文及会议摘要 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 创新点 |
| 攻读博士学位期间的科研成果 |
| 第一部分 前言 |
| 第一章 研究背景 |
| 1.1 细菌耐药现状 |
| 1.2 抗生素研究现状 |
| 第二章 特殊环境来源药用放线菌研究现状 |
| 2.1 特殊环境微生物与未培养微生物 |
| 2.2 红树林药用放线菌研究进展 |
| 2.2.1 红树林生境 |
| 2.2.2 红树林放线菌资源多样性 |
| 2.2.3 红树林放线菌新物种 |
| 2.2.4 红树林放线菌来源的活性次级代谢产物 |
| 2.3 沙漠药用放线菌研究进展 |
| 2.3.1 沙漠生境 |
| 2.3.2 沙漠放线菌资源多样性 |
| 2.3.3 沙漠放线菌新物种 |
| 2.3.4 沙漠放线菌来源的活性次级代谢产物 |
| 第三章 抗菌活性筛选模型 |
| 3.1 “ESPAPE”菌株 |
| 3.2 双荧光蛋白报告系统 |
| 3.2.1 色氨酸操纵子的减弱机制 |
| 3.2.2 DNA的SOS应答机制 |
| 3.2.3 双荧光蛋白报告系统的报告质粒pDualrep2 |
| 3.2.4 双荧光蛋白报告系统的检测机制 |
| 第四章 新物种的多相分类鉴定 |
| 4.1 新物种的界定标准 |
| 4.2 多相分类 |
| 4.2.1 表型特征 |
| 4.2.2 化学分类特征 |
| 4.2.3 分子分类特征 |
| 第五章 研究内容及意义 |
| 5.1 研究方案 |
| 5.2 研究内容及意义 |
| 5.2.1 澳门路氹城生态保护区红树林植物内生放线菌资源勘探 |
| 5.3.2 采用原位培养技术挖掘红树林生境放线菌资源 |
| 5.3.3 塔克拉玛干沙漠植物内生放线菌药用资源勘探 |
| 5.3.4 特殊环境放线菌新物种的多相分类研究 |
| 第二部分 特殊环境药用微生物资源勘探 |
| 第一章 澳门红树林植物内生放线菌多样性、新颖性及抗菌活性研究 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 实验材料 |
| 1.2.1 实验样品 |
| 1.2.2 试剂和仪器 |
| 1.2.3 培养基 |
| 1.2.4 植物浸汁 |
| 1.2.5 抑制剂 |
| 1.2.6 检定菌 |
| 1.3 方法 |
| 1.3.1 红树林植物样品处理 |
| 1.3.2 菌株的分离、纯化及保藏 |
| 1.3.3 菌株的分子鉴定及系统发育分析 |
| 1.3.4 菌株发酵及次级代谢产物提取 |
| 1.3.5 菌株抗菌活性筛选 |
| 1.3.6 菌株次级代谢产物生物合成基因簇分析 |
| 1.4 结果与分析 |
| 1.4.1 内生放线菌的分离结果 |
| 1.4.2 内生放线菌的多样性分析 |
| 1.4.3 192株内生放线菌在植物样品、植物组织及培养基中的分布 |
| 1.4.4 内生放线菌的新颖性分析 |
| 1.4.5 抗菌活性初筛结果 |
| 1.4.6 次级代谢产物生物合成基因簇分析结果 |
| 1.5 讨论 |
| 1.6 本章小结 |
| 第二章 采用原位培养技术初步探究红树林生境放线菌资源 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 实验地点 |
| 2.2.2 试剂和仪器 |
| 2.2.3 培养基 |
| 2.2.4 土壤浸汁 |
| 2.2.5 抑制剂 |
| 2.2.6 检定菌 |
| 2.3 方法 |
| 2.3.1 原位培养装置制作 |
| 2.3.2 原位培养装置埋置 |
| 2.3.3 原位培养样品处理 |
| 2.3.4 菌株的分离、纯化及保藏 |
| 2.3.5 菌株的分子鉴定及系统发育分析 |
| 2.3.6 菌株发酵及次级代谢产物提取 |
| 2.3.7 菌株抗菌活性筛选 |
| 2.3.8 菌株抗菌作用机制筛选 |
| 2.3.9 菌株次级代谢产物生物合成基因簇分析 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 原位培养装置的收回 |
| 2.4.2 放线菌分离结果 |
| 2.4.3 放线菌多样性分析 |
| 2.4.4 367株放线菌在不同埋样点、原位培养装置及培养基中的分布 |
| 2.4.5 放线菌新颖性分析 |
| 2.4.6 抗菌活性初筛结果 |
| 2.4.7 抗菌作用机制筛选结果 |
| 2.4.8 次级代谢产物生物合成基因簇分析结果 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 本章小结 |
| 第三章 塔克拉玛干沙漠植物内生放线菌多样性、新颖性及抗菌活性研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 实验样品 |
| 3.2.2 试剂和仪器 |
| 3.2.3 培养基 |
| 3.2.4 植物浸汁 |
| 3.2.5 抑制剂 |
| 3.2.6 检定菌 |
| 3.3 方法 |
| 3.3.1 沙漠植物样品处理 |
| 3.3.2 菌株的分离、纯化及保藏 |
| 3.3.3 菌株的分子鉴定及系统发育分析 |
| 3.3.4 菌株发酵及次级代谢产物提取 |
| 3.3.5 菌株抗菌活性筛选 |
| 3.3.6 菌株抗菌作用机制筛选 |
| 3.3.7 菌株次级代谢产物生物合成基因簇分析 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 内生放线菌的分离结果 |
| 3.4.2 内生放线菌的多样性分析 |
| 3.4.3 320株内生放线菌在植物样品、植物组织及培养基中的分布 |
| 3.4.4 内生放线菌的新颖性分析 |
| 3.4.5 抗菌活性初筛结果 |
| 3.4.6 抗菌作用机制筛选结果 |
| 3.4.7 次级代谢产物生物合成基因簇分析结果 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 本章小结 |
| 第三部分 特殊环境新物种的分类学研究 |
| 第一章 红树林植物内生放线菌1T4Z-3的多相分类鉴定 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 实验材料 |
| 1.2.1 菌种来源 |
| 1.2.2 试剂 |
| 1.2.3 仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 形态特征观察 |
| 1.3.2 培养特征观察 |
| 1.3.3 生理生化特性测定 |
| 1.3.4 化学组分分析 |
| 1.3.5 分子分类研究 |
| 1.4 结果与分析 |
| 1.4.1 形态特征 |
| 1.4.2 培养特征 |
| 1.4.3 生理生化特性 |
| 1.4.4 化学分类特征 |
| 1.4.5 分子分类结果 |
| 1.5 讨论 |
| 1.5.1 菌株1T4Z-3~T的分类地位 |
| 1.5.2 Amnibacterium属分类学特征的修订 |
| 1.6 本章小结 |
| 第二章 红树林植物内生放线菌4Q3S-7的多相分类鉴定 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 菌种来源 |
| 2.2.2 试剂 |
| 2.2.3 仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 形态特征观察 |
| 2.3.2 培养特征观察 |
| 2.3.3 生理生化特性测定 |
| 2.3.4 化学组分分析 |
| 2.3.5 分子分类研究 |
| 2.4 实验结果与分析 |
| 2.4.1 形态特征 |
| 2.4.2 培养特征 |
| 2.4.3 生理生化特性 |
| 2.4.4 化学分类特征 |
| 2.4.5 分子分类结果 |
| 2.5 菌株4Q3S-7~T的分类地位讨论 |
| 2.6 本章小结 |
| 第三章 沙漠植物内生放线菌11W25H-1和8H24J-4-2的多相分类鉴定 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 菌种来源 |
| 3.2.2 试剂 |
| 3.2.3 仪器 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 形态特征观察 |
| 3.3.2 培养特征观察 |
| 3.3.3 生理生化特性测定 |
| 3.3.4 化学组分分析 |
| 3.3.5 分子分类研究 |
| 3.4 实验结果与分析 |
| 3.4.1 形态特征 |
| 3.4.2 培养特征 |
| 3.4.3 生理生化特性 |
| 3.4.4 化学分类特征 |
| 3.4.5 分子分类结果 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 菌株11 W25H-1~T和菌株8H24J-4-2~T的分类地位 |
| 3.5.2 拉贝达氏菌属(Labedella)分类学特征的修订 |
| 3.6 本章小结 |
| 第四章 沙漠植物内生放线菌9W16Y-2的多相分类鉴定 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.2.1 菌种来源 |
| 4.2.2 试剂 |
| 4.2.3 仪器 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 形态特征观察 |
| 4.3.2 培养特征观察 |
| 4.3.3 生理生化特性测定 |
| 4.3.4 化学组分分析 |
| 4.3.5 分子分类研究 |
| 4.4 实验结果与分析 |
| 4.4.1 形态特征 |
| 4.4.2 培养特征 |
| 4.4.3 生理生化特性 |
| 4.4.4 化学分类特征 |
| 4.4.5 分子分类结果 |
| 4.5 菌株9W16Y-2~T的分类地位讨论 |
| 4.6 本章小结 |
| 第五章 两株红树林植物内生细菌的多相分类鉴定 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 实验材料 |
| 5.2.1 菌种来源 |
| 5.2.2 试剂 |
| 5.2.3 仪器 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 形态特征观察 |
| 5.3.2 培养特征观察 |
| 5.3.3 生理生化特性测定 |
| 5.3.4 化学组分分析 |
| 5.3.5 分子分类研究 |
| 5.4 实验结果与分析 |
| 5.4.1 形态特征 |
| 5.4.2 培养特征 |
| 5.4.3 生理生化特性 |
| 5.4.4 化学分类特征 |
| 5.4.5 分子分类结果 |
| 5.5 讨论 |
| 5.5.1 菌株5T4P-12-1~T的分类地位 |
| 5.5.2 菌株2T4P-2-4~T的分类地位 |
| 5.6 本章小结 |
| 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 中英文缩略词 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 1 文献综述 |
| 1.1 陕西盐碱地的生态背景 |
| 1.1.1 定边东、定边北盐碱带的生态背景 |
| 1.1.2 渭南盐碱带的生态背景 |
| 1.2 微生物生态研究 |
| 1.2.1 研究史、当前研究状况以及研究意义 |
| 1.2.2 研究方法 |
| 1.3 微生物分布同生态环境间关联分析 |
| 1.3.1 土壤条件 |
| 1.3.2 植物群落 |
| 1.3.3 气候影响 |
| 1.3.4 土壤微生物量及其生态效应 |
| 1.4 放线菌研究 |
| 1.4.1 放线菌研究的意义 |
| 1.4.2 放线菌资源开发利用现状 |
| 1.4.3 极端环境放线菌的研究 |
| 1.4.4 嗜盐放线菌的研究 |
| 1.5 放线菌生态研究史以及当前研究状况 |
| 1.6 放线菌分类分析 |
| 1.7 选题的意义及研究背景 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 土壤样品采集 |
| 2.1.2 培养基 |
| 2.1.3 拮抗供试菌株 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 土样预处理 |
| 2.2.2 土壤基本性质分析 |
| 2.2.3 微生物区系分析及优势菌的分离纯化 |
| 2.2.4 放线菌初步鉴定与分类 |
| 2.2.5 放线菌的耐盐试验及耐盐性的划分 |
| 2.2.6 采用DPS统计分析软件进行数据分析 |
| 3 盐渍土中微生物生态研究 |
| 3.1 陕西盐渍土中微生物的水平分布 |
| 3.1.1 陕西三大盐渍土分布区土壤微生物数量 |
| 3.1.2 不同类型盐渍土微生物数量 |
| 3.1.3 不同盐渍化程度中微生物数量 |
| 3.2 陕西渭南不同采样地点微生物数量的垂直分布 |
| 3.2.1 大力农场土壤剖面微生物数量的分布 |
| 3.2.2 卤池土壤剖面微生物数量的分布 |
| 3.2.3 盐池洼土壤剖面微生物数量的分布 |
| 3.3 陕西渭南盐池地区不同季节微生物数量的分布 |
| 3.3.1 渭南盐池不同采样时间微生物数量的分布 |
| 3.3.2 渭南盐池洼半坡不同层次不同季节微生物数量的分布 |
| 3.3.3 渭南盐池三个采样点微生物数量的分布 |
| 3.4 土壤因子和微生物数量之间的关系 |
| 3.4.1 土壤因子与细菌数量的回归分析 |
| 3.4.2 土壤因子与真菌数量的回归分析 |
| 3.4.3 土壤因子与放线菌数量的回归分析 |
| 4 盐渍土中放线菌的组成 |
| 4.1 不同采样地地区盐渍土放线菌组成 |
| 4.1.1 陕西定边北、定边东、渭南盐渍土中非链霉菌的组成 |
| 4.1.2 陕西定边北、定边东、渭南盐渍土中链霉菌类群的组成 |
| 4.2 不同盐渍土类型及盐渍化程度对放线菌组成的影响 |
| 4.2.1 不同盐渍土类型中放线菌的组成 |
| 4.2.2 不同盐渍化程度中放线菌的组成 |
| 4.3 不同采样时间的放线菌的组成 |
| 4.3.1 不同采样时间非链霉菌的组成 |
| 4.3.2 不同采样时间链霉菌的组成 |
| 4.4 陕西盐渍土中土壤因子与放线菌组成的关系 |
| 4.4.1 陕西盐渍土土壤因子与非链霉菌属数的回归分析 |
| 4.4.2 陕西盐渍土土壤因子与链霉菌类群数的回归分析 |
| 5 耐盐放线菌的生态分布及部分特殊菌株的初步鉴定 |
| 5.1 耐盐或嗜盐放线菌的筛选 |
| 5.2 陕西耐盐放线菌的生态分布 |
| 5.2.1 陕西三地耐盐放线菌的分布 |
| 5.2.2 不同盐渍土类型中耐盐放线菌的分布 |
| 5.2.3 不同盐渍化程度中耐盐放线菌的分布 |
| 5.3 耐盐及形态特殊放线菌菌株的初步鉴定 |
| 6 结论 |
| 6.1 陕西盐渍土中微生物的时空分布 |
| 6.2 土壤因子和微生物数量之间的关系 |
| 6.3 陕西盐渍土中放线菌的组成 |
| 6.4 陕西盐渍土中土壤因子与放线菌组成的关系 |
| 6.5 耐盐放线菌的筛选及生态分布 |
| 6.6 形态特殊、耐盐放线菌的筛选及其初步鉴定 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略词及中英文对照 |
| 第1章 前言 |
| 1.1 粘细菌 |
| 1.1.1 粘细菌重要性 |
| 1.1.1.1 粘细菌基本性质 |
| 1.1.1.2 粘细菌多细胞发育行为 |
| 1.1.1.3 粘细菌次级代谢产物 |
| 1.1.1.4 粘细菌捕食 |
| 1.1.2 粘细菌生态学特征 |
| 1.1.3 粘细菌研究存在问题 |
| 1.1.4 目前解决问题策略 |
| 1.1.4.1 粘细菌基因组特点及应用 |
| 1.1.4.2 基因组学对粘细菌研究贡献 |
| 1.1.4.3 被捕食菌 |
| 1.2 粘细菌与细菌互作 |
| 1.2.1 粘细菌捕食机制研究 |
| 1.2.2 新型被捕食菌噬几丁质属细菌 |
| 1.3 原核生物分类学 |
| 1.3.1 细菌多相分类研究 |
| 1.3.2 粘细菌多相分类研究 |
| 1.4 鼎湖山森林生态系统重要性 |
| 1.4.1 鼎湖山森林生态系统动植物资源 |
| 1.4.2 微生物资源 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 本研究技术路线图 |
| 第二章 鼎湖山森林土壤粘细菌多样性 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 研究区概况与试验设计 |
| 2.2.2 土壤理化性质测定 |
| 2.2.3 16SrDNA高通量测序 |
| 2.2.3.1 PCR扩增 |
| 2.2.3.2 数据分析 |
| 2.2.4 大肠杆菌和纤维滤纸法分离粘细菌 |
| 2.2.4.1 使用的仪器试剂和培养基 |
| 2.2.4.2 分离方法 |
| 2.2.4.3 纯化与保藏 |
| 2.2.4.4 粘细菌DNA提取及16S r DNA的鉴定 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 鼎湖山森林土壤理化性质 |
| 2.3.2 微生物多样性及群落结构 |
| 2.3.2.1 测序数据结果及粘细菌多样性分析 |
| 2.3.2.2 土壤细菌群落和粘细菌群落组成 |
| 2.3.3 土壤理化性质和细菌多样性对粘细菌多样性和群落结构的影响 |
| 2.3.4 网络图预测分析 |
| 2.3.5 粘细菌分离与鉴定 |
| 2.4 小结 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 粘细菌H22C18031201多相分类研究及全基因组分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 参比菌株来源 |
| 3.2.2 菌种保藏 |
| 3.2.3 仪器设备 |
| 3.2.4 主要试剂及培养基 |
| 3.2.5 系统进化分析 |
| 3.2.6 表型特征分析 |
| 3.2.7 全细胞脂肪酸成分分析 |
| 3.2.8 全基因组测序及相关分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 菌株H22C18031201多相分类研究 |
| 3.3.2 菌株H22C18031201全基因组分析 |
| 3.4 小结 |
| 3.5 讨论 |
| 第四章 Chitinophagaceae两株新物种的多相分类学研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 供试菌株 |
| 4.2.2 菌种保藏 |
| 4.2.3 仪器设备 |
| 4.2.4 主要试剂及培养基 |
| 4.2.5 系统进化分析 |
| 4.2.6 表型特征分析 |
| 4.2.7 化学分类特征 |
| 4.2.7.1 全细胞脂肪酸成分分析 |
| 4.2.7.2 极性脂成分分析 |
| 4.2.7.3 呼吸醌型分析 |
| 4.2.7.4 多胺类型分析 |
| 4.2.8 全基因组测序及相关分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 菌株K23C18032701T多相分类研究 |
| 4.3.2 菌株K20C18050901T多相分类研究 |
| 4.4 小结 |
| 4.5 讨论 |
| 第五章 粘细菌与Chitinophaga及 K23C18032701T互作机制初探 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 实验菌株 |
| 5.2.2 使用的培养基 |
| 5.2.3 实验方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 噬几丁质属细菌对粘细菌捕食有一定防御功能 |
| 5.3.2 Deminuibacter soli K23C18032701T是一株很好的粘细菌被捕食菌 |
| 5.3.3 Chitinophaga及 Deminuibacter soli K23C18032701T的全基因组基本特征 |
| 5.3.4 被捕食菌产生次级代谢产物是抑制粘细菌捕食的机制之一 |
| 5.4 小结 |
| 5.4.1 K23C18032701是一株被捕食效果很好的粘细菌诱导菌株 |
| 5.4.2 Chitinophaga细菌是很好的药源微生物,具有广阔的应用前景 |
| 5.4.3 推测Chitinophaga产生胞粘液是保护自身免于被粘细菌捕食的机制之一 |
| 5.4.4 推测被捕食菌产生次级代谢产物是保护自身免于被捕食的机制之一 |
| 5.5 讨论 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 全文展望 |
| 6.3 创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录A:Chitinophaga sp.K2CV101002-2T的16S r DNA序列 |
| 附录B:攻读博士学位期间取得的科研成果 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 嗜盐放线菌概述 |
| 1.2 嗜（耐）盐放线菌概述 |
| 1.2.1 嗜（耐）盐放线菌定义 |
| 1.2.2 嗜盐放线菌的生理学研究 |
| 1.2.3 嗜盐放线菌的应用价值 |
| 1.3 嗜（耐）盐放线菌物种多样性的研究 |
| 1.3.1 嗜（耐）盐放线菌生物多样性的研究方法 |
| 1.3.2 嗜（耐）盐放线菌的多相分类研究进展 |
| 1.3.3 嗜（耐）盐放线菌生物多样性的研究现状 |
| 1.4 嗜（耐）盐放线菌生物活性多样性 |
| 1.4.1 嗜（耐）盐放线菌生物活性研究现状 |
| 1.4.2 嗜（耐）盐放线菌生物活性物质研究现状 |
| 1.5 嗜（耐）盐放线菌抗生素功能基因研究概况 |
| 1.6 嗜（耐）盐放线菌嗜盐机制的研究现状 |
| 1.7 新疆罗布泊嗜（耐）盐放线菌资源概况 |
| 1.7.1 罗布泊地区简介 |
| 1.7.2 罗布泊地区嗜盐放线菌研究现状 |
| 1.8 研究目的和研究意义 |
| 1.9 技术路线 |
| 第二章 罗布泊及其周边盐碱土可培养嗜（耐）盐放线菌物种多样性分析 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 供试土样 |
| 2.1.2 分离培养基 |
| 2.1.3 主要实验仪器及试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 菌株的分离与纯化 |
| 2.2.2 16S r RNA基因PCR扩增和系统进化分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 罗布泊可培养嗜（耐）盐放线菌物种多样性 |
| 2.3.2 罗布泊周边盐碱土嗜（耐）盐放线菌物种多样性 |
| 2.3.3 罗布泊与周边盐碱土嗜（耐）盐放线菌物种多样性的比较 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 潜在新物种的多相分类研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 供试菌株 |
| 3.1.2 主要实验仪器及试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 放线菌基因组DNA的提取 |
| 3.2.2 放线菌 16S r DNA基因的PCR扩增 |
| 3.2.3 生理生化特征 |
| 3.2.4 形态特征描述 |
| 3.2.5 细胞化学组分分析 |
| 3.2.6 系统发育分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 糖多孢菌属（Saccharopolyspora）新物种TRM 45123 多相分类鉴定 |
| 3.3.2 糖霉菌属（Glycomyces）新物种TRM 45387、TRM 45198 和TRM 45127 多相分类 |
| 3.3.3 盐多孢菌属（Halopolyspora）新物种TRM 45668 和TRM 45658 多相分类 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 罗布泊及周边盐碱土嗜（耐）盐放线菌抗生素合成基因多样性分析 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 供试菌株 |
| 4.1.2 主要实验仪器及试剂 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 基因组DNA的提取 |
| 4.2.2 抗生素基因的PCR扩增 |
| 4.2.3 PCR产物回收 |
| 4.2.4 放线菌中抗生素合成基因的克隆 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 罗布泊及其周边盐碱环境土壤嗜（耐）盐放线菌抗生素合成基因分布 |
| 4.3.2 罗布泊及其周边盐碱环境嗜（耐）盐放线菌抗生素合成基因多样性 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 罗布泊及其周边盐碱土嗜（耐）盐放线菌活性菌株的筛选及评价 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.1.1 供试菌株 |
| 5.1.2 培养基 |
| 5.1.3 抗菌筛选指示菌 |
| 5.1.4 主要实验仪器及试剂 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 抗菌活性菌株初筛 |
| 5.2.2 抗菌活性菌株复筛 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 抗菌活性菌株初筛 |
| 5.3.2 抗菌活性菌株的复筛 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章 6株活性放线菌次级代谢产物的分离与鉴定 |
| 6.1 实验材料 |
| 6.1.1 菌株信息 |
| 6.1.2 培养基 |
| 6.1.3 主要实验仪器及试剂 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.2.1 接种及发酵 |
| 6.2.2 发酵产物初步分离 |
| 6.2.3 发酵产物的柱层析分离 |
| 6.2.4 发酵液提取物中化合物的进一步分离纯化 |
| 6.2.5 各菌株次级代谢产物分离流程图 |
| 6.2.6 单体化合物的结构鉴定 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 次级代谢产物的分离 |
| 6.3.2 化合物结构鉴定 |
| 6.4 讨论 |
| 第七章 嗜盐放线菌TRM 45611 嗜盐机制的研究 |
| 7.1 实验材料 |
| 7.1.1 实验菌株 |
| 7.1.2 主要实验仪器 |
| 7.2 实验方法 |
| 7.1.1 菌株TRM 45611 培养及样品的制备 |
| 7.1.2 菌株TRM 45611 转录组测序及分析 |
| 7.3 结果与分析 |
| 7.3.1 菌株TRM 45611 生长曲线及耐盐性测定结果 |
| 7.3.2 菌株TRM 45611 转录组测序概况 |
| 7.4 讨论 |
| 总结与展望 |
| 本研究工作总结 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第一章 综述 |
| 1 铁载体的研究意义 |
| 2 嗜盐放线菌代谢产物研究 |
| 3 研究内容与技术路线 |
| 第二章 嗜盐放线菌菌株的铁载体活性筛选 |
| 第一节 菌株的分离与培养 |
| 1 分离培养方法的改良Ⅰ |
| 2 分离培养方法的改良Ⅱ |
| 2.1 土样来源及样品信息 |
| 2.2 分离条件的设定 |
| 2.3 样品预处理及培养条件 |
| 2.4 分离菌株的纯化和保藏 |
| 2.5 放线菌基因组DNA提取 |
| 2.6 16S rRNA基因的扩增和测序 |
| 2.7 16S rRNA基因的系统发育分析 |
| 2.8 结果与讨论 |
| 3 铁载体产生菌的改良分离培养基试验 |
| 3.1 土样来源及样品信息 |
| 3.2 铁载体产生菌的改良分离培养基制备 |
| 3.3 样品预处理及培养条件 |
| 3.4 分离菌株的纯化和保藏 |
| 3.5 放线菌基因组DNA提取 |
| 3.6 16S rRNA基因的扩增和测序 |
| 3.7 16S rRNA基因的系统发育分析 |
| 3.8 结果与讨论 |
| 4 已完成多种类型功能基因的高通量筛选菌株 |
| 4.1 菌株来源 |
| 4.2 菌株的活化 |
| 4.3 放线菌基因组DNA提取 |
| 4.4 16S rRNA基因的扩增和测序 |
| 4.5 菌株的保藏 |
| 4.6 16S rRNA基因的系统发育分析 |
| 4.7 实验结果 |
| 第二节 铁载体活性筛选 |
| 1 实验材料与仪器 |
| 2 实验方法 |
| 3 活性菌株筛选 |
| 4 产铁载体活性菌株的系统发育关系 |
| 5 本章小节 |
| 第三章 三株产铁载体活性潜在新物种的多相分类学研究 |
| 1 菌株YIM 96448多相分类研究 |
| 1.1 实验材料及方法 |
| 1.2 实验结果 |
| 2 菌株YIM 96934多相分类研究 |
| 2.1 实验材料及方法 |
| 2.2 实验结果 |
| 3 菌株YIM 96095多相分类研究 |
| 3.1 实验材料及方法 |
| 3.2 实验结果 |
| 4 本章小节 |
| 第四章 八株高活性铁载体菌株功能基因初步研究 |
| 1 八株高活性铁载体菌株基本信息 |
| 2 八株菌基因簇信息 |
| 2.1 YIM95720基因簇信息及分析 |
| 2.2 YIM97153基因簇信息及分析 |
| 2.3 YIM96095基因簇信息及分析 |
| 2.4 YIM96537基因簇信息及分析 |
| 2.5 YIM96634基因簇信息及分析 |
| 2.6 YIM96748基因簇信息及分析 |
| 2.7 YIM96934基因簇信息及分析 |
| 2.8 YIM96448基因簇信息及分析 |
| 3 八株菌的基因簇及铁载体基因簇差异对比 |
| 3.1 八株菌的基因簇差异比对 |
| 3.2 八株菌的铁载体基因簇差异比对 |
| 4 本章小结 |
| 总结与展望 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 硕士期间研究成果 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 西部地区土壤生境中的微生物 |
| 1.2 土壤中微生物多样性的研究进展和方法 |
| 1.2.1 土壤微生物多样性的研究进展 |
| 1.2.2 土壤微生物多样性的研究方法 |
| 1.3 微生物多相分类研究方法 |
| 1.3.1 传统分类方法 |
| 1.3.2 数值分类方法 |
| 1.3.3 化学分类法 |
| 1.3.4 分子特征 |
| 1.4 类芽胞杆菌属(Paenibacillus)的分类学研究进展 |
| 1.4.1 类芽胞杆菌属(Paenibacillus)的分类地位 |
| 1.4.2 类芽胞杆菌属(Paenibacillus)的研究现状 |
| 1.4.3 类芽胞杆菌属(Paenibacillus)的特征描述 |
| 1.4.4 类芽胞杆菌属(Paenibacillus)的应用价值 |
| 1.5 本课题研究的目的和意义 |
| 第二章 西部不同地区可培养微生物多样性 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 土样来源 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 分离实验培养基配方 |
| 2.2.2 分离菌株的纯化和保藏 |
| 2.2.3 分离菌株的16SrRNA基因序列测定 |
| 2.3 实验结果与讨论 |
| 2.3.1 分离菌株16S rRNA 基因序列测定结果 |
| 2.3.2 西部三个地区可培养微生物多样性分析 |
| 第三章 类芽胞杆菌分离菌株Q4-3~T和R-3~T的多相分类 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 菌株来源 |
| 3.1.2 实验仪器 |
| 3.1.3 实验试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 形态学研究 |
| 3.2.2 基因序列测定及系统发育分析 |
| 3.2.3 固氮酶活性的测定 |
| 3.2.4 化学分类 |
| 3.2.5 分子分类 |
| 3.2.6 生理生化实验 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 形态学研究结果 |
| 3.3.2 系统发育分析结果 |
| 3.3.3 固氮酶活性的测定 |
| 3.3.4 化学分类研究 |
| 3.3.5 分子分类研究 |
| 3.3.6 生理生化特性研究结果 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文与研究成果清单 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第1章 抑菌活性菌株筛选 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.1.1 材料 |
| 1.1.2 方法 |
| 1.2 结果 |
| 1.2.1 菌株活性筛选 |
| 1.2.2 16S rRNA测序及系统进化分析 |
| 1.3 讨论 |
| 1.4 小结 |
| 参考文献 |
| 第2章 一株刺五加内生链霉菌抑菌活性研究及菌种鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 菌株抑菌活性 |
| 2.2.2 菌株发酵液稳定性 |
| 2.2.3 菌株功能基因测序及分析 |
| 2.2.4 菌种鉴定 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 参考文献 |
| 第3章 刺五加内生放线菌株13-12 抑菌活性探究及菌种鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 菌株13-12 抑菌活性 |
| 3.2.2 放线菌13-12 发酵液稳定性 |
| 3.2.3 菌株13-12 功能基因 |
| 3.2.4 菌株13-12 分类鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 参考文献 |
| 第4章 根际放线菌株11-183 多相分类研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 菌株11-183 形态特征 |
| 4.2.2 菌株11-183 培养特征 |
| 4.2.3 菌株11-183 pH、盐耐受范围及生长温度范围 |
| 4.2.4 菌株11-183 生理生化特征测定结果 |
| 4.2.5 菌株11-183 化学组分分析结果 |
| 4.2.6 菌株1-183 分子分类结果 |
| 4.2.7 菌株11-183与Actinophytocola属菌株比较结果 |
| 4.2.8 菌株功能基因探究结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 菌株11-183 菌种鉴定 |
| 4.3.2 菌株11-183 功能基因 |
| 4.4 小结 |
| 参考文献 |
| 第5章 综述 放线菌多相分类及其功能基因 |
| 5.1 放线菌概述 |
| 5.1.1 放线菌分类的研究概况 |
| 5.1.2 放线菌资源的开发与利用 |
| 5.2 根际及根际放线菌 |
| 5.2.1 根际及根际微生物 |
| 5.2.2 植物根际微生物种类及功能多样性 |
| 5.2.3 植物根际放线菌研究进展 |
| 5.3 植物内生放线菌 |
| 5.3.1 植物内生菌的定义 |
| 5.3.2 植物内生菌生物多样性及功能多样性 |
| 5.3.3 植物内生放线菌的研究进展 |
| 5.4 放线菌的功能基因筛选 |
| 5.4.1 聚酮合酶及聚酮合酶基因筛选 |
| 5.4.2 非核糖体肽及非核糖体合成酶基因筛选 |
| 5.4.3 卤代酶及卤代酶基因筛选 |
| 5.4.4 细胞色素P450酶 |
| 5.4.5 放线菌功能基因研究进展 |
| 5.5 展望 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 导师简介 |
| 作者简介 |
| 学位论文数据集 |
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 西北地区盐渍土分布概况 |
| 1.2 盐渍环境微生物 |
| 1.2.1 极端环境与极端微生物 |
| 1.2.2 嗜盐和耐盐微生物 |
| 1.3 盐渍环境土壤微生物多样性研究现状与方法 |
| 1.3.1 盐渍土壤微生物多样性研究现状 |
| 1.3.2 盐渍环境土壤微生物研究方法 |
| 1.4 微生物多相分类研究方法 |
| 1.4.1 传统分类方法 |
| 1.4.2 数值分类方法 |
| 1.4.3 化学分类法 |
| 1.4.4 分子特征 |
| 1.5 考克氏属、芽孢杆菌属分类学研究进展 |
| 1.5.1 考克氏菌属 |
| 1.5.2 芽孢杆菌属 |
| 1.6 本课题研究的目的和意义 |
| 第二章 西北地区盐渍土壤可培养微生物多样性分析 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 土样来源 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 分离实验培养基配方 |
| 2.2.2 分离株的纯化和保藏 |
| 2.2.3 分离菌株16S r RNA基因序列测定 |
| 2.3 实验结果与讨论 |
| 2.3.1 分离菌株16S r RNA基因序列测定结果 |
| 2.3.2 西北地区不同盐渍土壤中微生物多样性分析 |
| 第三章 分离菌株Z-2和R-8 的多相分类研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 菌株来源 |
| 3.1.2 实验仪器 |
| 3.1.3 实验试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 形态学研究 |
| 3.2.2 系统发育分析 |
| 3.2.3 化学分类 |
| 3.2.4 分子分类 |
| 3.2.5 生理生化特性研究 |
| 3.3 实验结果与讨论 |
| 3.3.1 形态学研究结果 |
| 3.3.2 系统发育分析 |
| 3.3.3 化学分类研究 |
| 3.3.4 醌的分析 |
| 3.3.5 磷酸类脂分析 |
| 3.3.6 分子分类研究 |
| 3.3.7 生理生化特性研究结果 |
| 3.4 小结 |
| 3.4.1 新种柠檬黄色考克氏菌(Kocuria citrenus sp.nov.)的描述 |
| 3.4.2 新种肉色芽孢杆菌(Bacillus carnea sp.nov.)的描述 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表论文与研究成果清单 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 目录 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 放线菌概论 |
| 1.2 放线菌分类研究 |
| 1.2.1 国外分类研究概述 |
| 1.2.2 国内分类研究概述 |
| 1.2.3 放线菌分类的发展趋势 |
| 1.3 放线菌生物学的研究 |
| 1.3.1 分子系统学 |
| 1.3.2 分子生态学 |
| 1.3.3 分子遗传学 |
| 1.3.4 生物信息学 |
| 1.4 放线菌基因组研究 |
| 1.4.1 放线菌基因组特点 |
| 1.4.2 放线菌基因组测序 |
| 1.5 放线菌资源的开发与利用 |
| 1.5.1 放线菌与人类的关系 |
| 1.5.2 陆生放线菌 |
| 1.5.3 海洋放线菌 |
| 1.5.4 红树林放线菌 |
| 1.5.5 植物内生放线菌 |
| 1.5.6 极端环境放线菌 |
| 1.5.7 稀有放线菌 |
| 1.6 研究区状况 |
| 1.7 论文设计思路 |
| 1.7.1 研究意义 |
| 1.7.2 研究内容 |
| 1.7.3 研究路线图 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 土壤样品采集及预处理 |
| 2.1.2 培养基 |
| 2.1.3 拮抗菌株筛选供试菌株 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 放线菌分离方法 |
| 2.2.2 放线菌形态鉴定与分类 |
| 2.2.3 特殊形态放线菌生理生化鉴定 |
| 2.2.4 特殊形态放线菌耐盐碱试验 |
| 2.2.5 土壤理化性质及酶活测定 |
| 2.2.6 产蓝色素放线菌研究 |
| 2.2.7 产几丁质酶放线菌研究 |
| 2.2.8 拮抗放线菌株筛选 |
| 2.2.9 数据分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 盐碱土壤中放线菌的分离及形态鉴定结果 |
| 3.2 不同培养基上放线菌分离的结果 |
| 3.3 盐碱土壤中放线菌的生态分布 |
| 3.3.1 放线菌及其各属的分布 |
| 3.3.2 稀有放线菌的分布 |
| 3.3.3 链霉菌及其各类群的分布 |
| 3.3.4 三种不同生态类型土壤的放线菌分布 |
| 3.3.5 不同盐碱环境放线菌分布的比较 |
| 3.4 放线菌群落结构与土壤理化性质的关系 |
| 3.4.1 盐碱土壤理化性质及酶活测定结果 |
| 3.4.2 放线菌组成与土壤理化因子及酶活性的简单相关分析 |
| 3.4.3 放线菌组成与土壤理化因子及酶活性的逐步回归分析 |
| 3.4.4 土壤因子与放线菌组成的关系的分析 |
| 3.5 特殊形态放线菌的生理生化特性 |
| 3.6 特殊形态放线菌的耐盐碱试验 |
| 3.7 产蓝色素放线菌的试验结果 |
| 3.7.1 菌株 DA04417 的鉴定 |
| 3.7.2 菌株 DA04417 所产蓝色素稳定性 |
| 3.8 产几丁质酶放线菌的试验结果 |
| 3.8.1 菌株 DJ03207 形态培养特征、生理生化特征及耐盐碱性 |
| 3.8.2 菌株 DJ03207 产酶条件研究 |
| 3.9 拮抗放线菌的筛选结果 |
| 4 结论 |
| 5 展望 |
| 5.1 放线菌的高效分离 |
| 5.2 新放线菌的发现 |
| 5.3 放线菌的多相分类 |
| 5.4 放线菌资源的开发 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 科研成果 |
| 致谢 |
