王珂欣[1]（2021）在《基于新型网络药理学策略解析复方苦参注射液抗肝癌主要药效成分与作用机制》文中提出选题依据:肝癌是世界上流行最高的10种恶性肿瘤之一,死亡率在消化系统恶性肿瘤中位居第二,发病率有上升趋势,而我国每年新发病例占全球一半以上。目前肝癌的治疗手段主要有外科手术切除及放、化疗等,但患者5年内生存率低于30%。因此,探索肝癌发病机制和防治肝癌药物作用机制,是提高肝癌患者生存率和解决临床用药问题的迫切需求。复方苦参注射液在中国已有超过15年的临床应用历史,用于治疗多种类型的实体肿瘤,尤其是癌肿疼痛和消化系统肿瘤中的肝癌。临床研究表明复方苦参注射液可以改善中晚期肝癌患者的症状,且辅助双介入治疗,联合动脉灌注栓塞术,联合化疗均有显着的疗效。实验药理研究表明复方苦参注射液对H22肝癌荷瘤小鼠模型具有抑瘤作用,可显着抑制肝癌细胞增殖,且调控细胞周期。然而,复方苦参注射液在其它肝癌动物模型中是否具有抑制作用?是否具有抑制肝癌转移的作用?除调控凋亡和周期相关信号通路之外,其抑制肝癌细胞增殖及转移的具体机制还有哪些?其抗肝癌的药效物质基础是什么?这些关键科学问题仍然不清晰,需要进行深入、系统的研究。本研究首先从体内外明确了复方苦参注射液抗肝癌的作用;其次,采用计算系统药理学模型预测了复方苦参注射液抗肝癌的药效成分群;最后,基于定量成分导向的网络药理学方法预测了复方苦参注射液抗肝癌的作用机制并进行了验证。研究结果为复方苦参注射液抗肝癌临床用药提供新的科学依据,为进一步开发组分新药提供物质基础,同时也将为其他中药注射剂防治肿瘤研究提供研究思路。目的:（1）明确复方苦参注射液抗肝癌药理作用。（2）构建计算系统药理学模型,探寻复方苦参注射液抗肝癌的药效成分群。（3）基于定量成分导向的网络药理学方法阐释复方苦参注射液抗肝癌的作用机制。方法:（1）通过肝癌细胞增殖和克隆形成实验,以及对二乙基亚硝胺诱发肝癌大鼠肝脏组织的一般和病理学观察及血清生化指标,明确复方苦参注射液对肝癌细胞和大鼠的抑制作用;通过细胞粘附、伤口愈合细胞划痕、Transwell侵袭以及趋化运动实验,明确复方苦参注射液对肝癌细胞侵袭转移的作用。（2）采用计算系统药理学模型,将代谢组学分析、数据收集、网络算法、生物信息学工具相结合,使用一种称为Dijkstra算法模拟药物靶点对疾病分子网络的传播效应,识别出复方苦参注射液抗肝癌药效成分群。（3）通过对复方苦参注射液中高含量成分进行抗肝癌活性筛选,聚焦含量高且活性强的成分,采用网络药理学方法预测复方苦参注射液抗肝癌作用的关键靶点和通路,采用蛋白质免疫印迹技术对预测关键靶点和Wnt/β-catenin信号通路进行体内外验证,明确复方苦参注射液调节Wnt/β-catenin信号通路抗肝癌的机制。采用代谢组学技术,分析复方苦参注射液对差异代谢物的调节作用,阐明复方苦参注射液调节肝癌代谢紊乱的作用机制。最后,整合分析复方苦参注射液抗肝癌作用机制。结果:（1）2 mg/mL复方苦参注射液能显着抑制人肝癌细胞SMMC-7721的增殖和克隆形成;1.5和3 mL/kg复方苦参注射液可改善二乙基亚硝胺诱导的肝癌大鼠肝细胞结构的损伤,并不同程度回调肝功能相关指标谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）、碱性磷酸酶（AKP）和γ-谷酰基转肽酶（γ-GT）的水平,表明复方苦参注射液具有抑制肝癌生长的作用。1和2 mg/mL复方苦参注射液具有显着抑制肝癌细胞迁移、侵袭和趋化运动能力,能显着增加细胞-细胞粘附和抑制细胞-基质粘附,表明复方苦参注射液具有抑制肝癌侵袭转移的作用。（2）基于UPLC-MS鉴定出复方苦参注射液中的21个化学成分,多个数据库预测了复方苦参注射液21个化学成分的作用靶点,构建了复方苦参注射液的成分-靶点网络。随后整合了复方苦参注射液调节肝癌代谢紊乱的277个基因作为疾病基因,基于蛋白-蛋白相互作用数据构建了一个全面的复方苦参注射液成分-靶点-互作蛋白-疾病基因网络,并应用Dijkstra算法计算成分的靶点传播到疾病分子网络的最短距离链17412条,从而根据传播系数识别出11个药效成分群:槐定碱、9β-hydroxylamprolobine、苦参碱、槐醇、异苦参碱、（-）-乙酰鹰靛叶碱、N-甲基金雀花碱、氧化槐定碱、氧化苦参碱、氧化槐醇和（-）-oxylehmannine,并从致病基因和功能通路的覆盖率验证了药效成分群的准确性和可靠性。（3）对复方苦参注射液中含量高的5个化合物进行抗肝癌活性筛选,对具有显着肝癌抑制活性的苦参碱、氧化苦参碱、槐定碱和N-甲基金雀花碱进行网络药理学分析。通过构建复方苦参注射液抗肝癌靶点-相关蛋白网络,预测出关键靶点,在肝癌细胞和大鼠上验证,结果表明复方苦参注射液可以显着增加肝癌细胞和大鼠中CASP3的表达,抑制MMP2,MYC和REG1A的表达。通过对关键蛋白的深入验证发现复方苦参注射液可通过下调细胞和大鼠中Vimentin的表达,增加E-cadherin的表达来抑制上皮间质转化过程。此外,复方苦参注射液可以显着调节细胞和大鼠中Wnt/β-catenin信号通路的关键蛋白β-catenin和GSK-3β及下游蛋白COX2的表达。同时,复方苦参注射液可显着阻滞Wnt/β-catenin信号通路激活剂LiCl所致的肝癌细胞中β-catenin和COX2表达水平的升高和GSK-3β表达水平的降低;可抑制LiCl所致的肝癌细胞中上皮间质转化过程、迁移和侵袭作用,表明复方苦参注射液可能通过抑制Wnt/β-catenin信号通路发挥抗肝癌侵袭转移作用。对网络药理学预测的靶点进行通路富集分析,发现复方苦参注射液发挥抗肝癌作用可能与调节代谢通路相关。肝癌大鼠血清和肝脏代谢组学结果表明复方苦参注射液均能显着调节两种样本中差异代谢物柠檬酸和乳酸的含量,改善肝癌的代谢紊乱,其机制可能涉及糖酵解过程关键代谢物和代谢酶,且Wnt/β-catenin信号通路关键下游靶点c-Myc可能介导复方苦参注射液对糖酵解的抑制作用。对复方苦参注射液抗肝癌作用机制整合分析,表明复方苦参注射液可能通过调节β-catenin/c-Myc信号通路,进而干预肝癌代谢重编程和抑制EMT过程来发挥抗肝癌作用。结论:（1）复方苦参注射液对肝癌细胞和二乙基亚硝胺诱发肝癌大鼠具有抑制作用,具有抑制肝癌细胞侵袭转移的作用。（2）复方苦参注射液抗肝癌的主要药效成分可能为槐定碱、苦参碱、氧化苦参碱、N-甲基金雀花碱,次要药效成分为槐醇、异苦参碱、（-）-乙酰鹰靛叶碱、氧化槐定碱、氧化槐醇、9β-hydroxylamprolobine和（-）-oxylehmannine。（3）复方苦参注射液可能通过调节β-catenin/c-Myc信号通路中关键蛋白,进而干预肝癌代谢重编程和抑制上皮间质转化过程来发挥抗肝癌作用。（4）本研究提出的计算系统药理学模型可用于中药复方物质基础的研究;定量成分导向网络药理学方法可用于预测成分含量明确的中药复方作用机制。
邵长春[2]（2021）在《脂多糖在肝再生及其促进肝癌发生中的作用机制研究》文中研究指明研究背景及目的肝癌是严重威胁人类健康的恶性肿瘤之一,在全球肿瘤发病率中位居第六位,死亡率高达第三位。在中国,肝癌发病率更是高居第5位,死亡率仅次于肺癌,位居第2位。目前手术切除依然是肝癌的首选治疗方案,但肝癌术后5年复发率高达70%,因而肝癌术后复发成为影响肝癌患者手术疗效的重要瓶颈。究其原因还是对肝癌发生的机制尚不明确。目前研究结果显示肝再生与肝癌发生密切相关。肝脏具有强大的再生功能,病毒感染、酗酒、手术切除等造成肝损伤的同时会启动肝脏再生反应,促进肝脏结构及功能恢复。当损伤因素持续存在,肝细胞出现严重坏死、凋亡、衰老时,会激活肝脏中的前体细胞或者胆管细胞,参与肝脏再生修复。目前也有研究表明肝细胞具有较强的表型可塑性,在肝损伤再生修复过程中,肝细胞可以去分化形成肝前体样细胞或者转分化形成胆管细胞。有研究表明持续损伤的慢性炎症微环境会诱导再生的细胞出现基因突变、表观遗传学改变等,导致细胞发生恶性转化形成肿瘤起始细胞,最终可能导致肝癌发生。在慢性肝损伤基础上予以肝部分切除,可以加速损伤的肝细胞逃脱损伤诱导的细胞周期阻滞,促进基因突变在细胞中累积,最终导致细胞增殖失控,促进肝癌发生。也有研究表明肝再生过程中诱导产生的多种细胞因子、生长因子等在促进肝脏再生修复的同时,可能也会激活异变期的细胞,加速细胞增殖,促进细胞恶性转化。因而炎症损伤微环境、肝脏再生、肝癌发生三者紧密联系,但是前两者在肝癌发生过程中的具体作用及机制不清,需要进一步研究探讨。LPS/TLR4/NF-κB信号通路是介导炎症免疫信号的重要通路,在生理功能稳态维持、疾病发生发展过程中扮演着重要作用。生理情况下,来自于胃肠道的血液通过门静脉入肝,其中含有大量肠道细菌产生的脂多糖（lipopolysaccharide,LPS）,经过肝脏解毒代谢后被清除,抑制LPS对机体造成的损伤。也有研究表明LPS对机体可能发挥正向调节作用,参与细胞干性维持及肝脏再生。LPS可以维持胚胎干细胞及内皮前体细胞干性表型,维持细胞自我更新;在肝再生过程中,LPS可促进肝营养因子及细胞因子分泌,促进肝细胞增殖及肝再生。在慢性肝损伤情况下,肠道屏障功能破坏,导致肠道细菌移位,肝脏中LPS大量增加,可促进肝脏慢性炎症损伤,甚至导致肝癌发生。基于以上研究背景,我们拟在正常生理状态下,通过体内外实验分析LPS与肝脏门静脉区细胞干性之间的关系,及LPS在细胞干性维持中的作用机制研究;接着在小鼠肝大部分切除后再生模型中分析LPS是否可以通过调控细胞干性参与肝脏再生,及LPS调控肝再生的下游关键靶分子;最后分析肝脏再生与肝癌发生之间的关系,以及LPS下游关键靶分子在肝癌发生过程中的作用及机制,期望揭示肝再生与肝癌发生之间的内在联系,为肝癌预防、治疗提供新的理论基础。第一部分:正常生理状态下脂多糖对肝细胞干性的影响及机制研究研究目的:肝脏具有强大的再生能力,而肝脏再生修复与细胞干性密切相关。目前研究表明肝小叶门静脉区肝胆管细胞交界处细胞干性相对较高,而门静脉区肝细胞接触大量含有脂多糖的门静脉血,同时多项研究结果表明LPS与细胞干性维持密切相关。本部分拟探讨LPS对肝细胞干性的影响及调控机制。研究方法:1.通过免疫组织化学染色及免疫荧光染色分析干性分子在肝小叶中的定位,鲎试剂检测门静脉血以及下腔静脉血中LPS的浓度,分析两者之间的相关性;2.利用抗生素清除肠道来源的LPS,并结合TLR4-/-转基因小鼠,通过蛋白质印迹实验及免疫组织化学染色实验分析肝脏干性指标的变化,明确LPS对细胞干性的调控作用;3.在体外实验中用LPS处理小鼠正常肝细胞系AML12,通过细胞成球、克隆形成、实时荧光定量PCR、蛋白质印迹实验分析LPS对肝细胞干性的影响;4.在重编程体系中加入LPS,通过实时荧光定量PCR、蛋白质印迹、免疫荧光实验分析LPS对肝细胞重编程能力的影响;5.通过体外肝向及胆向诱导分化实验,分析LPS处理后的肝细胞分别向肝向及胆向分化能力的变化;利用Fah-/-小鼠肝损伤模型,分析LPS处理的肝细胞在体内肝向及胆向的分化能力;6.在肝细胞中干扰TLR4表达后,通过细胞成球、蛋白质印迹实验分析LPS是否通过TLR4调控细胞干性;7.利用蛋白质印迹实验检测LPS处理的肝细胞中YAP1的表达变化;在肝细胞中通过腺病毒干扰YAP1表达,通过蛋白质印迹、免疫荧光、细胞成球、克隆形成实验分析YAP1是否介导LPS对细胞干性的调控;8.在WT及TLR4-/-小鼠中通过肝门静脉结扎模型,分析肝门静脉结扎后肝脏中YAP1及干性分子表达变化与LPS的相关性。结果:1.肝脏中Sox9+细胞定位于肝门静脉区,并且LPS在门静脉血中浓度明显高于中央静脉血;在用抗生素清除肠道来源的LPS或TLR4-/-小鼠中,肝脏中Sox9表达降低;2.LPS处理肝细胞后,细胞成球能力、克隆形成能力、多潜能分子及干性分子表达增加;3.在肝细胞中干扰TLR4及YAP1后,可以抑制LPS对肝细胞干性的促进作用;4.小鼠门静脉肝左叶分支结扎后,结扎侧肝叶组织中LPS浓度降低,YAP1及Sox9表达也相应降低;未结扎侧肝叶中LPS浓度增加,YAP1及Sox9表达相应增加。结论:研究结果提示门静脉区高浓度的LPS在维持门静脉区细胞干性中可能发挥重要作用,体内外实验结果提示LPS可通过激活TLR4,上调肝细胞中YAP1表达,进而增强肝细胞干性,而且LPS处理后的肝细胞具有明显的肝向和胆向分化能力,参与肝脏损伤修复。但LPS是如何调控YAP1的激活,其机制有待进一步研究。第二部分:肝再生过程中脂多糖对肝细胞干性的影响及机制研究研究目的:肝再生是肝脏损伤后的重要病理生理特征,对于肝脏内环境稳态的维持具有重要作用。既往研究表明肝细胞具有较强表型可塑性,可以去分化形成具有肝前体细胞特征的Sox9+HNF4α+肝细胞,参与肝损伤后再生修复。另外LPS与细胞干性及肝脏再生密切相关。本部分拟在小鼠肝大部分切除后再生模型中分析LPS是否可以通过调控肝细胞干性,诱导肝细胞转变为Sox9+HNF4α+肝细胞参与肝脏再生,及LPS调控Sox9+HNF4α+肝细胞激活,参与肝脏再生的分子机制。研究方法:1.通过蛋白质印迹、免疫荧光、免疫组织化学染色实验分析肝再生过程中干性分子表达变化情况;2.腺病毒干扰Sox9表达后,通过免疫组织化学实验、肝体重比恢复情况,分析Sox9+HNF4α+肝细胞在肝再生过程中的作用;3.将野生型小鼠Fah+肝细胞注射到Fah-/-小鼠体内构建小鼠嵌合肝脏模型,然后进行肝大部分切除,通过免疫荧光染色分析肝再生过程中Sox9+HNF4α+肝细胞是否来源于Fah+肝细胞;4.通过比较肝大部分切除前后门静脉血中LPS浓度变化,以及体外LPS刺激肝细胞实验、TLR4-/-小鼠肝大部分切除模型分析LPS/TLR4信号通路激活情况,及其与Sox9+HNF4α+肝细胞变化的相关性;5.通过NF-κB通路PCR芯片筛选参与肝再生的关键分子,通过蛋白质印迹实验、免疫荧光实验进行验证;6.通过构建关键分子的转基因敲除小鼠,在肝大部分切除后再生模型中分析关键分子对Sox9+HNF4α+肝细胞激活及肝再生的影响;7.在TLR4-/-小鼠中通过腺相关病毒在肝脏中过表达关键分子,在肝大部分切除后再生模型中分析LPS/TLR4通路是否通过关键分子调控Sox9+HNF4α+肝细胞激活及肝再生;8.通过实时荧光定量PCR、蛋白质印迹、免疫荧光、免疫组化、Chip-PCR、蛋白质免疫共沉淀等,分析关键分子对Sox9的调控作用及其机制。结果:1.小鼠肝大部分切除后肝再生早期Sox9+HNF4α+肝细胞数量增加;干扰Sox9表达,可以抑制肝细胞增殖及肝体重比恢复;肝再生过程中增加的Sox9+HNF4α+肝细胞可能来源于成熟肝细胞去分化;2.肝再生早期LPS/TLR4信号通路激活,TLR4缺失后可以抑制肝再生早期Sox9+HNF4α+肝细胞数量增加、抑制肝细胞增殖及肝体重比恢复;3.肝再生早期LPS/TLR4通路激活,上调Bcl3表达;Bcl3缺失后,可以抑制肝再生早期Sox9+HNF4α+肝细胞激活以及肝再生;4.肝细胞中Bcl3通过与YAP1结合,抑制YAP1泛素化降解,促进YAP1入核,转录激活Sox9表达。结论:在小鼠肝大部分切除后再生模型中,研究发现肝再生早期成熟肝细胞可去分化形成具有高增殖潜力及干性特征的Sox9+HNF4α+肝细胞,参与肝脏再生。机制上证实肝大部分切除后再生早期,肝脏门静脉血中LPS浓度增加,可以通过TLR4上调肝细胞中Bcl3表达,增加的Bcl3进一步通过抑制YAP1泛素化降解,促进YAP1核定位,转录激活Sox9表达,进而诱导肝细胞转变为Sox9+HNF4α+肝细胞参与肝脏再生。第三部分:肝再生在肝癌发生中的作用及机制研究研究目的:手术切除是原发性肝癌首选的治疗方式,但是术后高复发成为限制患者预后的重要因素。研究表明肝再生与肝癌发生密切相关,但是具体机制尚不明确。本部分拟探讨肝部分切除后肝再生与肝癌发生的关系,以及Bcl3在其中的作用及机制。研究方法:1.在大鼠及小鼠DEN诱导肝癌发生过程中进行肝大部分切除术,分析肝大部分切除后再生对肝癌发生的影响;2.通过免疫组织化学染色分析在DEN诱导肝癌发生过程中,肝大部分切除后再生对肝前体细胞激活的影响;3.通过蛋白质印迹实验分析在肝癌发生过程中Bcl3表达变化;构建Bcl3转基因敲除小鼠,分析Bcl3缺失后对肝癌发生及肝前体细胞激活的影响;4.通过免疫组织化学染色、实时荧光定量PCR、蛋白质印迹实验分析在DEN诱导肝损伤情况下,肝部分切除后再生早期,肝前体细胞激活及染色体不稳定性相关基因的表达变化;5.通过裸鼠肝癌移植瘤模型分析Bcl3过表达对肝癌细胞增殖的影响;6.通过蛋白质印迹、蛋白质免疫共沉淀实验分析去泛素化酶USP7对Bcl3表达的影响;通过蛋白质半衰期实验、泛素化酶实验分析去泛素化酶USP7抑制剂P5091对Bcl3表达的影响;7.在小鼠原发性肝癌模型及裸鼠肝癌移植瘤模型中,使用P5091治疗,分析Bcl3表达变化及对肝癌发生发展的影响;8.在人肝癌及癌旁组织标本中分析Bcl3和Sox9表达的相关性,及其与肝癌患者预后的关系。结果:1.在DEN诱导的肝癌发生过程中,肝大部分切除后再生可以促进肝癌发生;2.肝再生促进肝癌发生过程中Bcl3表达及肝前体细胞激活增加;3.Bcl3缺失抑制肝前体细胞激活及肝再生对肝癌发生的促进作用;4.在DEN诱导肝损伤基础上,肝大部分切除后肝再生早期肝前体细胞激活,细胞中染色体不稳定性相关基因表达增加;5.去泛素化酶USP7在肝癌发生过程中表达增加,可以通过与Bcl3结合,稳定Bcl3表达;6.去泛素化酶USP7抑制剂P5091促进Bcl3泛素化降解,抑制Bcl3表达;7.P5091抑制原发性肝癌模型中肝癌发生、Bcl3表达;P5091抑制裸鼠肝癌移植瘤模型中肝癌细胞增殖;8.在人肝癌组织标本中Bcl3与肝前体细胞标志Sox9表达呈现正相关关系,并且其表达水平越高,患者预后相对较差。结论:在DEN诱导肝癌发生过程中,肝大部分切除后肝再生可促进肝癌发生;肝大部分切除后再生可上调Bcl3表达,促进肝前体细胞激活;在损伤微环境及再生压力下,激活的肝前体细胞染色体不稳定性增加,可能导致肝前体细胞发生恶性转化,最终导致肝癌发生;临床病人标本中发现Bcl3及肝前体细胞标志Sox9在肝癌组织中表达增加,两者呈现正相关关系,并且Bcl3及Sox9高表达与肝癌患者不良预后密切相关。
朱晓燃[3]（2021）在《清肝化瘀颗粒对原发性肝癌大鼠的治疗作用及主要成分对肝癌细胞增殖凋亡的影响》文中指出背景与目的清肝化瘀颗粒是基于姚树坤教授结合中医理论与多年临证经验总结的清肝化瘀方,经完善优化后的现代制剂技术制备而成的颗粒制剂（课题来源于“十二五”“重大新药创制”科技重大专项和北京市科委G20 工程创新研究）,以清热解毒、破瘀散结、健脾益气为治则治法,可针对大多数肝癌患者的证型。前期临床研究与基础实验证实,清肝化瘀方对缓解肝癌患者临床症状、改善生存质量、延长生存期以及提高免疫功能方面具有显着作用,并可以通过多靶点分子,多信号通路对肝癌的多种细胞生物学行为进行调节,深入开发研究价值。苦参是本研究清肝化瘀颗粒的君药之一,其提取物苦参碱单体明确,药理作用广泛,也是清肝化瘀颗粒的主要组分。因此本研究的目的是观察清肝化瘀颗粒对原发性肝癌（Primary liver carcinoma）大鼠的治疗作用,评价其药效学,通过体内凋亡实验和体外细胞实验,初步探究其靶点及作用机制,为临床推广提供理论依据。方法:SPF级雄性6周龄大鼠192只,适应性饲养5天后,造模组（n=180）采用改良后的造模方法,使用二乙基亚硝胺（Diethylnitrosamine,DEN）诱导肝癌,空白组（n=12）给予等体积生理盐水,取材观察肝脏成癌率>80%时开始干预。将造模组大鼠162只（除去死亡3只和观察不同时间成癌率15只）随机分为模型组、清肝化瘀颗粒低剂量组、清肝化瘀颗粒高剂量组、清肝化瘀颗粒高剂量组、肝复乐组和氟尿嘧啶组,每组各27只。清肝化瘀颗粒低、中、高剂量组分别灌胃清肝化瘀颗粒0.47g/kg、0.93g/kg、1.86g/kg,肝复乐组灌胃肝复乐胶囊0.94g/kg,模型组以10ml/kg灌胃等体积生理盐水,氟尿嘧啶组给予氟尿嘧啶注射液20mg/kg腹腔注射,连续给药8周,于末次给药后每组随机选取6只解剖取材。观察指标包括:造模情况及各组大鼠肝脏大体情况、生存期、肝指数、脾指数及肝脏病理组织变化;丙氨酸氨基转移酶（Alanine aminotransferase,ALT）、天冬氨酸氨基转移酶（Aspartate transaminase,AST）、总胆红素（Total bilirubin,TBIL）、γ-谷氨酰转肽酶（Glutamyl transpeptidase,GGT）、碱性磷酸酶（Alkaline phosphatase,ALP）、α-L-岩藻糖苷酶（Alpha-L-fucosidase,AFU）等肝功能指标;肝癌特异性标志物甲胎蛋白（alpha-fetoprotein,AFP）;通过流式细胞仪检测外周血T淋巴细胞亚群;原位末端转移酶标记技术（Terminal deoxynucleotidyl transferase dUTP nick end labeling,TUNEL）法检测肝癌组织细胞凋亡情况,免疫组化法检测肝癌组织中Caspase-3的表达。选择清肝化瘀颗粒主要成分苦参碱进行体外细胞实验,用CCK8法（cell counting kit-8）检测苦参碱对人肝癌细胞HepG2细胞的增殖抑制作用,筛选出IC50;定量聚合酶链式反应（Quantitative Polymerase Chain Reaction,QPCR）检测苦参碱对 HepG2 细胞中 Bax、Bcl-2、P53、Beclinl的基因表达的影响。结果1 清肝化瘀颗粒对PLC大鼠的治疗作用1.1 清肝化瘀颗粒对PLC大鼠肝脏大体、肝脾指数及生存期的作用①肝脏表面癌结节数:与模型组比较,清肝化瘀颗粒中剂量组、高剂量组和氟尿嘧啶组肝脏表面癌结节数均显着降低。②肝、脾指数:与模型组比较,清肝化瘀颗粒低剂量组、中剂量组和高剂量组、肝复乐组及氟尿嘧啶组的大鼠肝指数均显着降低,且清肝化瘀颗粒低剂量组和氟尿嘧啶组的脾指数亦显着降低。③生存期:给药干预8周后,上述各组 PLC 大鼠的存活率分别为 47.62%、52.38%、71.43%、66.67%、52.38%和 85.71%,中位生存期分别为55d、59d、66d、71d、58d和73d。与模型组相比,清肝化瘀颗粒中、高剂量组和氟尿嘧啶组生存期显着延长;与肝复乐组比较,清肝化瘀颗粒高剂量组的生存期显着延长。1.2 清肝化瘀颗粒对PLC大鼠肿瘤标志物AFP的下调作用与模型组比较,清肝化瘀颗粒低剂量、中剂量、高剂量组、肝复乐组和氟尿嘧啶组大鼠的AFP水平均显着下降;随着清肝化瘀颗粒组给药剂量的增加,AFP水平呈递减趋势,且清肝化瘀颗粒高剂量组与低剂量组间差异显着。1.3 清肝化瘀颗粒缓解PLC大鼠肝损伤,改善其肝功能的作用与模型组比较,清肝化瘀颗粒高剂量组、氟尿嘧啶组可显着下调AST水平,清肝化瘀颗粒低剂量、中剂量、高剂量组和氟尿嘧啶组均可显着下调血清GGT、AFU、TBIL水平,清肝化瘀颗粒中剂量、高剂量组和氟尿嘧啶组亦可显着下调ALP水平。1.4 清肝化瘀颗粒对PLC大鼠外周血T淋巴细胞的调节作用与模型组比较,清肝化瘀颗粒低剂量、中剂量、高剂量组的CD4+细胞数显着上升,CD8+细胞数显着下降,CD4+/CD8+的比率显着升高。2清肝化瘀颗粒对PLC大鼠肝癌细胞凋亡的影响与模型组相比,清肝化瘀颗粒组的PLC大鼠发生肝癌凋亡的肝癌细胞数量和比例明显增加,Caspase-3在清肝化瘀颗粒剂量组、肝复乐组和氟尿嘧啶组显着表达,且清肝化瘀颗粒低剂量、中剂量、高剂量组间Caspase-3的表达差异显着。3苦参碱对人肝癌细胞HepG2细胞增殖抑制的影响①苦参碱对HepG2细胞活性的影响苦参碱干预24-72小时,HepG2细胞活性显着下降,且苦参碱对肝癌细胞的增殖抑制作用呈时间和浓度依赖性。给药24h、48h、72h后,IC50分别为2.116mg/mL、0.989mg/mL和 1.121mg/mL。②苦参碱以0.5mg/mL、1.0mg/mL、1.5mg/mL干预HepG2细胞48h,与对照组比较,HepG2细胞Beclin1的表达水平显着下降,且呈浓度依赖性,Bcl-2的表达水平呈不同程度的下降,1.5mg/mL苦参碱可显着下调Bcl-2的表达水平,Bax和P53的表达水平较对照组均有不同程度上升。结论:清热解毒、破瘀散结、健脾益气的清肝化瘀颗粒可有效达到对PLC大鼠的治疗作用,显着延长生存期,其机制可能与通过上调Caspase-3的表达诱导肝癌细胞凋亡起到抗肝癌作用有关。体外实验中清肝化瘀颗粒主要成分苦参碱可通过下调Bcl-2、Beclin1的表达,上调Bax、P53的表达,抑制肝癌细胞增殖,诱导细胞凋亡,调控细胞自噬。
王延蛟[4]（2021）在《mRNA/piRNA/piwi在DEN诱导肝癌中的表达及紫草素对肝癌细胞生物学行为的影响》文中研究表明目的:全球肝癌发病率和死亡率居高不下,每年约有841,000新发病例和782,000死亡病例,其中约50%来自中国,严重威胁到人类的健康。寻找肝癌潜在发病机制及诱发因素,能早发现、早治疗的任务迫在眉睫。DEN（Diethylnitrosamine,二乙基亚硝胺）诱发癌变过程与人肝癌的过程非常相似,是最广泛应用的肝癌模型。而肝癌的发生和发展是一个复杂的多因素过程,涉及细胞和分子水平的异常变化,关于肝癌发病机制的研究主要集中在细胞信号转导、肿瘤相关基因表达调控等方面。基因芯片能对基因表达的组织特异性、病变特异性进行综合的分析和判断,并迅速将基因与疾病联系起来。mi RNA虽然与肝癌的发生密切相关,但其无明显的细胞特异性,而存在于生殖细胞piwi蛋白具有组织特异性,近年被发现也存在于癌细胞,与piwi蛋白结合的piRNA（Piwi-interacting RNA）在维持DNA完整、抑制转录、翻译等均有重要作用,但关于piRNA/piwi与肿瘤发生的相关研究还在初始阶段。肝癌化疗失败的主要原因是多重耐药性（multi-drug resistance,MDR）,研究表明紫草素具有抗癌作用,不易产生耐药性且副作用小,但具体机制并不清楚。综上所述,本研究以DEN诱导建立的大鼠肝癌模型作为研究对象,测定血清肝癌标志物、免疫、内分泌及相关指标,寻找肝组织差异表达的mRNA和piRNA及相关蛋白,揭示以上因素与肝癌发生发展的关系;以肝癌细胞CBRH-7919为研究对象,检测紫草素对其增殖、凋亡、迁移及侵袭的影响,为探索肝癌发生的分子机制及临床用药提供理论支持。方法:1)选取40只6周龄雄性健康Wistar大鼠,重量在150克左右,分为肝癌模型组（NC）和正常对照组（Md）,其中,肝癌模型组自由饮用浓度为0.1 mg/m L DEN的无菌水,每24小时更换一次,20周后停药（9-12周断药用水代替）,观察肝脏组织病理形态学的改变以及细胞超微结构的变化;ELISA法检测外周血AFP、ASMA、HSP、IL-1、IL-6、TNF-α、ACTH、CORT等指标的改变;利用芯片技术检测组间肝组织mRNA的差异表达并筛选候选基因,采用RT-q PCR、免疫组织化学、Western-blot检测肝癌组织中候选基因的mRNA和蛋白质的表达水平;2)利用二代测序法检测肝组织差异表达的piRNA;利用motif短序列模式比配算法辨认piRNA临近调控区域加工区域特征进行富集度解析和聚类,结合piRNA定位进行功能基因的分布总结,利用RT-q PCR对piRNA、mi RNA进行定量,通过免疫组化和Western-blot检测肝组织中piwil2、piwil4等基因蛋白质的表达水平,利用CRISPR/cas9基因编辑系统敲除CBRH-7919细胞中的piwil4基因,利用CCK-8、流式细胞术、划痕实验检测细胞的增殖、凋亡及迁移的变化;3)用MTT、流式细胞术、划痕实验以及transwell小室法观察紫草素作用于CBRH-7919细胞后的细胞增殖、凋亡、迁移及侵袭等变化,通过Western Blot法检测紫草素作用CBRH-7919细胞后STAT3、Cyclin D1、piwil4、Bcl-xl蛋白。结果:1)利用改变饮水方式建立了DEN诱导大鼠肝癌模型,成癌率为75%,并避免了实验动物中途死亡,肝癌组肝脏表面粗糙度增加,假小叶、增生灶和大量癌结节形成。与正常对照组比较,肝癌模型组血清AFP明显升高,差异显着（P<0.01）;组间血清ASMA无统计学差异,肝癌模型组与正常对照组血清HSP差异显着（P<0.01）。血清免疫学指标IL-1、IL-6水平降低而TNF-α水平升高（P<0.05）,内分泌指标ACTH和CORT的水平降低。mRNA芯片结果显示,31042个mRNA中表达上调的有1639个,表达下调的有360个,应用RT-q PCR法检测结果发现,STAT3和Cyclin D1基因的mRNA表达水平显着升高（P<0.01）;Igfals、G6PC基因的mRNA表达水平下调,有统计学差异（P<0.05）;免疫组织化学结果显示,正常对照组中STAT3和Cyclin D1蛋白表达量少,肝癌模型组STAT3和Cyclin D1蛋白的高表达主要定位在细胞核。western-blot实验结果显示Igfals、G6PC以及Emp1蛋白表达水平下调,有统计学差异（P<0.05）;2)总计发现符合piRNA序列特征的为27439个,mRNA芯片结果显示,与正常对照组相比发现,肝癌模型组中上调表达的piRNA有4个（P<0.05）,分别是piR-64745（piR-rno-51044）,piR-64265（piR-rno-50623）,piR-79437（piR-rno-48177）,piR-64744（piR-rno-51043）,表达下调的有2个（P<0.01）,分别是piR-64143（piR-rno-50518）和piR-64142（piR-rno-50517）。组间表达异常的piRNA靶基因涉及嘌呤嘧啶代谢、氨基酸降解、黏多糖合成、复制、DNA剪切与修复、RNA和蛋白质降解、MAPK信号通路、Ras信号通路众多途径,RT-q PCR显示,与正常对照组比较,肝癌模型肝组织的piR-79437表达增加（P<0.01）、piR-64143表达降低（P<0.01）,肝癌模型组血清中mi R-133b升高（P<0.05）;在肝癌模型肝脏中Piwil2、Piwil4的蛋白高表达（P<0.01）,Piwil4基因敲除后,与肝癌正常对照组和空载组相比,KO组细胞的增殖活性降低（P<0.05）,KO组细胞凋亡率明显增加（P<0.05）,Piwil4-/-细胞中STAT3、Cyclin D1、Bcl-x L蛋白表达水平均下调,差异显着（P<0.05）;3)紫草素的IC50是11.97μM,作用细胞的浓度确定为5、10、15μM,细胞的存活率随药物浓度的增加而发生梯度变化,具有统计学差异（P<0.05）,FCM结果显示,紫草素浓度为0μM、5μM、10μM、15μM时候,凋亡细胞数量分别为5.50±0.28%、7.88±0.51%、16.05±1.23%、26.88±0.22%,细胞凋亡率逐步上升,呈现出浓度依赖性,具有统计学差异（P<0.05）,划痕实验结果显示,依次用0μM、5μM、10μM、15μM的紫草素对应的迁移率分别为52.10±6.12%、47.01±9.01%、34.11±7.18%、13.98±4.52%,呈现出浓度依赖性,具有统计学差异（P<0.05）;transwell实验显示,依次用0μM、5μM、10μM、15μM的紫草素对应穿过小室膜的细胞数分别为482.33±55.54%、423.00±35.51%、386.33±68.37%、288.67±50.74%,呈现出浓度依赖性,侵袭能力下降,具有统计学差异（P<0.05）;用15μM紫草素处理CBRH-7919细胞48小时后,STAT3、Cyclin D1蛋白表达下调（P<0.05）,piwil4和Bcl-x L与正常对照组无明显变化。结论:1)使用0.1mg/ml的DEN饮用水诱导大鼠肝癌模型20周（9-12周停药）,成癌率为75%（15/20）,效果良好,观察肝脏组织HE病理结果发现肝癌发生,且血清AFP、HSP均升高,是一种较理想的研究肝癌发生发展的大鼠模型。作者认为免疫相关IL-1、IL-6、TNF-α水平的升高,内分泌相关ACTH和CORT水平的降低,提示肝癌模型中免疫和内分泌功能至少在一定程度上发生紊乱;2)模型肝脏中,STAT3,Cyclin D1等癌基因的过表达和促凋亡基因EMP1低表达共同导致细胞的持续增殖,肝癌模型的G6PC表达的降低便于糖异生的中间产物用于肝癌细胞增殖所需能量的供应和物质的生物合成;3)本研究发现piR-79437、piR-64143的异常表达可能与HCC存在关联,在肝癌的发生和发展中起作用,血清mi R-133b可能是肝癌的潜在标志物,PIWIL2和PIWIL4在肝癌模型组的高表达,提示具有促癌作用,PIWIL4基因敲除细胞中STAT3,cyclin D1和Bcl-xl的表达水平低于对照组,表明PIWIL4基因可能通过作用于STAT3/cyclin D1促进肝癌细胞的增殖,通过STAT3/Bcl-x L抑制其凋亡;4)紫草素使STAT3和Cyclin D1蛋白表达下调,提示其对肝癌细胞生长有抑制作用,同时,紫草素可以促进肝癌细胞的凋亡,抑制其迁移及侵袭,呈现浓度依赖性的关系,但其作用细胞后的piwil4和Bcl-x L的表达水平没有变化,提示紫草素不通过Bcl-x L影响细胞凋亡,具体通过什么途径促进肝癌细胞的凋亡,还需进一步研究。
赵鑫[5]（2021）在《基于癌症基因组图谱数据库和高通量测序对肝癌自噬相关的miRNA的研究》文中研究说明肝细胞癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）是最常见的肝脏恶性肿瘤之一,其中乙型肝炎病毒（Hepatitis B Virus,HBV）和丙型肝炎病毒（Hepatitis C Virus,HCV）的感染是HCC的主要病因。目前HCC占我国所有新发癌症病例的第五位,所有癌症致死性疾病的第二位,严重危害着人类健康。HCC的早期诊断、综合及个体化治疗、治疗后监测复发及远处转移,是提高肝癌诊断率及治愈率的重要手段。MiRNA是一类内生的、长度约为20-24个核苷酸的小RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用,与细胞生长、代谢、凋亡、肿瘤发生、肿瘤细胞侵袭性以及肿瘤治疗等方面存在密切关系。迄今为止,许多研究证实了miRNA在多种恶性肿瘤中的异常表达,如乳腺癌、脑癌、大肠癌、肝癌、肺癌、淋巴瘤、前列腺癌、甲状腺癌等。在肝癌中,miRNA可作为诊断标记物miRNA辅助临床肝癌诊治,同时也通过多种细胞信号通路影响肝癌发生发展。自噬（Autophagy）作为细胞的一种自我保护机制,与肿瘤发生息息相关。由于自噬与细胞代谢、蛋白质和细胞器周转、细胞生存等密切相关,所以自噬在肿瘤中的作用呈现动态及多样性变化,具有高度的复杂性。MiRNA如何调节自噬过程至今尚未明确,持续发现的调节自噬新的miRNA提示我们,miRNA作为重要分子可通过靶向调控自噬相关基因的表达,影响自噬的过程,调节疾病进展,因此值得进一步探索异常表达的miRNA调控自噬与疾病进展的关系。本研究通过公共数据库筛选与肝癌自噬相关的miRNA,并分析它们的临床意义;在肝癌细胞系,通过缺氧诱导自噬,收集各组细胞进行miRNA和mRNA测序,根据转录组测序数据分析不同肝癌细胞中自噬相关miRNA及其可能作用机制;并初步确定参与肝癌自噬的关键miRNA及其靶基因;稳定过表达/抑制miRNA后检测自噬活性,观察自噬现象,检测miRNA下游信号通路基因变化,为miRNA在HCC诊断、治疗及随访提供理论及实验基础。第一部分:基于TCGA数据库机器学习法研究miRNA作为肝癌诊断生物标志物的价值目的:筛选潜在的HCC诊断生物标志物,初步确定具有诊断潜力的miRNA。方法:根据癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas database,T CGA）数据库,通过随机森林算法初步确定最具诊断价值的差异表达的miRNA。建立分类模型以区分患有肝细胞癌的患者和正常个体,然后在差异表达的miRNA和mRNA之间构建调控网络。使用GSE63046数据集来验证鉴定出的差异表达miRNA的表达,同时进行差异表达miRNA的诊断和预后分析。结果:1.总共发现14个差异表达的miRNA（均上调）和2,982个差异表达的mRNA（1,989个上调和993下调）,其中hsa-miR-10b-5p,hsa-miR-10b-3p,hsa-miR-224-5p,hsa-miR-183-5p和hsa-miR-182-5p被认为可能是肝细胞癌诊断生物标志物;2.这五个miRNA靶向的mRNA包括SFRP1,EDNRB,NR4A3,FHL2,NKX3-1,IL6ST,FOXO1。“胆汁酸的生物合成和胆固醇代谢”通路是这些靶标mRNA最富集的信号通路;3.初步确定的五个miRNA的验证与GSE63046数据集验证结果一致;4.Hsa-miR-10b-5p和hsa-miR-10b-3p可能对肝细胞癌患者预后具有重要的价值。小结:1.5个差异表达的miRNA可以被视为肝细胞癌患者的诊断生物标志物。2.5个miRNA靶向的mRNA（包括SFRP1,EDNRB,NR4A3,FHL2,NKX3-1,IL6ST和FOXO1）差异表达水平可能与肝细胞癌的发生有关。第二部分:MiRNA作为肝癌诊断生物学标志物的体外验证研究目的:肝癌差异表达miRNA的临床体外验证。方法:留取7例肝细胞癌肝癌组织及癌旁2cm癌旁组织,应用RT-q PCR方法定量分析肝癌差异表达miRNA（hsa-miR-10b-5p,hsa-miR-10b-3p,hsa-miR-224-5p,hsa-miR-183-5p、hsa-miR-182-5p）组织水平。结果:7名HCC患者中5个差异表达的miRNA的表达水平全部上调,并且hsa-miR-224-5p上调最为显着,与第一部分的生物信息学分析结果一致。小结:1.5个差异表达的miRNA可以被视为肝细胞癌患者的诊断生物标志物2.肝组织样本miRNA水平与公共数据集研究结果一致。第三部分:基于转录组测序进行肝癌自噬相关的机制研究目的:探索肝癌自噬相关新分子,进一步阐明其在调控自噬影响肝癌中进展的作用机制。方法:本部分首先建立缺氧诱导的细胞自噬模型,通过电子显微镜观察自噬泡的数量。Western Blot和Transwell实验分析自噬相关蛋白表达水平和细胞侵袭力。转录组测序分析对照组和低氧组肝癌细胞差异表达的mRNA和miRNA。建立miRNA-mRNA相互作用网络和miRNA靶向的基因的功能富集分析探索缺氧诱导肝癌自噬的潜在机制。结果:1.我们发现缺氧可能通过诱导自噬促进肝癌细胞的侵袭;2.与正常对照组相比,诱导HCCLM3自噬组和SMMC-7721自噬组中共鉴定出407个共享mRNA和57个共享miRNA。此外,278个mRNA属于癌症自噬特异性mRNA,24个miRNA被鉴定为癌自噬特异性miRNA。小结:1.基于miRNA-mRNA相互作用网络获得了19种高度表达的miRNA。2.Hsa-miR-483-5p,hsa-miR-4739,has-miR-214-3p和has-miR-296-5p可能是与肝癌自噬相关的潜在分子标记物。结论:1.Hsa-miR-10b-5p,hsa-miR-10b-3p,hsa-miR-224-5p,hsa-miR-183-5p和hsa-miR-182-5p可能是肝细胞癌诊断标志物。2.临床组织样本证实上述miRNA可能是临床肝癌诊断标记物。3.细胞水平探索发现,hsa-miR-483-5p,hsa-miR-4739,has-miR-214-3p和has-miR-296-5p可能是与肝癌自噬相关的重要分子。4.筛选肝癌及肝癌自噬相关miRNA有助于了解肝癌自噬的潜在分子机制,同时为临床诊断、监测预后提供新的治疗靶点。
陈鹏[6]（2021）在《陕西汉族非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关性及MIR17HG与其microRNAs在结直肠癌中的作用研究》文中研究说明目的:通过非编码RNA基因多态性筛选出陕西汉族结直肠癌易感人群,筛选与结直肠癌发生密切相关microRNA,并对其在结直肠癌发生发展中的作用进行探讨,为临床预防及早期诊断结直肠癌提供理论依据。方法:1.设计一项包括514例CRC患者和510例健康对照的病例-对照关联研究,选取9个lnc RNAs基因[MIR137HG、MIR143HG（CARMN）、MIR3142HG、LINC-PINT、MIR124-1HG、MIR675HG（H19）、MIR17HG、MIR497HG和MIR133A1HG]、7个miRNAs基因（MIR577、MIR608、MIR675、MIR192、MIR618、MIR492和MIR423）及GREM1基因的49个SNPs,采用Agena Mass ARRAY基因分型技术,对所筛选的SNPs位点进行基因分型,通过卡方检验、logistic回归分析在遗传模型和分层分析下这些位点与中国陕西汉族人群CRC发病风险及临床病理参数之间的关系。并进行单倍型分析及MDR分析寻找预测CRC风险的最佳模型。2.分析MIR17HG及miR-17-92a簇在CRC病例及对照组的组织及血液中的表达。从TCGA和GDC数据库下载肿瘤RNA-seq数据,分析MIR17HG的mRNA表达。在TCGA数据库中下载生存数据用于生存分析,下载miRNA-seq表达量数据用于分析不同疾病分期的差异。从SRA和GEO数据库中下载数据用于健康人和患者血清及不同临床分期患者血清中游离miR-17-92a簇的丰度比较。3.纳入未经过任何治疗的陕西汉族病例50例,健康对照50例,用RT-qPCR对其血清中miR-17-92a簇的microRNAs表达进行检测,用ROC曲线判断这些microRNAs在诊断结直肠癌病例中的作用。4.用hsa-miR-18a-5p mimics和hsa-miR-18a-5p inhibitor对结直肠癌HCT116和SW480进行处理,研究hsa-miR-18a-5p对结直肠癌细胞的作用。利用shortest path算法分析蛋白互作网络中各基因与表达差异基因之间的网络关系,筛选结直肠癌的候选关键靶基因并进行初步验证。结果:1.rs73376930与增加中国陕西汉族CRC发病风险相关;而rs7549905、rs7318578、rs633727和rs58658771与降低中国陕西汉族CRC发病风险相关。单倍型GA较CA（rs3024270和rs2075744）、单倍型CT较TA（rs4779584和rs58658771）、单倍型AA较AG（rs2293581和rs73376930）均与降低CRC风险相关。含5个SNPs位点的模型（rs9440302,rs353300,rs1582417,rs157928,rs3024270）为预测CRC最佳模型,其交叉检验一致性为9/10,平衡精确性为:0.719,可预测患CRC的风险OR为6.65（95%CI:4.96-8.91）。2.MIR17HG在CRC组织中高表达,在Ⅳ期病例及黑种人中最高。miR-17-92a簇在CRC组织及血清中高表达,hsa-miR-20a-5p表达量最高。3.在陕西汉族结直肠癌病例血清中hsa-miR-18a-5p和has-miR-92a-1相对表达量高于正常人群。hsa-miR-18a-5p表达量与临床分期相关。血清hsa-miR-18a-5p+CEA+AFP诊断早期结直肠癌的AUC=0.899（95%CI:0.836-0.962,P<0.001）,灵敏度=0.88,特异性=0.738,优于单一指标。4.hsa-miR-18a-5p能降低CRC细胞的增殖、克隆形成能力,增加细胞凋亡的发生。用最短距离算法评估hsa-miR-18a-5p可能的11个靶基因,hsa-miR-18a-5p可能通过靶向LIF起到抑制CRC发展的作用。结论:1.非编码RNA基因多态性与结直肠癌风险相关。含五个SNPs的模型可以预测CRC的发病风险。2.MIR17HG与结直肠癌发生密切相关。MIR17HG及其microRNAs在CRC组织中高表达,表达量与临床分期及种族相关。miR-17-92a簇在CRC血清中高表达。3.在陕西汉族CRC血清中hsa-miR-18a-5p、hsa-miR-92a-3p表达量增加,hsa-miR-18a-5p+CEA+AFP在诊断早期结直肠癌中具有优越性。4.hsa-miR-18a-5p的高表达能降低结直肠癌细胞的增殖、克隆形成能力,促进细胞凋亡的发生。
贺凡[7]（2020）在《基于高通量测序及网络药理学探讨参桃软肝方干预乙肝相关性肝癌的机制》文中研究说明研究背景肝癌是全球最常见的恶性肿瘤之一,因其恶性度高、预后差,目前对肝癌的诊治仍存在巨大挑战,随着分子免疫学研究的进展,对肝癌的治疗有了新的补充,但仍然存在应答率低、疗效欠佳的困境,中医药目前在肝癌的治疗中显示出一定的优势,在肿瘤治疗中的地位也越来越突出,但同时存在药物成分复杂、机制不明等问题。基于此,寻找敏感度高、特异性强的与肝癌的发病有密切联系的生物分子标记物的需求十分迫切。研究目的参桃软肝方（STR）是导师周岱翰教授的经验方,具有健脾养肝、软坚消症之效,临床运用数十载,取得了较好疗效,但因中药成分复杂,药效机制尚不明确,限制了其在临床的推广应用。本研究旨在通过网络药理学的方法对STR的成分及作用乙肝相关性肝癌（HBV-HCC）的靶点进行筛选,建立“药物-活性成分-关键靶点-通路”网络关系图,并通过体外细胞及动物实验,观察STR抑制肝癌细胞株及抑制裸鼠皮下移植瘤模型的疗效,进一步通过高通量测序技术综合分析筛选STR可能的作用靶点和机制,并进行生物信息学验证以确定STR治疗HBV-HCC的潜在靶点及可能的作用机制。研究方法1.通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）对STR中的组成药物进行检索从而获取其化学成分,根据口服生物利用度（Oral bioavailability,OB）≥30%和类药性（drug likeness,DL）≥0.18作为条件筛选候选化合物,同时结合STR质谱分析的结果得到中药的潜在化合物,将其所对应的靶点基因与GEO数据库筛选出来的HBV-HCC相关的靶点基因进行配对后,获得STR和HBV-HCC两者共同拥有的关键靶点,即为STR作用HBV-HCC的潜在靶点。利用R软件中“cluster Profiler”安装包对其进行GO功能和KEGG通路富集分析,并构建“中药-化学成分-关键靶点-通路”网络关系图。2.采用MTT法观察STR对人肝癌细胞株Hep G2.2.15、Hep G2、MHCC97-H增殖作用的影响,采用细胞划痕及Transwell实验观察STR对三株人肝癌细胞株的迁移能力的影响。3.建立人肝癌细胞株Hep G2.2.15裸鼠皮下成瘤模型,待瘤体积达100-200mm3时将其随机分为五组,即STR低、中、高剂量组,阴性对照组,阳性药对照组,分别进行灌胃,每天一次,连续给药25天,记录裸鼠状态、生长情况,测量瘤体积及裸鼠体重。最后一天给药结束,眼球取血,剥离瘤体,测量瘤重,进行统计学分析,取肝肾组织,HE染色观察肝肾形态学改变。4.取STR给药组和阴性对照组各3个肿瘤组织样本进行转录组学测序（RNA-seq）,通过文库构建、数据过滤及基因差异表达分析,筛选出差异表达基因（DEGs）,并以火山图、聚类热图形式表现,并进行GO功能注释和KEGG信号通路富集。取STR给药组和阴性对照组各3个肿瘤组织样本进行全基因组亚硫酸氢盐甲基化测序（WGBS）,通过文库构建、数据过滤及差异甲基化表达分析,筛选出差异甲基化区域及其对应基因,与转录组测序得到的DEGs重叠取交集。5.选取临床HBV-HCC病人8例癌组织与癌旁组织行WGBS,筛选差异甲基化区域（DMRs）相关基因,并将其与动物样本测序结果进行关联分析,寻找共同的差异甲基化基因,并进行GO与KEGG分析。6.通过Cytoscape软件将STRING构建的PPI网络进行可视化,并用拓扑分析进行核心基因筛选。将筛选出的核心基因通过c Bio Portal数据库中关联TCGA数据库对其进行突变谱分析,m RNA表达水平与甲基化状态的相关性分析;通过GEPIA数据库检验核心基因的m RNA表达水平及总生存期（OS）、无病生存期（DFS）的预后分析;通过人类蛋白质图谱（HPA）数据库验证核心基因的蛋白质表达水平的验证。研究结果1.通过TCMSP平台数据库检索西洋参、桃仁、大黄、丹参、当归、仙鹤草六种药物,以OB≥30%和DL≥0.18为条件进一步筛选,并通过质谱分析的结果,总共得到STR潜在化合物125个,删除重复靶点后得到437个蛋白靶点基因。通过GEO数据库筛选出HBV相关的HCC数据库GSE121248基因芯片数据,筛选出HBV-HCC的DEGs 888个。将STR药物预测的靶点与GEO数据库筛选出的DEGs进行配对,发现51个共同靶点基因,GO富集在971个条目中,KGEE通路富集分析显示靶点基因共富集了33条通路,其中与代谢相关的通路有酪氨酸代谢、细胞色素P450对外源性药物代谢的影响、视黄醇代谢通路;与炎症相关IL-17信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样信号通路、松弛素信号通路等;与细胞周期相关的通路有细胞衰老、细胞周期、凋亡、p53信号通路等;与激素调节有关的雌激素信号通路、卵巢类固醇生成等;与血管生成有关的通路有VEGF信号通路,另外,还有广泛参与细胞生物学行为的PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路等。2.细胞实验表明,STR能够抑制人肝癌细胞株Hep G2.2.15、Hep G2、MHCC97-H的增殖,并呈时间和剂量依赖性。划痕实验表明,STR能够抑制Hep G2.2.15、Hep G2、MHCC97-H细胞的迁移能力,统计学结果见显着性差异（Hep G2.2.15 12h及24h划痕P<0.05,Hep G2 24h划痕P<0.05,MHCC97-H 12h及24h划痕P<0.05）。Transwell实验表明,STR能够抑制Hep G2.2.15、Hep G2、MHCC97-H细胞株的迁移,统计学结果提示STR低、中、高剂量组与对照组比较有显着性差异（P<0.05）。3.动物实验表明,STR组的瘤体积和瘤重都较阴性对照组小,其中STR中、高剂量组与对照组比较,结果具有显着性差异（P<0.05）。说明STR能够抑制荷Hep G2.2.15肝癌裸鼠肿瘤的生长。4.荷瘤裸鼠肿瘤组织样本转录组测序得到有效差异表达的m RNA 221个,其中上调185个,下调36个。GO功能注释GO分析显示这些差异基因主要参与的生物学过程（biological process,BP）有蛋白质糖基化（protein glycosylation）、激素的分泌调节（regulation of hormone secretion）、不饱和脂肪酸代谢（unsaturated fatty acid metabolic process）,细胞基质粘附（cell-substrate adhesion）、先天免疫反应激活细胞表面受体信号通路（innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway）等463个过程;细胞组分（cell component,CC）结果分析显示与高尔基体腔（Golgi lumen）、含胶原细胞外基质（collagen-containing extracellular matrix）、肌节（sarcomere）、肌原纤维（myofibril）等55个条目;分子功能分析（molecularfunction,MF）结果表明,这些基因主要与细胞外基质结构成分（extracellular matrix structural constituent）、钙依赖性磷脂绑定（calcium-dependent phospholipid binding）、溶血磷脂酶的活动（lysophospholipase activity）等51个功能有关。此外,KEGG通路富集分析发现,这些差异表达基因与PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、TGF-β信号通路、谷胱甘肽代谢（Glutathione metabolism）等通路有关。5.对荷瘤裸鼠STR治疗组瘤组织和对照组瘤组织进行WGBS检测,共得到DMRs 80510个,DMRs长度共8056280,共筛选出8986个基因。其中启动子区域异常甲基化基因3760个,高甲基化基因1600个,低甲基化基因2160个。将其与转录组测序筛选的m RNA与WGBS筛选出的差异甲基化基因进行重叠取交集,得到甲基化水平与差异表达基因呈负相关关系的重叠基因151个,GO富集了499个条目,KEGG分析显示与12条通路密切相关。6.临床HBV-HCC首次术后标本WGBS分析与动物测序筛选的差异甲基化基因取交集,得到146个共同的差异甲基化基因,通过拓扑分析,最终筛选到了10个与肝癌密切相关的基因,即CD44、LGALS3、ACTA1、LCN2、MUC1、IGFBP3、HAMP、IRS2、PDK4、BDKRB2。结合现有研究及通过外部数据库验证发现,Hub基因中CD44、LGALS3、LCN2、MUC1、IRS2、BDKRB2具有致癌作用,IGFBP3、HAMP、PDK4为抑癌基因,ACTA1作为抑癌因子尚存争议。测序结果提示STR抑制了癌基因LCN2的表达及上调抑癌基因IGFBP3、HAMP、PDK4的表达。人与动物测序共同的到的差异甲基化基因富集分析显示GO富集了509个条目,KEGG富集了13条信号通路,包括与I肝II纤维化密切相关的ECM-受体互作通路,与炎症相关的IL-17信号通路、松弛素信号通路、TGF-β信号通路、补体凝血级联通路,与代谢相关的脂质调节、外源性物质细胞色素P450代谢、蛋白质的消化吸收等途径,以及广泛参与肿瘤生物学调控的PI3K-AKT信号通路、c AMP信号通路等。研究结论本研究通过高通量分子测序揭示了一系列STR作用下的异常甲基化修饰的差异表达基因及通路,为阐述肝癌的诊疗提供新的思路。我们在经STR处理荷瘤裸鼠肝癌组织与对照组肝癌组织中发现了部分癌基因与抑癌基因,其中CD44、LGALS3、LCN2、MUC1、IRS2、BDKRB2具有致癌作用被认为是有致癌活性的,IGFBP3、HAMP、PDK4被认为是抑癌基因,以上基因的表达水平与甲基化状态均呈负相关关系。STR可能通过抑制LCN2的表达及上调IGFBP3、HAMP、PDK4的表达而发挥抗肝癌作用,可能作为STR抗HBV-HCC的潜在靶点。与通过网络药理学方法筛选得到的靶点及通路进行对比,发现有PI3K-AKT信号通路、IL-17信号通路、松弛素信号通路、外源性物质细胞色素P450代谢等共同作用的通路,提示STR可能通过影响这些通路进而发挥抗肿瘤作用。
谭烨[8]（2020）在《高表达β-TrCP促进肝癌细胞增殖及迁移的分子机制研究》文中研究表明背景:肝细胞癌（HCC）是世界范围内最为普遍的恶性肿瘤之一,每年因肝癌导致的死亡人数约70万人。整个东亚地区因乙型病毒性（HBV）肝炎及丙型病毒性（HCV）肝炎的高患病率成为肝癌的高发地区,而我国的肝癌发病例数及死亡例数约占全球总数的50%以上。现在针对肝癌的检查手段有CT、肝脏肿瘤特异性磁共振（普美显）及超声造影等,治疗方法包括开腹或腹腔镜下肝部分切除、局部射频消融、介入栓塞、同种异体肝移植、靶向治疗及免疫治疗等,虽然检查及治疗的方法较从前均有明显的进步,但仍因部分患者早期症状隐匿或术后复发等因素造成肝癌患者的总体预后不理想。泛素化是一种蛋白质的翻译后修饰,通过酶促反应将泛素分子（ubiquitin）连接到底物蛋白上。被泛素分子标记的底物蛋白其后在蛋白酶体发生结构性降解。泛素化广泛参与到包括细胞周期、分裂、死亡等多种生理过程,而异常的泛素化水平可能促进肿瘤的发生、发展。E3泛素连接酶在泛素化中的功能是识别底物并促进底物与泛素分子之间的共价结合,其中最大的蛋白家族——Skp1/Cul1/F-box蛋白（SCF）E3连接酶是一种多亚基的RING型E3连接酶。在SCF E3连接酶中,F-box蛋白是具体执行底物识别的功能单元,不同的F-box蛋白因识别特异性底物而具有各异的功能。β-Tr CP是一种含有WD40模体的F-box蛋白,又称FBXW1,通过识别、促进不同底物的泛素化以调节诸如细胞周期、凋亡等生理过程。已有研究表明β-Tr CP在多种肿瘤中具有致癌功能,然而肝癌中相应的作用机制仍不明确,有待进一步阐明。NF-κB抑制因子α（IκBα）是IκB蛋白家族的成员,该蛋白家族的特征是C端有锚蛋白的重复序列。正常情况下,IκBα在细胞胞浆中与NF-κB二聚体结合从而阻止NF-κB穿梭入细胞核,使其停留在细胞胞质内。诸如脂多糖、肿瘤坏死因子（TNF）及生长因子等多种细胞外信号可以激活IκB激酶（IKK）复合物导致IκBα发生降解,NF-κB转变为游离状态转移进细胞核。因此,肿瘤中IκBα表达降低可能是肿瘤细胞中NF-κB活性异常升高的重要原因。虽然目前已有研究报道了IκBα对NF-κB的抑制作用,但其在肝癌中的表达状态、功能及相关分子机制仍有待进一步完善。Erbin是亮氨酸富集重复和PSD-95/Dlg/ZO-1（PDZ）结构域蛋白家族成员,可与Erb-b2受体酪氨酸激酶2（ERBB2）蛋白结合并调节其功能与分布。除了与ERBB2结合,Erbin还具有其他功能:通过抑制Akt活性或抑制Ras/Raf信号通路激活发挥抑癌作用,或通过激活雌激素受体（ER）、抑制STAT3信号通路发挥致癌作用。因其具有截然相反的功能,对于Erbin在肿瘤中所发挥的作用仍存在一定争议。已有研究报道TNFα及脂多糖等因子可升高Erbin的表达,HCC中也观察到的Erbin表达升高,但导致表达水平升高的上游分子机制还不明确。基于上述背景,本研究拟通过在HCC组织和HCC细胞水平进行实验,初步探究β-Tr CP、IκBα和Erbin在HCC与癌旁组织中表达量水平、在HCC细胞中发挥何种功能以及蛋白质之间可能存在的关联或机制。方法:1、利用免疫组织化学对西南医院肝胆外科标本库中2011年至2013年取得的HCC标本进行染色,对β-Tr CP、IκBα和Erbin蛋白表达量进行评估,并结合临床资料评价蛋白表达水平与患者生存时间等临床指标是否存在关联;2、选择Huh7及HCCLM3细胞进行细胞水平实验。分别利用过表达质粒及小干扰RNA实现蛋白质的过表达或敲低,并利用荧光实时定量PCR或Western blot等方法进行验证转染效果,构建相应细胞模型;3、利用免疫共沉淀、体内泛素化实验检测蛋白间相互作用;利用CCK-8、克隆形成、Transwell迁移实验及相应Rescue实验等方法探究β-Tr CP、IκBα和Erbin在HCC细胞中的功能。结果:1、免疫组织化学染色表明,相较对应癌旁组织,β-Tr CP在HCC组织中表达水平升高,Kaplan-Meier生存分析提示β-Tr CP高表达的HCC患者生存时间明显缩短（p=0.0253）。CCK-8实验及克隆形成实验结果表明,过表达β-Tr CP后HCC细胞增殖水平升高,干扰β-Tr CP后HCC细胞增殖减弱;Transwell迁移、侵袭实验及real-time PCR检测侵袭标志物实验结果表明,过表达β-Tr CP后HCC细胞迁移、侵袭能力增强,干扰β-Tr CP后HCC细胞迁移、侵袭能力减弱。2、Western blot实验检测β-Tr CP常见底物蛋白表达提示,干预β-Tr CP表达后,IκBα表达水平变化明显。进一步应用免疫共沉淀实验探究蛋白间相互作用,发现β-Tr CP可以与IκBα发生蛋白间相互结合;体内泛素化实验表明,β-Tr CP在细胞中可介导IκBα泛素化;经抑制蛋白酶体活性的MG132处理后,细胞中因过表达β-Tr CP而降低的IκBα的蛋白表达水平回升。在HCC细胞中过表达β-Tr CP的同时过表达IκBα或干扰NF-κB p65,CCK-8实验及Transwell迁移实验表明可有效逆转因β-Tr CP过表达增强的细胞增殖或迁移能力。免疫组化染色表明,IκBα在HCC组织中表达水平相较癌旁组织下降,Kaplan-Meier生存分析提示IκBα低表达的HCC患者生存时间明显缩短（p=0.0009）3、Western blot及real-time PCR实验结果表明NF-κB可在m RNA及蛋白质水平促进Erbin表达,在HCC细胞中过表达Erbin后,CCK-8及Transwell迁移实验显示HCC细胞增殖及迁移能力增强,敲低Erbin后细胞增殖及迁移能力减弱;Erbin干扰后可有效减弱因NF-κB过表达而增强的HCC细胞增殖及迁移能力。4、与对应癌旁组织相比,HCC组织中Erbin表达升高。Kaplan-Meier生存分析提示高表达Erbin的HCC患者生存时间明显缩短（p=0.0253）;通过临床相关性分析发现Erbin表达水平与肿瘤TNM分期（p=0.039）及复发（p=0.010）相关。在HCC组织层面,β-Tr CP与IκBα表达水平呈负相关（p<0.001）,与Erbin的表达水平呈正相关（p<0.001）;结论:β-Tr CP在HCC组织中高表达,且与HCC患者生存时间呈负相关。高表达的β-Tr CP通过抑制IκBα、上调NF-κB p65活性进而诱导Erbin高表达（β-Tr CP/IκBα/NF-κB/Erbin信号通路）促进HCC细胞增殖及迁移能力。
陈胤[9]（2020）在《TMUB1上调STAT1表达抑制肝癌细胞增殖的研究》文中提出背景肝细胞肝癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）是常见的恶性肿瘤,HCC的治疗方法多种多样,如手术切除、肝移植、放化疗、射频消融、分子靶向治疗等。然而,HCC的5年生存率仍低于12%。全球每年报告的HCC新增病例约为748,300例,死亡病例约为695,900例,其中一半在中国。我国是肝病大国,近年来,HCC的发病率及死亡率呈上升趋势。HCC的高发病率和高死亡率使其防治研究在世界范围内得到广泛开展。HCC的发生、发展机制仍不明确,寻找有效的治疗方法仍十分困难。因此,对肝癌发生、发展的分子机制的研究仍然是目前HCC研究的重点。TMUB1（Transmembrane and ubiquitin-like domain-containing protein 1）最早于2005年报道,其在肝切除后剩余肝细胞中表达明显升高。TMUB1基因位于大鼠的4号染色体4q11位置（人类位于7号染色体）,全长1381bp。TMUB1蛋白全长245个氨基酸,它包括一个位于氨基端的出核信号区（nuclear export signal,NES）,和1个包含类似泛素结构的区域（UBL;121-175aa）。TMUB1是一种跨膜蛋白,N端有一个跨膜结构域,C端有2两个跨膜结构域。在膜上,TMUB1作为泛素类蛋白参与内质网相关蛋白降解（Endoplasmic reticulum-associated protein degradation,ERAD）途径而发挥作用。作为细胞核-细胞质穿梭蛋白,TMUB1从膜上释放出来,在细胞核-细胞质中穿梭而发挥起生物学功能。早期的研究显示TMUB1能显着抑制正常肝细胞增殖。IL-6以及miRNA-27a/b可以调节TMUB1表达以及转录后修饰,TMUB1可以通过抑制STAT3磷酸化以及干扰CAML与cyclophilin B结合,从而抑制肝细胞增殖。同时,TMUB1可以作为重要的调节因子,参与p14Arf-p53途径,促进损伤DNA修复,抑制肿瘤的发生,研究发现TMUB1能保持p14Arf稳定性以及促进p14Arf向细胞核内转运。但是TMUB1在HCC的中作用尚不清楚。STAT3和STAT1都是JAK/STAT通路的重要成员,并且二者在分子结构、作用机制上有很多相似之处,并且在很多生物学功能上互相拮抗,其可能的作用机制包括:1)互相之间的表达抑制;2)磷酸化竞争,影响下游基因的表达;3)互相干扰功能性二聚体形成。既往研究发现TMUB1对STAT3功能有调节作,因此我们推断TMUB1可能通过调节STAT1功能进而对HCC生物学特性产生作用。方法1.经过我院伦理委员会批准,我们收集了2013年1月～2014年12月于我科行肝部分切除手术的肝细胞肝癌患者的石蜡标本以及病历资料,并通过查阅门诊病历、住院病历、电话随访等方式对术后病人进行随访至2019年1月,记录术后复发、死亡等信息。免疫组化检测HCC标本中TMUB1表达,并分析其与患者预后以及肿瘤病理特性的关系。2.免疫组化染色检测了肝癌组织标本中STAT1表达,统计分析其与TMUB1表达的相关性,以及TMUB1-STAT1共表达与HCC组织病理特性以及病人预后的关系。3.体外培养了Hep G2、Huh7、MHCC97h、LM3、SMMC-7721等肝癌细胞系以及正常肝细胞系LO2,Western-blot及qPCR检测不同细胞系中TMUB1的表达,然后选取了表达较高的Huh7细胞转染干扰质粒、表达较低的MHCC97h细胞转染过表达质粒,CCK-8检测细胞增殖能力,Transwell实验检测细胞侵袭、迁移能力。4.转染干扰、增强质粒改变TMUB1表达,western-blot及qPRC检测了STAT1以及CCND1的表达。Huh7细胞同时转染TMUB1干扰质粒及STAT1过表达质粒,MHCC97细胞同时转染TMUB1过表达质粒及STAT1干扰质粒,Western-blot检测TMUB1、STAT1、CCND1表达,EdU检测细胞增殖能力。5.采用生物信息学方法,通过各种在线分析软件、数据库筛选TMUB1、STAT1相关的miRNA网络,以miRNA为桥节点,筛选mRNA、lnc RNA,构建TMUB1、TMUB1+STAT1 ceRNA调控网络,预测TMUB1在HCC中的其他调控机制以及TMUB1对STAT1可能的具体调控机制。结果1.TMUB1表达与HCC恶性程度负相关（大小、分化、TNM分期、肿瘤多发比率）,预后正相关。TMUB1高表达组肿瘤大小（5.2±2.2）（cm）明显小于TMUB1低表达组（6.8±4.0）（cm）（P<0.001）;TMUB1高表达组肿瘤多发比率（9.1%,n=12）明显低于TMUB1低表达组（14.1%,n=19）（P=0.011）;TMUB1高表达组肿瘤细胞分化程度明显优于低表达组（P=0.021）;肿瘤TNM分期,TMUB1高表达组III期（1.5%,n=2）、IV期（0.8%,n=1）所占比率明显低于低表达组III期（6.8%,n=9）、IV期（2.3%,n=3）（P=0.004）;TMUB1高表达组与低表达组在血管侵犯、淋巴结转移、肝外转移上没有明显差异;TMUB1高表达组无瘤生存期（1009±183天）明显长于低表达组（705±102天）（P=0.014）。TMUB1高表达组总生存期（1180±150天）明显长于低表达组（828±102天）。2.STAT1表达和TMUB1表达正相关,P<0.0001,pearson r=0.47。TMUB1highSTAT1high组肿瘤大小（4.7±2.0（cm））明显小于其他三组,TMUB1lowSTAT1low组（7.8±4.4（cm））、TMUB1highSTAT1low组（6.7±3.0（cm））、TMUB1LowSTAT1high组（5.3±2.7（cm））。TMUB1lowSTAT1low组肿瘤多发的比率（8.3%,n=11）明显高于其他三组TMUB1highSTAT1high（5.3%,n=7）,TMUB1highSTAT1low（3.0%,n=4）、TMUB1lowSTAT1high组（6.1%,n=8）。并且TMUB1highSTAT1high组在细胞分化、TNM分期上也优于其他三组。TMUB1highSTAT1high组HCC病人的总生存期明显长于其他三组（P=0.004）,而无瘤生存期无明显差异。3.TMUB1能抑制HCC细胞增殖,但对HCC细胞迁移、侵袭无明显影响。Huh7细胞转染干扰质粒后细胞增殖能力明显增强,但侵袭转移潜力无明显变化。MHCC97h细胞转染过表达质粒后细胞增殖能力明显受抑制,但侵袭转移潜力无明显变化。4.TMUB1可以促进STAT1表达,抑制CCND1表达。Huh7细胞转染TMUB1干扰质粒,STAT1表达下调,而CCND1表达上调。MHCC97h细胞转染TMUB1过表达质粒,STAT1表达上调,而CCND1表达下调。5.干扰TMUB1表达对Huh7细胞增殖能力的促进作用被STAT1过表达质粒阻断。TMUB1过表达质粒对MHCC97h细胞增殖能力的抑制作用被STAT1干扰质粒阻断。6.通过生物信息学分析,TMUB1 mRNA在HCC组中表达较正常肝组织有所升高,但其蛋白表达较正常肝组织明显减少,说明TMUB1的抑癌功能在转录水平并未受影响,而是在转录后调控中被抑制,使其翻译沉默,蛋白表达减少。我们筛选出了miR-615-3p、miR-423-5p、miR-222-3p、miR-92a-3p、miR-25-3p等在HCC中表达上调的miRNA,并基于此构建了TMUB1 mRNA可能的ce RNA网络。结论1.TMUB1与HCC恶性程度（大小、分化、TNM分期、肿瘤多发比率）负相关,与患者预后正相关。2.TMUB1可以抑制HCC细胞增殖,但对转移无明显影响。3.TMUB1通过促进STAT1表达抑制HCC细胞增殖。4.TMUB1可能由于miRNA的转录后抑制,导致其抑制增殖的作用在HCC中被沉默。
李祖俐[10]（2020）在《高、低转移肝癌细胞系外显子测序及进化分析》文中提出目的:肝癌是全球第六常见的癌症,也是排名第四的癌症死亡原因。中国肝癌每年新发病例和死亡病例占全球50%以上,大多数肝癌初次诊断时已经伴随远处转移。由于肝癌异质性的存在,肝癌在化疗、靶向治疗、免疫治疗等治疗容易产生耐药,探究肝癌异质性显得格外重要。方法:对来自同一患者具有不同转移潜能的肝癌细胞系（MHCC97-L、MHCC97-H、HCC97LM3）进行了全外显子测序。在Oncotator中注释了测序数据,并找到非沉默类型突变基因。为了探究三株细胞进化关系,用Mega X软件构建了基于基因组单核苷酸多态性（SNP）的进化树。根据三株细胞突变位点和基因绘制维恩图并计算了异质性。在Excel中统计三株细胞的碱基改变情况、已知肝癌驱动基因和10个经典致癌信号通路上的基因突变情况。为了进一步探究三株细胞的不同,通过分析突变位点找到三株细胞的主干差异突变基因和各自特有的基因,利用STRING构建了蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络找到hub突变基因,在c Bio Portal数据库中查询hub基因的突变与肝癌总生存期（OS）的关系。由于基因突变会影响基因表达,在ULCAN数据库探究了关键基因在肝癌中的表达及其对肝癌病人预后影响。挑选感兴趣的突变基因,根据突变位点设计引物后用PCR进行验证。结果:三株细胞的突变基因维恩图显示,三株细胞共有4691个突变基因,MHCC97-L特有突变基因243个,MHCC97-H特有突变基因315个,HCC97LM3特有突变基因289个。三株细胞的平均异质性突变率（三株细胞非共有的突变数占的百分比）为16.55%（范围15.38%～18.17%）。基于SNP的进化树显示,MHCC97-H和HCC97LM3在进化关系更近。三株细胞株在7个肝癌驱动基因（ARID1A、CDKN1A、P53、KEAP1、APOB、XPO1、HIST1H1E）和10个经典致癌信号通路基因（如ALK、RET、EGFR、ROS1、KRAS、HRAS、APC等）中存在非沉默突变。在c Bio Portal数据库中,部分从主干差异突变和特有突变中筛选的hub基因突变（SDC1、ITGB4、ITGA4、BPTF、COL4A1、MYOD1、AR、EFTUD2）与肝癌患者更短生存期相关。在ULCAN数据库中,部分关键基因（CDC27、RELA、EIF4E、POXO3、EZH2、POLR2G、WDTC1、DLG、EPRS、EFTUD2）不仅在肝癌组织中高表达,还与肝癌病人更短生存期相关。在MHCC97-H和HCC97LM3细胞中发现了肝癌驱动基因KEAP1的一个新的纯合移码缺失突变（1334del C,p.P445fs）,这导致了KEAP1蛋白的c末端（Nrf2结合区）缺失。结论:WES数据表明,来自同一患者的肿瘤活检标本的HCC细胞系通过在小鼠体内的重复选择获得了不同的转移潜能,它们在基因组水平上具有遗传关系。肝癌驱动基因中和经典致癌通路上的突变基因,以及从主干突变和特有突变中筛选出来的hub基因,在肝癌的发生发展中可能发挥着重要的作用。
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 引言 |
| 2 肝癌研究现状 |
| 2.1 肝癌的发生机制 |
| 2.2 肝癌的治疗 |
| 2.3 肝癌动物模型研究进展 |
| 2.4 结语 |
| 3 复方苦参注射液应用与研究 |
| 3.1 复方苦参注射液化学成分研究 |
| 3.2 复方苦参注射液抗肿瘤药理作用 |
| 3.3 复方苦参注射液抗肿瘤作用机制 |
| 3.4 结语 |
| 4 网络药理学概述 |
| 4.1 网络药理学的理论基础 |
| 4.2 网络药理学研究方法 |
| 4.3 网络药理学在中药研究中的应用 |
| 4.4 结语 |
| 5 本课题的研究意义、研究思路、技术路线、研究内容及主要创新点 |
| 第二章 复方苦参注射液抗肝癌作用研究 |
| 第一节 复方苦参注射液对人肝癌SMMC-7721 细胞的作用 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 实验材料 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 细胞培养 |
| 1.3.2 细胞存活率测定 |
| 1.3.3 克隆形成实验 |
| 1.3.4 细胞粘附实验 |
| 1.3.5 伤口愈合细胞划痕实验 |
| 1.3.6 Transwell细胞侵袭实验 |
| 1.3.7 细胞趋化运动能力实验 |
| 1.3.8 数据处理 |
| 1.4 实验结果 |
| 1.4.1 复方苦参注射液对SMMC-7721 细胞活力的影响 |
| 1.4.2 复方苦参注射液对L02 细胞活力的影响 |
| 1.4.3 复方苦参注射液对SMMC-7721 细胞克隆形成能力的影响 |
| 1.4.4 复方苦参注射液对SMMC-7721 细胞粘附能力的影响 |
| 1.4.5 复方苦参注射液对SMMC-7721 细胞迁移能力的影响 |
| 1.4.6 复方苦参注射液对SMMC-7721 细胞侵袭能力的影响 |
| 1.4.7 复方苦参注射液对SMMC-7721 细胞趋化运动能力的影响 |
| 1.5 讨论与小结 |
| 1.5.1 小结 |
| 1.5.2 讨论 |
| 第二节 复方苦参注射液对二乙基亚硝胺诱发大鼠肝癌的药理作用研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 动物分组、造模及给药 |
| 2.3.2 样本收集 |
| 2.3.3 病理组织分析 |
| 2.3.4 血清生化测试 |
| 2.3.5 数据处理 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 二乙基亚硝胺诱发大鼠肝癌模型的动态变化研究 |
| 2.4.2 复方苦参注射液对二乙基亚硝胺诱发大鼠肝癌的作用研究 |
| 2.5 小结与讨论 |
| 2.5.1 小结 |
| 2.5.2 讨论 |
| 第三章 基于计算系统药理学模型的复方苦参注射液抗肝癌主要药效成分群研究 |
| 第一节 复方苦参注射液中主要化学成分UPLC-MS定性分析 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 材料和仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 实验结果 |
| 1.5 小结与讨论 |
| 1.5.1 小结 |
| 1.5.2 讨论 |
| 第二节 基于计算系统药理学模型的复方苦参注射液抗肝癌药效成分群研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 细胞核磁备样方法、检测条件 |
| 2.3.2 细胞液质代谢组学备样方法、液相质谱条件及数据处理 |
| 2.3.3 统计分析 |
| 2.3.4 复方苦参注射液调节肝癌代谢紊乱的代谢酶预测 |
| 2.3.5 复方苦参注射液靶点预测 |
| 2.3.6 复方苦参注射液成分-靶点-互作蛋白-疾病基因网络构建 |
| 2.3.7 传播模型计算 |
| 2.3.8 数据处理 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 复方苦参注射液抗肝癌表型数据的整合及分析 |
| 2.4.2 复方苦参注射液靶向基因型数据的获取与分析 |
| 2.4.3 基于基因型-表型数据传播模型的构建 |
| 2.4.4 复方苦参注射液抗肝癌药效成分群的预测 |
| 2.4.5 复方苦参注射液抗肝癌药效成分群验证 |
| 2.5 小结与讨论 |
| 2.5.1 小结 |
| 2.5.2 讨论 |
| 第四章 基于定量成分导向网络药理学的复方苦参注射液抗肝癌机制研究 |
| 第一节 定量成分导向网络药理学预测复方苦参注射液抗肝癌机制 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 材料和仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 活性成分筛选和验证 |
| 1.3.2 靶点收集 |
| 1.3.3 网络构建和分析 |
| 1.3.4 通路预测 |
| 1.4 实验结果 |
| 1.4.1 复方苦参注射液抗肝癌活性成分筛选和验证 |
| 1.4.2 复方苦参注射液抗肝癌网络分析 |
| 1.4.3 复方苦参注射液抗肝癌通路分析 |
| 1.5 讨论与小结 |
| 1.5.1 小结 |
| 1.5.2 讨论 |
| 第二节 基于Wnt/β-catenin信号通路的复方苦参注射液抗肝癌机制研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料和仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 Western Blot实验 |
| 2.3.2 免疫荧光测定 |
| 2.3.3 伤口愈合细胞划痕实验 |
| 2.3.4 Transwell细胞侵袭实验 |
| 2.3.5 统计分析 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 复方苦参注射液对网络药理学预测的关键蛋白表达的影响 |
| 2.4.2 复方苦参注射液对上皮间质转化过程蛋白表达的影响 |
| 2.4.3 复方苦参注射液对Wnt/β-catenin信号通路蛋白表达的影响 |
| 2.4.4 复方苦参注射液抑制LiCl诱导的SMMC-7721细胞Wnt/β-catenin通路激活 |
| 2.4.5 复方苦参注射液通过Wnt/β-catenin信号通路抑制LiCl诱导的SMMC-7721 细胞上皮间质转化、迁移和侵袭 |
| 2.5 小结与讨论 |
| 2.5.1 小结 |
| 2.5.2 讨论 |
| 第三节 基于代谢组学研究复方苦参注射液调节肝癌代谢紊乱的作用 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和仪器 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 肝脏核磁备样方法及检测条件 |
| 3.3.2 血清核磁备样方法及检测条件 |
| 3.3.3 数据处理 |
| 3.3.4 代谢物和代谢酶测试 |
| 3.3.5 统计分析 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 核磁图谱分析 |
| 3.4.2 寻找相关的生物标志物 |
| 3.4.3 复方苦参注射液对肝癌大鼠代谢轮廓的调节作用 |
| 3.4.4 柠檬酸和乳酸含量变化定量分析 |
| 3.4.5 复方苦参注射液对糖酵解中关键酶活性的作用 |
| 3.4.6 c-Myc介导复方苦参注射液对糖酵解的抑制作用 |
| 3.5 小结与讨论 |
| 3.5.1 小结 |
| 3.5.2 讨论 |
| 总结与展望 |
| 1 研究工作总结 |
| 2 不足和展望 |
| 参考文献 |
| 主要缩略词表 |
| 攻读学位期间取得成果 |
| 致谢 |
| 个人情况及联系方式 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一部分 正常生理状态下脂多糖对肝细胞干性的影响及机制研究 |
| 一、前言 |
| 二、方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、参考文献 |
| 第二部分 肝再生过程中脂多糖对肝细胞干性的影响及机制研究 |
| 一、前言 |
| 二、方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、参考文献 |
| 第三部分 肝再生在肝癌发生中的作用及机制研究 |
| 一、前言 |
| 二、方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 五、参考文献 |
| 综述一 肝再生过程中细胞生物学的研究进展 |
| 参考文献 |
| 综述二 Bcl3的分子生物学特征及其在炎症免疫、肿瘤中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表论文和参加科研工作情况说明 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一部分 文献综述 |
| 综述 肝癌的分子发病机制及中医药抑制肝癌的作用机制研究进展 |
| 1 肝癌的流行病学现状 |
| 2 肝癌的分子发病机制 |
| 3 中医药抗肝癌的作用机制 |
| 4 结语 |
| 参考文献 |
| 第二部分 实验研究 |
| 前言 |
| 实验一 清肝化瘀颗粒对PLC大鼠的治疗作用 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 实验二 清肝化瘀颗粒对PLC大鼠肝癌细胞凋亡的影响 |
| 前言 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 实验三 清肝化瘀颗粒主要成分对肝癌细胞增殖凋亡的影响 |
| 前言 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 DEN诱导大鼠肝癌模型的建立及mRNA芯片分析 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 研究内容与方法 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第二部分 piRNA/piwi与肝癌的关系研究 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 实验对象 |
| 1.2 研究内容与方法 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三部分 紫草素对肝癌细胞CBRH-7919 的影响 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 实验对象 |
| 1.2 研究内容与方法 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 piRNA/piwi 在癌症中的作用 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间获得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩写 |
| 引言 |
| 第一部分 基于TCGA数据库机器学习法研究miRNA作为肝癌诊断生物标志物的价值 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 MiRNA作为肝癌诊断生物学标志物的体外验证研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第三部分 基于转录组测序进行肝癌自噬相关的机制研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 结论 |
| 综述 MicroRNA与肝细胞癌的相关研究及进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 结直肠癌(CRC)简述 |
| 1.2 microRNAs与CRC关系 |
| 1.3 LncRNAs与CRC关系 |
| 1.4 结直肠癌的早筛 |
| 1.4.1 目前用于平均风险人群的CRC筛查主要包括以下方法 |
| 1.4.2 microRNAs可作为肿瘤的早期筛查指标 |
| 1.5 MIR17HG及其在结直肠癌中的作用 |
| 1.6 本课题的研究目标和意义 |
| 第二章 LncRNAs,miRNAs及GREM1基因多态性与中国陕西汉族结直肠癌风险的相关性研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 研究对象 |
| 2.2.2 主要仪器及试剂 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.2.4 统计分析方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 参与者的基本特征 |
| 2.3.2 HWE检验结果 |
| 2.3.3 等位基因分布及与CRC风险的关系 |
| 2.3.4 遗传模型下SNPs与CRC风险的关系 |
| 2.3.5 SNPs与CRC风险相关分层分析 |
| 2.3.6 SNPs与CRC临床特征相关性 |
| 2.3.7 单倍型与CRC风险的关系 |
| 2.3.8 多个SNPs交互作用的MDR分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 MIR137HG和MIR577多态性与CRC的关系 |
| 2.4.2 MIR143HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.3 MIR3142HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.4 LINC-PINT多态性与CRC的关系 |
| 2.4.5 MIR124-1HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.6 MIR608多态性与CRC的关系 |
| 2.4.7 H19和MIR675多态性与CRC的关系 |
| 2.4.8 MIR192、MIR618和MIR492多态性与CRC的关系 |
| 2.4.9 MIR17HG多态性与CRC的关系 |
| 2.4.10 GREM1 多态性与CRC的关系 |
| 2.4.11 MIR497HG、MIR423和MIR133A1HG多态性与CRC的关系 |
| 2.5 结论 |
| 第三章 MIR17HG及其编码的micro RNAs在结直肠癌中的表达及临床信息关联的生物信息学分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 研究对象 |
| 3.2.2 研究方法 |
| 3.2.3 统计方法 |
| 3.3 研究结果 |
| 3.3.1 MIR17HG的泛癌分析 |
| 3.3.2 MIR17HG在结直肠癌中的表达与临床预后分析 |
| 3.3.3 miR-17-92a簇在结直肠癌与癌旁正常组织中的表达及临床预后分析 |
| 3.3.4 miR-17-92a簇在结直肠癌病例与健康对照,病例不同分期中血清中的表达及预后分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 miR-17-92a簇在大多数肿瘤及CRC中高表达 |
| 3.4.2 miR-17-92a簇的microRNAs在大多数肿瘤及结直肠癌组织中高表达 |
| 3.4.3 miR-17-92a簇的microRNAs在CRC病例血清中高表达 |
| 3.5 结论 |
| 第四章 miR-17-92簇在结直肠癌病例与健康人群血清中的表达分析及诊断作用 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 研究对象 |
| 4.2.2 主要仪器和试剂 |
| 4.2.3 实验方法 |
| 4.2.4 统计学方法 |
| 4.3 研究结果 |
| 4.3.1 研究对象基本特征 |
| 4.3.2 病例组与对照组血清学指标 |
| 4.3.3 血清中microRNA的相对表达量 |
| 4.3.4 CEA、AFP、hsa-miR-18a-5p、hsa-miR-92a-1诊断结直肠癌的ROC曲线 |
| 4.3.5 CEA、AFP、hsa-miR-18a-5p联合诊断结直肠癌的ROC曲线 |
| 4.3.6 各指标与结直肠癌分期的相关性分析 |
| 4.3.7 hsa-miR-18a-5p、CEA对早期结直肠的诊断的ROC曲线 |
| 4.3.8 各指标区分早晚结直肠癌的ROC曲线 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 糖蛋白癌胚抗原和甲胎蛋白 |
| 4.4.2 miR-17-92a簇作为血清肿瘤诊断标志物的应用 |
| 4.4.3 hsa-miR-18a-5p作为血清肿瘤诊断标志物的应用 |
| 4.5 结论 |
| 第五章 hsa-miR-18a-5p对结直肠癌细胞生物学功能的影响及候选靶基因分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 研究方法 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 主要仪器及试剂 |
| 5.2.3 实验方法 |
| 5.2.4 统计方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 hsa-miR-18a-5p在结直肠癌细胞系中表达上调 |
| 5.3.2 结直肠癌细胞中hsa-miR-18a-5p干预效果 |
| 5.3.3 hsa-miR-18a-5p差异表达对结直肠癌细胞增殖的影响 |
| 5.3.4 hsa-miR-18a-5p差异表达对结直肠癌细胞克隆形成能力的影响 |
| 5.3.5 hsa-miR-18a-5p差异表达对结直肠癌细胞凋亡的影响 |
| 5.3.6 结直肠癌表达差异基因及功能注释 |
| 5.3.7 hsa-miR-18a-5p靶基因及其预后分析 |
| 5.3.8 关键靶基因分析 |
| 5.3.9 靶基因LIF与hsa-miR-18a-5p结合位点预测 |
| 5.3.10 Western Blot检测LIF与hsa-miR-18a-5p表达关系 |
| 5.3.11 LIF功能预测 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 hsa-miR-18a-5p促进肿瘤发生发展 |
| 5.4.2 hsa-miR-18a-5p抑制肿瘤发生发展 |
| 5.4.3 在不同发育阶段和不同组织学亚型的同一器官的癌症中已观察到hsa-miR-18a的相反作用 |
| 5.4.4 hsa-miR-18a-5p抑制结直肠癌的发生发展 |
| 5.5 结论 |
| 结语和展望 |
| 参考文献 |
| 附录1:基因与泛癌的相关性 |
| 附录2:HCT116细胞鉴定证明 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间的科研成果 |
| 个人简历 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一章 文献研究 |
| 1.1 肝癌的流行病学研究 |
| 1.2 肝癌的西医治疗现状 |
| 1.3 中医对肝癌的认识及诊疗进展 |
| 1.3.1 中医治疗肝癌的历史沿革 |
| 1.3.2 当代肿瘤学家对肝癌的认识 |
| 1.3.3 中西医结合治疗肝癌的研究进展 |
| 1.4 参桃软肝方治疗肝癌的研究进展 |
| 1.4.1 参桃软肝片的组方基础 |
| 1.4.2 参桃软肝方的研究现状 |
| 1.5 高通量测序的发展现状 |
| 1.5.1 高通量测序概述 |
| 1.5.2 转录组测序研究进展 |
| 1.5.3 基因功能富集分析 |
| 1.6 肝癌的表观遗传研究进展 |
| 1.6.1 表观遗传与甲基化 |
| 1.6.2 甲基化在肝癌中的研究现状 |
| 1.6.3 中医证候的DNA甲基化研究现状 |
| 1.7 网络药理学的发展概况 |
| 第二章 基于网络药理学的参桃软肝方干预乙肝相关性肝癌的机制研究 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 参桃软肝方冻干粉的制备及质谱分析 |
| 2.1.2 主要药物化学成分搜集及筛选 |
| 2.1.3 药物靶点搜集与整理 |
| 2.1.4 GEO数据库寻找乙肝相关性肝癌的靶点 |
| 2.1.5 参桃软肝方化学成分-作用靶点网络的构建及关键靶点的分析 |
| 2.1.6 基因本体功能(GO)及KEGG通路富集分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 STR质谱分析及STR在网络药理学平台筛选的化合物及其对应靶点筛选结果 |
| 2.2.2 GEO数据库中乙肝相关性肝癌靶点基因获取结果 |
| 2.2.3 STR抗 HBV-HCC靶点基因的获取和GO功能注释及KEGGG通路富集分析 |
| 2.2.4 “药物-活性成分-关键作用靶点-通路”网络构建及分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 参桃软肝方的体外疗效研究 |
| 3.1 细胞实验研究 |
| 3.1.1 STR抑制人肝癌细胞株 HepG2.2.15、HepG2、MHCC97-H 的增殖 |
| 3.1.2 STR 对人肝癌细胞株 HepG2.2.15、HepG2、MHCC97-H 迁移的影响 |
| 3.2 STR对 BALB/c裸鼠皮下成瘤模型的抑瘤作用及安全性研究 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.2.3 实验结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 基于高通量测序筛选STR治疗HBV-HCC的潜在靶点及机制 |
| 4.1 STR对 HepG2.2.15 荷瘤裸鼠疗效的转录组学研究 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 实验结果 |
| 4.2 对HepG2.2.15 荷瘤裸鼠肿瘤组织全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)分析 |
| 4.2.1 实验步骤 |
| 4.2.2 实验结果 |
| 4.3 转录组测序和WGBS关联分析 |
| 4.3.1 关联基因的筛选 |
| 4.3.2 关联基因的GO注释与KEGG通路富集分析 |
| 4.4 临床HBV-HCC肝癌术后标本WGBS及差异甲基化基因筛选 |
| 4.4.1 临床样本的搜集 |
| 4.4.2 肝癌及癌旁组织样本WGBS测序 |
| 4.4.3 检测结果 |
| 4.5 临床样本WGBS与动物测序结果关联分析 |
| 4.5.1 临床样本WGBS测序与动物样本测序的关联基因筛选 |
| 4.5.2 临床样本WGBS测序与动物样本测序的关联基因GO与 KEGG分析 |
| 4.5.3 Hub基因的外部数据库验证 |
| 4.6 讨论 |
| 4.7 小结 |
| 第五章 全文总结 |
| 第六章 不足和展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 在校期间发表论文情况 |
| 致谢 |
| 附件 |
| 缩略语表 |
| Abstract |
| 摘要 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 β-TrCP在肝癌中的临床病理学意义及对肝癌细胞增殖、迁移的影响 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 结论 |
| 第三章 β-TrCP通过泛素化降解IκBα上调NF-κB促进肝癌细胞增殖及迁移 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 NF-κB通过上调Erbin表达促进β-TrCP介导的肝癌细胞增殖及迁移 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 结论 |
| 第五章 临床研究β-TrCP与 Erbin在肝癌组织的表达水平及相关性 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.2 结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 结论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 文献综述 泛素化与肿瘤的相关研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 英文缩写一览表 |
| 英文摘要 |
| 中文摘要 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 TMUB1在肝细胞肝癌手术标本中的表达与临床病理特征以及病人预后的相关性研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 TMUB1与STAT1在HCC组织中表达相关性研究及TMUB1与STAT1共同表达与临床病理特征以及病人预后的相关性研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 TMUB1 通过调节STAT1 表达抑制HCC细胞增殖 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料及方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 TMUB1在HCC中的ce RNA网络预测 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 文献综述一 TMUB1研究进展 |
| 参考文献 |
| 文献综述二 STAT1在恶性肿瘤中研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间研究成果 |
| 致谢 |
| 英汉缩略语名词对照 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 细胞培养 |
| 1.2 DNA提取 |
| 1.3 DNA样本评估及全外显子测序 |
| 1.4 Oncotator注释突变体 |
| 1.5 三株细胞的进化树以及突变基因分布 |
| 1.6 功能富集分析 |
| 1.7 蛋白质网络互作分析 |
| 1.8 HUB基因突变与HCC病人预后关联分析 |
| 1.9 HCC中 HUB基因的表达与病人预后关联分析 |
| 1.10 三株细胞的差异蛋白质中的基因突变分析 |
| 1.11 突变基因KEAP1 分析及PCR验证 |
| 2 结果 |
| 2.1 根据WES分析三株细胞的突变情况 |
| 2.2 肿瘤驱动突变基因和致癌信号通路上的突变情况 |
| 2.3 三株细胞的共有突变基因分析 |
| 2.4 三株细胞的特有突变基因分析 |
| 2.5 HCC中 HUB基因的表达与病人预后关联分析 |
| 2.6 三株细胞差异蛋白质中的基因突变分析 |
| 2.7 突变KEAP1 基因分析和PCR验证 |
| 3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 文献综述 肝癌的主要驱动基因与肿瘤 |
| 综述参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 参与的课题项目 |
