李丹滢,朱怀军,葛卫红[1]（2020）在《我院药物基因组学践行患者精准用药的策略及若干思考》文中提出目的总结回顾药学部药物基因组学检测项目开展情况。方法从临床部署过程、项目开展概况和心得体会等方面进行阐述。结果药学部已开展14种药物相关基因检测,覆盖医院10余个临床科室。药物基因组学在促进精准用药方面发挥了积极作用。结论精准药学是发展精准医疗的第一落脚点,也是医院药学服务转型的机遇和挑战。
陆文超[2]（2019）在《靶向翻译后修饰关键蛋白先导化合物发现及作用机制研究》文中提出蛋白质等生物大分子是生命构成的重要物质基础,也是生命活动的主要承担者。在真核生物中,蛋白质功能受到蛋白质翻译后修饰的动态调控,如磷酸化、乙酰化、甲基化、糖基化、脂肪酰化及泛素化等。种类多样、动态可逆的、时空特异性分布的蛋白质翻译后修饰是生物大分子加工成熟的必要环节,也是生物功能网络建立及多细胞生命体复杂性和多样性形成的重要的分子基础,更是当今生命科学领域的一大重要前沿关键科学问题。研究表明,翻译后修饰关键蛋白表达及功能的异常与肿瘤、神经系统疾病、内分泌疾病、心血管疾病等诸多疾病的发生和发展密切相关。许多靶向性抑制剂,如蛋白激酶抑制剂,组蛋白去乙酰化酶抑制剂已经获批上市用于肿瘤等恶性疾病的治疗,从实践上证明了这一策略的可行性及正确性,成为了当今令人鼓舞的新生代力量。然而,靶向其他关键修饰如脂质化修饰相关蛋白的药物研发仍旧非常滞后,许多翻译后修饰相关“困难”靶标如组蛋白乙酰转移酶、组蛋白去甲基化酶及磷酸酯酶等依旧没有突破性进展。因此,亟需建立新平台开发新方法,为新靶点新机制的药物发现提供全新的思路。本论文的第一部分工作主要是靶向自棕榈酰化修饰酶TEADs共价抑制剂的发现与设计工作。在该部分工作,我们针对TEADs棕榈酰化口袋建立了基于结构的虚拟筛选平台及基于CuAAC生物正交反应的化学生物学确证平台。通过虚拟筛选及一系列生物物理、生化确证手段,我们发现了非共价抑制剂DC-TEADin01。在此基础上,我们利用分子对接指导的合理药物化学优化手段及反应弹头嫁接的“定点修饰”策略,获得了高活性、高选择性的TEADs棕榈酰化口袋共价抑制剂DC-TEADin02。该抑制剂是目前报道的TEAD抑制剂中活性最强(IC50=197±19 nM),选择性最好的抑制剂。在小鼠结肠癌移植瘤模型中,DC-TEADin02可在不影响小鼠正常体重的情况显着抑制瘤体生长,是目前唯一报道具有体内活性的TEAD抑制剂。该项工作从一个全新的角度证明了靶向细胞内蛋白脂肪酰化修饰信号通路的可行性及在癌症治疗领域重要价值。本论文的第二部分工作主要是靶向TEAD3选择性小分子抑制剂的发现与设计。在该部分工作中,我们首先通过骨架跃迁等药物设计策略,获得了具有全新化学骨架类型的泛TEAD抑制剂;然后,利用前期建立的完整的共价抑制剂确证平台,迅速完成了苗头化合物的确证工作。进一步我们通过晶体结构解析及分子对接指导的逐级药物化学优化改造,获得首个靶向TEAD3的小分子抑制剂,同时该抑制剂也是目前报道的唯一可在TEAD家族中实现选择性靶向的小分子抑制剂。在斑马鱼模型中,该抑制剂可显着抑制斑马鱼胚胎发育及幼鱼生长。该项工作首次证明了TEAD3在再生医学中的重要作用,同时也展示了理论模拟方法在先导化合物发现及优化中重要作用。本论文的第三部分工作主要是靶向组蛋白去甲基化酶LSD1的变构调控抑制剂发现。组蛋白去甲基化酶LSD1是非常重要的癌症治疗靶标,现有的抑制剂ORY-1001通过共价结合辅因子FAD,选择性较差,毒性较大,限制了进一步的临床研究。在本项工作中,我们通过简正模式分析及分子动力学模拟,对LSD1/CoREST进行蛋白质构象采样并捕捉到蛋白质全新别构位点。通过对该位点虚拟筛选,我们获得了首个靶向LSD1的别构调控剂,利用晶体结构解析等手段,我们验证了化合物的结合位点并阐明了化合物的作用分子机制。基于复合物的共晶结构,我们进一步通过药物化学手段,获得活性更强的LSD1小分子抑制剂。该项LSD1变构调控剂的药物发现工作对于蛋白质的动态调控研究及其药物发现研究具有重要借鉴意义。本论文的第四部分工作主要是靶向组蛋白乙酰化修饰识别因子BPTF及SMARCA2的先导化合物发现工作。BPTF及SMARCA2属于非BET类组蛋白乙酰化修饰识别因子家族,尽管BET类抑制剂取得了突破性进展,但是靶向非BET类先导化合物研究仍处于一片空白。在本项工作中,我们利用基于结构的虚拟筛选的药物设计技术及ALPHAScreen的化学生物学高通量筛选技术,发现了靶向BPTF及SMARCA2的先导化合物,通过NMR及SPR等实验技术测定了化合物与靶标的结合力,并进一步运用二维相似性搜索及分子对接技术揭示了化合物具体作用分子机制。该项工作为靶向非BET类先导化合物研究提供了具有全新骨架的先导化合物,为后续药物化学优化改造奠定了基础。综上所述,本论文在深入分析靶向翻译后修饰关键蛋白的药物研发现状基础上,以自棕榈酰化酶转录因子TEADs（“Writer”）,组蛋白去甲基化酶LSD1（“Eraser”）及组蛋白乙酰化识别因子SMARCA2及BPTF（“Reader”）三类靶点为切入点,以直接竞争,定点修饰和变构调控技术手段为抓手,结合药物设计学与化学生物学多学科交叉技术手段,开展理论模拟驱动的化学生物学研究工作,为动态修饰的化学干预研究提供了高效的小分子化学探针。
孙雪林,陈重建,施红,杨莉萍,胡欣[3]（2017）在《药物基因组学网络资源》文中研究说明药物基因组学是研究遗传变异或个体基因型对药物的反应或药物代谢差异的科学。相比传统的基因组学研究,药物基因组学的研究与临床实践联系更密切。药物基因组学可有效地帮助临床医生和卫生保健提供者为每一位患者提供正确的药物和适当的剂量,帮助避免药物不良反应,提高药物治疗。目前,药物基因组学的方法证明其在心血管药物、抗肿瘤药物等的应用中有效。快速发展的测序技术和全基因组关联研究已开发了大量数据资源,极大改善了药物基因组学研究现状和前景。本文介绍相关网站和数据库资源,包括网站/数据库名称、链接、主要内容和关联性评分,供相关人员学习参考,帮助更多研究人员和医务工作者学习和理解药物基因组知识。
傅翔,李向荣[4]（2017）在《药师在药物基因组学临床实践中的角色》文中指出药物基因组学的临床实践推动着精准医学的发展。笔者从一名药师的角度,分析药师在药物基因组学临床应用中的主导作用和具体职责,并从国外现阶段的应用实例中探讨药师所面临的挑战和相应对策,为药师今后开展相关服务和实践提供参考。
孙可欣,詹思延,胡永华[5]（2017）在《医学大数据在药物基因组学领域中的应用与发展》文中研究表明随着药物基因组学研究的不断发展,医学大数据在药物基因组学领域中的应用越来越多。本文从建立大型药物基因组学数据库、借助电子健康档案与基因分型数据库开展药物基因组学研究、创建可促进研究成果向临床转化的大型知识库三个方面,介绍了医学大数据在药物基因组学领域中的应用与发展方向。
任凌云[6]（2016）在《T细胞PPARγ在心脏移植慢性排反应中的作用及机制研究》文中研究指明背景：心脏移植是目前对终末期心脏疾病患者最为有效的治疗措施,尽管心脏移植术后患者的预后已经明显改善,移植术后的慢性排斥反应仍是导致治疗失败的主要因素之一。过氧化物酶体增殖物激活受体Y（PeroxisomeProliferator-ActivatedReceptorγ, PPARγ）是核受体家族成员,可以调节葡萄糖代谢和脂肪生成。近年发现PPARγ参与免疫调节过程。我们及其他研究人员已观察到PPARγ激动剂对于急慢性移植排斥具有保护效应。然而,慢性排斥反应过程复杂且PPARγ对许多免疫细胞具有广泛效应,故慢性排斥反应中PPARγ对免疫细胞的作用机制尚未明确。目的：本课题将通过建立小鼠异位心脏移植模型,研究T细胞中PPARγ缺乏对心脏移植术后慢性排斥反应的影响及作用机制。方法：一、体内动物实验1.动物模型的建立及分组以B6.C-H-2bm12KhEg（bml2, H-2bm12）小鼠为供体,C57BL/6（B6, H-2b）小鼠为受体建立了MHC-Ⅱ分子错配的小鼠异位心脏移植模型可自发产生慢性排斥反应。*同系组：野生型B6小鼠为供体,野生型B6小鼠为受体;*对照组：bm12小鼠为供体,野生型B6小鼠为受体：*实验组：bm12小鼠为供体,T细胞PPAR Y ko小鼠为受体。2. PPARγ缺乏对移植物存活的影响记录移植物存活时间并绘制生存曲线,石蜡切片及染色评价局部组织病变情况。3. PPARγ缺乏对移植物炎性细胞浸润的影响免疫组化、流式细胞技术检测移植物（术后7、14、40天）局部炎性细胞浸润情况。4. PPARγ缺乏对移植术后CD4+T细胞的影响定量PCR、流式细胞技术检测实验组及对照组移植物局部浸润的CD4+T细胞的细胞因子和转录因子表达情况。5. PPARγ缺乏对移植术后巨噬细胞的影响定量PCR、流式细胞术检测移植物（术后7、14、40天）局部浸润的巨噬细胞比例及分化情况。6. PPARγ缺乏对PPARγ激动剂吡格列酮保护效应的影响给予实验组、对照组PPARγ激动剂吡格列酮,记录移植物存活时间并绘制生存曲线定量PCR检测移植物局部浸润的巨噬细胞分化情况。二、体外细胞实验1. PPARγ缺乏对CD4+T细胞亚群分化的影响通过流式细胞术检测体外环境下PPARγ缺乏对天然CD4+T细胞向不同亚群（Th1、Th2、Th17,和Treg）分化能力的影响。2. PPAR Y缺乏调节性T细胞对巨噬细胞分化的影响定量PCR检测PPAR Y ko小鼠的Treg细胞体外环境下对巨噬细胞分化的影响。结果：一、PPAR Y缺乏显着加重慢性移植物排斥反应,降低移植物存活率,加剧移植物局部病变。二、PPAR Y缺乏对T细胞的影响：1.增加移植物中CD4+T细胞的局部浸润。2.促进移植物中CD4+T细胞分泌更高水平的Thl相关细胞因子IFN-γ和Th17相关IL-17;相反,Th2相关细胞因子IL-5,IL-10和IL-13细胞因子分泌减少。3.体外环境中促进天然CD4+T细胞向Th1亚群、Th17亚群分化。三、PPAR Y缺乏对巨噬细胞的影响：1.增加移植物中巨噬细胞的局部浸润。2.抑制移植物中替代性激活巨噬细胞（AAM）的分化。3.体外环境下PPlARγ缺乏Treg抑制单核细胞分化为AAM。四、PPARγ缺乏消除PPARγ激动剂吡格列酮保护效应,移植物存活率下降,AAM分化降低。结论：PPARγ缺乏T细胞可通过影响T细胞亚群和AAM分化,加重同种异体移植的慢性排斥反应,PPARγ的活化机制可为移植耐受的诱导提供无副作用的新途径。
高可润[7]（2016）在《mTOR信号通路基因多态性与精神分裂症易感性及药物效应的相关性探索研究》文中研究表明背景精神分裂症的病因不明,遗传因素是重要的病因之一,研究显示哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mammalian target of rapamycin,mTOR）信号通路在中枢神经系统发育和突触可塑性中起着重要作用,也在抗精神病药物作用过程中发挥作用,因此本研究用遗传学方法探索mTOR信号通路基因在精神分裂症的病因和治疗中的作用。目的本研究以mTOR通路中的VEGFA、PTEN、TSC1、TSC2为候选基因,探索这些基因上的标签SNPs是否单独或联合地影响精神分裂症的发生,同时,检测mTOR信号通路中的基因PTEN、TSC1、TSC2、AKT1、mTOR、P70S6K的mRNA表达水平,从基因多态、基因表达方面探讨mTOR信号通路基因与精神分裂症易感性的关系,探索基因多态性与抗精神病药物治疗效应的关系。方法1.在VEGFA、PTEN、TSC1、TSC2上挑选标签SNPs,采用Taqman探针法和SNaPshot技术对1034例精神分裂症患者和1339例健康对照进行基因分型,比较病例组和对照组间的等位基因、基因型、单体型的分布频率、基因-基因交互作用与精神分裂症患病风险之间的关系。2.用SYBR Green实时定量PCR检测53例精神分裂症患者和53例健康对照外周血中PTEN、TSC1、TSC2、AKT1、mTOR、P70S6K的mRNA表达水平。3.利用MassARRAY iPLEX Gold平台,在268例精神分裂症患者中对PTEN、TSC1、TSC2基因的标签SNP进行基因分型,分别使用阳性和阴性症状量表、辛普森-安格斯量表评估抗精神病药物治疗的有效性和锥体外系症状（extrapyramidal symptoms,EPS）,分析基因多态与药物治疗有效性及EPS发生风险的关系。结果1.关联分析（1）共选择20个标签SNPs,3个SNPs（rs10434,rs2299941,rs12569998）不符合Hardy-Weinberg平衡、2个SNPs（rs739441,rs1050700）分型成功率较低而排除,其余15个SNPs（rs699947,rs25648,rs833070,rs3024997,rs3025030,rs3025035,rs532678,rs17562384,rs17107001,rs3761840,rs2809244,rs2074969,rs2074968,rs2072314,rs8063461）纳入关联分析。（2）单位点分析:rs2074969（G>A）的A等位基因频率在病例组中低于对照组（13.1%vs.16.0%）、基因型分布频率在病例组和对照组之间存在差异,rs8063461（G>A）的A等位基因频率高于对照组（18.2%vs 15.4%）,基因型分布频率在病例组和对照组之间存在差异,但这些差异经Bonferroni校正后均未达显着性（P<0.05,校正P>0.05）。未发现其余SNPs的等位基因、基因型、单体型频率与精神分裂症患病风险存在相关性（P均大于0.05）。（3）基因-基因交互作用分析:三位点模型（rs8063461（TSC2）-rs2074969（TSC2）-rs532678（PTEN））为最佳模型,携带TSC2-PTEN高危基因型组合的个体发生精神分裂症的相对风险是携带有低危基因型组合个体的1.5246倍（OR=1.5246,95%CI=1.2846-1.8094）。2.基因表达研究（1）P70S6K的mRNA表达量在病例组中低于对照组,经Bonferroni校正后差异未达显着性（P=0.027,校正P=0.162）,其余基因的mRNA表达水平在精神分裂症患者和健康对照组间无显着性差异（P均大于0.05）。（2）携带rs2074969-A等位基因的精神分裂症患者外周血中TSC2的mRNA表达量显着低于GG基因型患者（P=0.004）。3.药物基因组学研究（1）总样本:未发现各SNP与治疗有效性、EPS发生风险有显着相关性（P均大于0.05）。病程对治疗有效性有显着性影响（B=-0.077,P=0.002）,与无效组相比,有效组病程较短（6.77±7.38年vs.11.43±10.63年）。药物剂量与抗精神病药物治疗后出现EPS相关（B=-0.329,P=0.023）,有EPS组的药物剂量（转换为利培酮）较低（4.03±1.38mg vs.4.55±1.53mg）。（2）亚组分析（利培酮/帕利哌酮样本）:未发现单个SNP与药物治疗有效性相关（P均大于0.05）。rs12569998（PTEN）-rs3761840（TSC1）两位点模型为最佳多位点模型,携带该模型相应基因型组合的患者治疗有效的可能性更大（P<0.0001,OR=3.9691,95%CI=1.9609-8.0339）。rs17107001（PTEN）的T携带者（GT+TT）在EPS组的频率显着低于无EPS组（P=0.041）。rs2074968（TSC2）-rs532678（PTEN）-rs3761840（TSC1）三位点模型为最佳模型,携带危险基因型组合的患者发生EPS的风险显着增高（P<0.0001,OR=6.0786,95%CI=2.3998-15.3969）。结论1.未发现mTOR信号通路基因VEGFA、PTEN、TSC1、TSC2的单个标签SNP与精神分裂症易感性存在显着相关性。TSC2-PTEN交互作用显着增加精神分裂症的患病风险。携带rs2074969-A等位基因的精神分裂症患者TSC2基因表达显着降低。2.PTEN-TSC1交互作用与抗精神病药物利培酮/帕利哌酮治疗的有效性相关,TSC1-PTEN-TSC2交互作用与利培酮/帕利哌酮治疗后出现EPS有关。
陶丽[8]（2016）在《基于遗传筛选的Xanthatin抗肿瘤靶标与机理研究》文中研究表明[背景和目的]倍半萜内酯类化合物因化学结构新颖、抗肿瘤活性显着、作用机制独特,一直备受研究者的关注,有些品种甚至已经推进入临床研究阶段。苍耳烷内酯作为菊科苍耳属植物苍耳 Xanthium sibiricum Patrin ex Widder.[X.strumarium L.]的特征成分,却未得到充分鉴定与开发。经构效关系分析,环外亚甲基内酯以及内酯环反式骈合的xanthatin（苍耳亭）,具有相对较强的抗肿瘤活性,可以作为抗肿瘤先导物来源。本论文旨在进一步评价xanthatin的抗肿瘤活性与作用机制,为xanthatin及其衍生物作为抗肿瘤先导物的开发及临床应用奠定理论基础。[研究方法]本论文采取靶标筛选到生物学验证的研究路线对xanthatin的生物活性与作用机理进行评价。首先在全基因组范围内,利用酵母基因组杂合以及纯和缺失作图（HIP-HOP）的化学遗传学技术鉴定出与xanthatin存在直接以及间接遗传学互作的生物靶标;进一步对候选基因群进行功能注释以及基因集富集分析,从而发现xanthatin影响的主要生物学过程。一方面,围绕酵母基因组中显着富集的生物学过程,在肿瘤模型内进行功能验证;另一方面,在xanthatin存在遗传学互作的靶标中寻找相同功能的人同源基因,从而进一步明确xanthatin抗肿瘤生物学靶标与分子机理。[研究结果]杂合缺失作图（HIP）的结果指出xanthatin是一类RNA聚合酶抑制剂,因而可以抑制DNA转录,这可能是xanthatin细胞毒作用的分子基础。基因集富集分析结果显示xanthatin还可以引起DNA复制压力以及细胞有丝分裂阻滞等与药物抗肿瘤活性直接关联的生物学过程,并在非小细胞肺癌的体外评价中得以证实。首先,我们通过核苷类似物EdU掺入、DNA损伤标记（磷酸化γH2AX）、微管蛋白标记（α-tubulin）以及DNA分布（PI染色）等实验,分别对细胞周期调控的三大检验点——DNA复制检验点、DNA损伤检验点以及纺锤体组装检验点进行考察,结果显示xanthatin抑制肿瘤DNA合成、诱导DNA损伤,但不影响纺锤体功能而诱导肿瘤细胞发生G2期阻滞。进一步通过对G2期阻滞上游检验点激酶相关信号转导级联研究,我们发现xanthatin可以去除蛋白磷酸酶Cdc25C的稳定性而达到周期阻滞的目的,而Cdc25C过表达可以解除药物对G2期的阻滞作用。因此,Cdc25C是xanthatin抗肿瘤作用的直接靶标。纯和缺失作图（HOP）的结果提示xanthatin与丝氨酸/苏氨酸家族激酶——糖原合成激酶-3（glycogen synthase kinase 3,GSK-3）发生遗传学互作。虽然激酶活性实验提示xanthatin不影响体外纯化的GSK-3活性,说明GSK-3不是xanthatin的直接靶标,但是GSK-3可以调节药物响应。GSK-3存在GSK-3α与GSK-3β两种亚型,在非小细胞肺癌模型中,我们观察到xanthatin以GSK-3β自身和底物磷酸化的方式稳定GSK-3下游底物β-catenin。药理学抑制总的GSK-3活性能够增强xanthatin的抗肿瘤作用,利用CRIPSR/cas9基因编辑技术抑制GSK-3β功能对xanthatin的抗肿瘤活性没有影响,说明了 GSK-3α与GSK-3β两种亚型在抵抗xanthatin抗肿瘤作用的功能冗余性。然而,在这两种亚型分别敲除的小鼠成纤维细胞模型中,丧失GSK-3β而不是GSK-3α却能够减轻xanthatin的细胞毒性,表达GSK-3β可以恢复xanthatin的细胞毒性,而进一步敲除β-catenin又增强了 xanthatin的细胞毒作用,说明GSK-3β以抑制β-catenin依赖的方式介导xanthatin的细胞毒性,又说明GSK-3α与GSK-3β两种亚型在维持xanthatin细胞毒作用的功能非冗余性。[结论和意义]Xanthain可以影响多种信号系统,对其发挥抗肿瘤作用有利也有弊。其发挥抗肿瘤活性相关分子途径在抑制RNA聚合酶干扰基因转录,并抑制DNA合成、抑制Cdc25C功能从而介导细胞于G2期生长停滞,但是xanthatin具有潜在通过GSK-3而稳定β-catenin的风险。Xanthatin与GSK-3的遗传学互作关系复杂,GSK-3是否通过β-catenin调节药物响应仍需更多的实验证据。如果xanthatin需要GSK-3β激酶的存在以维持xanthatin的细胞毒作用,xanthatin则可能有利于GSK-3β高表达的肿瘤（特定类型的非小细胞肺癌）的治疗。
杜建,唐小利[9]（2016）在《精准医学的内涵演化、重点领域与我国发展对策》文中研究指明精准医学已受到我国政府、科学界和企业界的高度重视。本文从政策分析和数据分析的角度,阐述精准医学的内涵演化与重点领域,提出我国发展对策。基因测序技术、靶向药物研发及其相关的监管政策与数据标准问题是英美精准医学的部署重点;美欧日含基因信息的上市药物发展迅速,我国基于药物基因组学的新药创制发展滞后;国际上药物基因组学生物标记物试验与患者结局的关联性证据研究仍需加强。建议根据我国的疾病谱特征加强分子标记物基础研究、加强药物遗传学及基因组学标记物临床转化研究、加强基因分子诊断技术研发与临床检测能力建设、加强精准医学专门人才培养和加强监管与政策研究,作为我国发展精准医学的战略重点。
赵世刚[10]（2015）在《多囊卵巢综合征易感基因相关研究》文中指出第一章GWAS新易感区域在多囊卵巢综合征家系中的研究背景:多囊卵巢综合征（Polycystic Ovary Syndrome,PCOS）是一种存在高度遗传异质性的复杂性疾病。继第一期GWAS研究后,第二期GWAS研究发现了8个新易感区域。为了排除人群分层偏倚等因素的干扰,本研究对8个易感区域进行基于家系的关联性分析,以进一步验证前期GWAS发现的易感位点与该疾病的关联性。方法:共纳入321组核心家系（由先证者与其生物学父母组成,共计963例）为研究对象。应用Sequenom Mass Array对8个易感区域内最显着关联的10个SNPs进行基因型分析。然后对各SNP位点进行基于家系的传递不平衡检验（Transmission disequilibrium test,TDT）等。结果:经TDT分析,rs2349415位点的C等位基因（FSHR;TDTχ2=14.76,P=0.0001）,rs3802457位点的C等位基因（C9orf3;TDTχ2=14.42,P=0.0001）以及rs2272046位点的T等位基因（HMGA2;TDTχ2=4.457,P=0.035）,均存在显着的传递不平衡。rs4784165位点的T等位基因（TOX3;TDTχ2=3.846,P=0.050）表现出一定程度的传递不平衡。其他6个SNP位点虽然未到达统计学差异,但均存在过度传递现象。经多重检验校正后,rs2349415（FSHR;P=0.0036）和rs3802457（C9orf3;P=0.0046）依然存在显着的统计学差异。结论:rs2349415和rs3802457位点在PCOS家系发生明显的传递不平衡,该位点所对应的区域2p16.3和9q22.32确为PCOS的易感区域,其对应基因如FSHR和C9orf3在该疾病中的作用机制有待深入研究。第二章Micro RNA 601在多囊卵巢综合征发病中的作用机制研究背景:多囊卵巢综合征（Polycystic Ovary Syndrome,PCOS）以稀发/无排卵、高雄激素和胰岛素抵抗为主要特征,在中国的发病率为5.6%,。鉴于该疾病的高度遗传异质性,本课题组先前利用GWAS技术报道了PCOS的11个易感区域,其中9q33.3区域是在不同人群中得到最广泛验证的,该区域所对应的候选基因为DENND1A,而在DENND1A近3’端的内含子区有一个micro RNA,名为MIR601（mi R-601）。目前为止,关于GWAS易感区域内非编码序列的研究非常少。因此本研究拟探讨mi R-601在PCOS患者中的表达特征及其在PCOS发病中的作用及其机制。方法:用q RT-PCR方法检测mi R-601在PCOS患者外周血及颗粒细胞中表达变化,并与临床指标进行关联分析。然后利用卵巢膜间质细胞和颗粒细胞体外单独培养的系统,研究mi R-601对甾体激素合成的影响,并结合生物信息学预测,用免疫共沉淀等技术,寻找mi R-601的靶基因,利用荧光素酶双报告基因系统进行验证。对验证的靶基因,通过体外细胞转染、激动剂/抑制剂等处理,用RT-PCR、Western blot等验证其靶基因的变化在介导激素合成中的作用。结果:mi R-601在PCOS患者血和颗粒细胞中表达均明显上调（P<0.01）,且其表达分别与LH、T、E2以及AMH相关。体外实验证实SIRT1为mi R-601调控的靶基因,且SIRT1在PCOS患者外周血表达下降。mi R-601异常可通过其靶基因来调节激素合成相关基因的表达,使得卵巢膜间质细胞雄激素合成显着增加,对颗粒细胞雌激素影响不显着。SIRT1激动剂白藜芦醇可以使卵巢膜间质细胞雄激素合成减少,可拮抗mi RNA的作用。结论:源于PCOS GWAS易感区域的非编码序列mi R-601通过其靶基因如SIRT1促进雄激素合成,进而介导PCOS患者的高雄激素的发生。PCOS GWAS易感区域内的非编码序列在疾病中也发挥关键作用。第三章USP34基因与多囊卵巢综合征的相关性研究背景:多囊卵巢综合征（Polycystic Ovary Syndrome,PCOS）是一种多因性疾病,遗传因素参与该疾病的发生。前期全基因组关联研究发现许多与疾病关联的位点,在基因USP34区域有一系列SNP因其P值接近但未达到GWAS严格的统计学要求而未被报道。本研究将选取该区域的SNP位点在独立于GWAS的样本中进行扩大验证。方法:纳入1218例PCOS患者和1057例对照,选取USP34基因区的2个SNP（rs17008097和rs17008940）,用Taq Man-MGB探针法进行基因分型分析。结果:即使校正年龄和BMI,rs17008097和rs17008940的等位基因频率和基因型频率在病例和对照组之间没有显着的统计学差异。在PCOS患者中,按基因型分类分析临床和代谢指标（LH、T、HOMA-IR）,未发现明显差异。但在PCOS组rs17008940与BMI有一定的关联,校正年龄后,这种关联也有统计学差异（TC vs CC P=0.006,OR=1.042,95%CI 1.012-1.073;TT vs CC P=0.037,OR=1.050,95%CI 1.003-1.100）。结论:USP34基因区的两个SNP位点（rs17008097和rs17008940）与中国汉族PCOS患者未发现显着性关联。
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
| 1 药物基因组学检测项目在我院的临床部署 |
| 1.1 成立药物基因组学专业工作组 |
| 1.2 实施预先执行策略 |
| 1.3 建设标准化实验场所及全面质控体系 |
| 1.4 增进临床学术交流,以检测带动基础研究 |
| 1.5 建立检测项目立项评价体系、定期对已开展项目进行回顾性评价 |
| 2 我院药学部开展PGx检测现状 |
| 2.1 已开展检测项目及年检测量 |
| 2.2 检测项目临床实例 |
| 3 我院PGx项目开展过程中的几点思考 |
| 3.1 需要联合多组学技术 |
| 3.2 真正融入临床药学服务中 |
| 4 小结与展望 |
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 生物大分子动态修饰概述 |
| 1.2 靶向疾病相关修饰酶抑制剂在疾病治疗中的应用 |
| 1.2.1 靶向磷酸化修饰相关蛋白的药物发现 |
| 1.2.2 靶向甲基化修饰相关蛋白的药物发现 |
| 1.2.3 靶向乙酰化修饰相关蛋白的药物发现 |
| 1.2.4 靶向脂肪酰化修饰相关蛋白的药物发现 |
| 1.2.5 靶向泛素化修饰相关蛋白的药物发现 |
| 1.3 本章小结与论文总体安排 |
| 第2章 靶向TEADs棕榈酰化位点共价小分子抑制剂发现 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.1.1 Hippo信号通路 |
| 2.1.2 TEAD-YAP 与疾病 |
| 2.1.3 TEAD棕榈酰化 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 TEAD4蛋白可靶性预测 |
| 2.2.2 基于结构的虚拟筛选及共价对接 |
| 2.2.3 TEAD4蛋白表达及纯化 |
| 2.2.4 基于“点击化学”原理的棕榈酰化体外酶活实验 |
| 2.2.5 蛋白热迁移实验 |
| 2.2.6 表面等离子体共振实验 |
| 2.2.7 一维核磁共振实验 |
| 2.2.8 质谱 |
| 2.2.9 化学合成 |
| 2.2.10 选择性评估 |
| 2.2.11 数据库分析 |
| 2.2.12 细胞系 |
| 2.2.13 细胞活力测定 |
| 2.2.14 报告基因实验 |
| 2.2.15 细胞凋亡实验 |
| 2.2.16 定量实时荧光PCR实验 |
| 2.2.17 细胞内蛋白热迁移实验 |
| 2.2.18 小鼠结肠癌移植瘤实验 |
| 2.2.19 统计学分析 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 基于结构的虚拟筛选 |
| 2.3.2 苗头化合物确证 |
| 2.3.3 药物化学优化 |
| 2.3.4 构效关系研究 |
| 2.3.5 共价化合物的化学生物学表征 |
| 2.3.6 共价化合物的体外选择性表征 |
| 2.3.7 细胞活性评估 |
| 2.3.8 动物移植瘤模型药效学评估 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 靶向TEAD3选择性小分子抑制剂的发现与设计 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.1.1 TEADs家族蛋白成员功能 |
| 3.1.2 TEADs与疾病 |
| 3.1.3 骨架跃迁药物设计方法及其在药物发现中应用 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 骨架跃迁 |
| 3.2.2 TEADs家族蛋白纯化 |
| 3.2.3 基于“点击化学”原理的棕榈酰化体外酶活实验 |
| 3.2.4 蛋白热迁移实验 |
| 3.2.5 差示扫描量热实验 |
| 3.2.6 质谱 |
| 3.2.7 晶体培养与生长 |
| 3.2.8 晶体数据及解析 |
| 3.2.9 共价对接 |
| 3.2.10 化学合成 |
| 3.2.11 荧光偏振实验 |
| 3.2.12 Pull down 实验 |
| 3.2.13 选择性评估 |
| 3.2.14 转录实验 |
| 3.2.15 斑马鱼相关实验 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 骨架跃迁及初步的生物活性评估 |
| 3.3.2 TEADs晶体结构解析 |
| 3.3.3 TEADs棕榈酰化口袋保守性分析 |
| 3.3.4 化学生物学初步确证 |
| 3.3.5 药物化学改造 |
| 3.3.6 激酶酶谱及表观遗传谱选择性评估 |
| 3.3.7 转录活性评估及 TEAD-YAP 互作分析 |
| 3.3.8 斑马鱼发育实验 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 靶向组蛋白去甲基化酶LSD1的变构调控抑制剂发现 |
| 4.1 引言 |
| 4.1.1 组蛋白去甲基化酶家族 |
| 4.1.2 LSD1/KDM1A |
| 4.1.3 LSD1/KDM1A 与疾病 |
| 4.1.4 LSD1已有抑制剂研发进展 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 动力学模拟体系构建 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 |
| 4.2.3 虚拟筛选 |
| 4.2.4 LSD1/CoREST 表达质粒构建 |
| 4.2.5 LSD1/CoREST 蛋白的表达和纯化 |
| 4.2.6 ALPHAScreen 确证平台的建立及化合物活性测试 |
| 4.2.7 一维核磁共振实验 |
| 4.2.8 LSD1/CoREST 复合物晶体培养及生长 |
| 4.2.9 药物化学合成优化 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 理论模拟驱动的变构调控位点的发现 |
| 4.3.2 基于变构调控位点的虚拟筛选 |
| 4.3.3 LSD1/CoREST 的蛋白表达及纯化 |
| 4.3.4 基于 ALPHAScreen 的酶活评价平台建立及优化 |
| 4.3.5 苗头化合物的化学生物学确证 |
| 4.3.6 LSD1/CoREST 晶体培养,生长及优化 |
| 4.3.7 苗头化合物与 LSD1/CoREST-FAD-组蛋白五元复合物晶体结构解析 |
| 4.3.8 基于复合物共晶结构的药物化学优化 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 靶向乙酰化修饰识别因子家族的先导化合物发现 |
| 5.1 引言 |
| 5.1.1 组蛋白乙酰化修饰识别因子 |
| 5.1.2 非BET类溴结构域家族 |
| 5.2 研究方法 |
| 5.2.1 基于结构的虚拟筛选 |
| 5.2.2 蛋白表达纯化 |
| 5.2.3 基于 ALPHAScreen 的酶活评价平台建立及优化 |
| 5.2.4 基于 TR-FRET 的酶活评价平台建立及优化 |
| 5.2.5 表面等离子体共振实验 |
| 5.2.6 一维核磁共振实验 |
| 5.2.7 二维相似性搜索 |
| 5.2.8 分子对接实验 |
| 5.2.9 晶体培养及生长 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 SMARCA2 及 BPTF 蛋白纯化 |
| 5.3.2 靶向 SMARCA2 与 BPTF 先导化合物发现 |
| 5.3.3 苗头化合物结合实验确证 |
| 5.3.4 二维相似性搜索及活性测定 |
| 5.3.5 分子对接实验 |
| 5.4 本章小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
| 附件 |
| 1 药物基因组学———精准医学的重要组成 |
| 2 药师在药物基因组学临床实践中的角色定位及能力要求 |
| 3 药物基因组学临床实践中药师应承担的具体职责 |
| 4 药师主导药物基因组临床应用实例 |
| 5 药物基因组学临床实践面临的困难 |
| 5.1 专业知识待拓展 |
| 5.2 各类资源待整合 |
| 5.3 循证建议待规范 |
| 5.4 道德和法律风险待消除 |
| 6 结语 |
| 1 药物基因组学研究大型数据库的建立 |
| 2 药物基因组学大数据库与电子健康档案的结合 |
| 3 创立新型知识数据库以推动精准医学发展 |
| 主要中英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 心脏移植术后慢性排斥反应模型的建立 |
| 引言 |
| 试验材料 |
| 实验方法 |
| 实验结果 |
| 小结 |
| 讨论 |
| 第二部分 T细胞PPARγ对心脏移植术后慢性排斥反应的影响 |
| 引言 |
| 实验材料 |
| 实验方法 |
| 实验结果 |
| 小结 |
| 讨论 |
| 第三部分 PPARγ对T细胞及巨噬细胞亚群分化的影响 |
| 引言 |
| 实验材料 |
| 实验方法 |
| 实验结果 |
| 小结 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 PPARγ相关心脏移植排斥反应免疫机制的研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录 攻读学位期间科研情况 |
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略词表 |
| 一、绪论 |
| 1.概述 |
| 2.mTOR信号通路简介 |
| 3.mTOR信号通路基因在精神分裂症中的相关研究 |
| 3.1 基因-基因交互作用 |
| 3.2 单个基因 |
| 3.2.1 AKT |
| 3.2.2 VEGFA |
| 3.2.3 PTEN |
| 3.2.4 TSC1/TSC2 |
| 3.2.5 P70S6K |
| 3.2.6 其他基因 |
| 3.3 mTOR信号通路在精神分裂症相关动物模型中的研究 |
| 4.小结与研究假设 |
| 二、研究对象与方法 |
| 1.mTOR信号通路基因多态性、基因表达与精神分裂症易感性的研究 |
| 1.1 mTOR信号通路基因多态性与精神分裂症易感性的关联研究 |
| 1.1.1 研究对象 |
| 1.1.2 实验仪器及试剂 |
| 1.1.3 实验方法 |
| 1.1.4 统计分析 |
| 1.2 mTOR信号通路基因表达研究 |
| 1.2.1 研究对象 |
| 1.2.2 实验仪器及试剂 |
| 1.2.3 实验方法 |
| 1.2.4 统计分析 |
| 2.mTOR信号通路基因多态性与抗精神病药物疗效和不良反应的研究 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 评估工具 |
| 2.3 基因分型 |
| 2.4 统计方法 |
| 三、结果 |
| 1.mTOR信号通路基因多态性、基因表达与精神分裂症易感性的研究 |
| 1.1 mTOR信号通路基因多态性与精神分裂症易感性的研究 |
| 1.1.1 一般人口学资料 |
| 1.1.2 H-W平衡检验 |
| 1.1.3 单个位点的关联分析 |
| 1.1.4 单体型分析 |
| 1.1.5 基因-基因交互作用分析 |
| 1.2 mTOR信号通路基因表达研究 |
| 1.2.1 一般人口学资料 |
| 1.2.2 精神分裂症患者和健康对照的m RNA表达量比较 |
| 1.2.3 rs2074969(TSC2)不同基因型携带者的m RNA表达量比较 |
| 2.mTOR信号通路基因多态性与抗精神病药物疗效和不良反应的研究 |
| 2.1 样本基本信息 |
| 2.2 基因多态性与抗精神病药物治疗有效性的分析 |
| 2.3 基因多态性与抗精神病药物治疗不良反应EPS的分析 |
| 2.4 利培酮/帕利哌酮治疗精神分裂症的有效性和EPS与基因多态性的关系 |
| 2.4.1 利培酮/帕利哌酮治疗精神分裂症的有效性与基因多态性的关系 |
| 2.4.2 利培酮/帕利哌酮治疗精神分裂症出现EPS与基因多态性的关系 |
| 四、讨论 |
| 五、结论 |
| 六、创新性与局限性 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间论文发表情况 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 第二章 Xanthatin的遗传互作靶标靶标筛选 |
| 2.1 介绍 |
| 2.2 基于文本挖掘的SLs网络药理研究和xanthatin靶标发现 |
| 2.2.1 材料与方法 |
| 2.2.1.1 SLs药理调控网络的建立 |
| 2.2.1.2 xanthatin靶标的生物学验证 |
| 2.2.2 结果 |
| 2.2.2.1 SLs生物调控网络的文献挖掘 |
| 2.2.2.2 部分生物学靶标的实验验证 |
| 2.3 基于正向化学遗传学筛选策略的xanthatin靶标发现 |
| 2.3.1 材料与方法 |
| 2.3.1.1 野生型酵母初筛以及YKO筛选 |
| 2.3.1.2 基因集富集分析 |
| 2.3.2 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 Xanthatin引起肿瘤细胞G_2期阻滞的机理研究 |
| 3.1 介绍 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 细胞株及其培养 |
| 3.2.2 MTS法检测细胞增殖 |
| 3.2.3 EdU掺入检测DNA复制联合PI染色检测细胞周期分布 |
| 3.2.4 γH2AX免疫荧光染色与Imagestream成像 |
| 3.2.5 蛋白免疫印迹分析细胞周期检验点相关信号蛋白 |
| 3.2.6 α-tubulin免疫荧光染色检测细胞微管结构 |
| 3.2.7 Flag标签人Cdc25C全长基因表达载体的构建 |
| 3.2.8 Cdc25C细胞内泛素化降解检测 |
| 3.2.9 数据统计与处理 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 Xanthatin抑制NSCLCs生长,抑制DNA合成以及诱导G_2/M周期阻滞 |
| 3.3.2 Xanthatin诱导复制以及分裂期DNA损伤 |
| 3.3.3 xanthatin对纺锤体组装没有显着影响 |
| 3.3.4 Xanthatin激活DDR并诱导细胞G_2阻滞 |
| 3.3.5 Xanthatin通过蛋白酶体与溶酶体途径下调Cdc25c蛋白稳定性 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 GSK-3/β-catenin调节xanthatin的细胞响应 |
| 4.1 介绍 |
| 4.2 Xanthatin对GSK-3及Wnt/β-catenin活性的影响 |
| 4.2.1 材料与方法 |
| 4.2.1.1 GSK-3体外激酶实验 |
| 4.2.1.2 蛋白免疫印迹分析 |
| 4.2.1.3 裸鼠移植瘤实验 |
| 4.2.1.4 组织芯片 |
| 4.2.1.5 数据统计与处理 |
| 4.2.2 实验结果 |
| 4.2.2.1 Xanthatin对亲和纯化的GSK-3激酶活性没有影响 |
| 4.2.2.2 Xanthatin引起GSK-3β抑制性磷酸化位点磷酸化 |
| 4.2.2.3 Xanthatin短暂激活GSK-3下游Wnt/β-catenin信号通路 |
| 4.2.2.4 Xanthatin稳定β-catenin依赖于GSK-3对其磷酸化 |
| 4.2.2.5 Xanthatin稳定β-catenin由上游ERK活化介导 |
| 4.2.2.6 Xanthatin体内给药对β-catenin无影响 |
| 4.3 抑制GSK-3功能对xanthatin活性的影响 |
| 4.3.1 材料与方法 |
| 4.3.1.1 细胞株及其培养 |
| 4.3.1.2 流式细胞仪检测细胞周期和细胞凋亡 |
| 4.3.1.3 荧光定量PCR |
| 4.3.1.4 胚胎小鼠成纤维细胞的原代培养 |
| 4.3.1.5 原代MEFs细胞的腺病毒感染 |
| 4.3.1.6 GSK3B基因敲除A549细胞的建立 |
| 4.3.1.7 数据统计与处理 |
| 4.3.2 结果 |
| 4.3.2.1 抑制肿瘤GSK-3活性增强xanthatin的细胞毒性 |
| 4.3.2.2 敲除肿瘤中GSK-3β不影响xanthatin的细胞毒性 |
| 4.3.2.3 敲除MEFs中GSK-3β逆转了xanthatin的细胞毒性 |
| 4.3.2.4 敲除β-catenin增强xanthatin的细胞毒性 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 总结与展望 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间取得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
| 1 概念演化 |
| 1.1 精准医学的概念源于个体化医学 |
| 1.2 精准医学是转化医学的具体举措,是循证医学的补充 |
| 2 研究领域 |
| 3 发展现状 |
| 3.1 基因测序技术与靶向药物研发及其相关的监管政策与数据标准问题成为精准医学的部署重点 |
| 3.2 美欧日含基因信息的上市药物发展迅速,我国基于药物基因组学的新药创制与监管工作相对滞后 |
| 3.3 国际上药物基因组学的临床实践尚不乐观,生物标记物试验与患者结局的关联性证据研究仍需加强 |
| 4 对策建议 |
| 4.1 根据我国的疾病谱特征加强分子标记物相关的基础研究 |
| 4.2 加强药物遗传学及基因组学标记物临床转化研究 |
| 4.3 加强基因分子诊断技术研发与临床检测能力 |
| 4.4 加强精准医学专门人才培养 |
| 4.5 加强监管与政策研究 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 符号说明 |
| 研究背景 |
| 第一章 GWAS新易感区域在多囊卵巢综合征家系中的研究 |
| 前言 |
| 资料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 附表 |
| 第二章 MicroRNA 601在多囊卵巢综合征中的作用机制研究 |
| 前言 |
| 资料与方法 |
| 研究结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第三章 USP34基因与多囊卵巢综合征的相关性研究 |
| 前言 |
| 资料与方法 |
| 研究结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 附表 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文和科研成果目录 |
